seq1 = pF1KE2711.tfa, 2793 bp
seq2 = pF1KE2711/gi568815597r_154484809.tfa (gi568815597r:154484809_154701756), 216948 bp

>pF1KE2711 2793
>gi568815597r:154484809_154701756 (Chr1)

(complement)

1-716  (100001-100716)   99% ->
717-900  (103172-103355)   100% ->
901-1049  (103781-103929)   100% ->
1050-1194  (104490-104634)   100% ->
1195-1385  (104762-104952)   100% ->
1386-1611  (111348-111573)   100% ->
1612-1783  (111829-112000)   100% ->
1784-1877  (112295-112388)   100% ->
1878-2000  (113084-113206)   100% ->
2001-2134  (113499-113632)   100% ->
2135-2317  (115394-115576)   100% ->
2318-2430  (115892-116004)   100% ->
2431-2558  (116413-116540)   100% ->
2559-2793  (116714-116948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGATCAAGGAGAAAATCTGCGACTATCTCTTCAATGTGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGATCAAGGAGAAAATCTGCGACTATCTCTTCAATGTGTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTCTGCCCTGAATTTGGCTAAAAATATTGGCCTTACCAAGGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTCTGCCCTGAATTTGGCTAAAAATATTGGCCTTACCAAGGCCCGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATAAATGCTGTGCTAATTGACATGGAAAGGCAGGGGGATGTCTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATATAAATGCTGTGCTAATTGACATGGAAAGGCAGGGGGATGTCTATAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAGGGACAACCCCTCCCATATGGCATTTGACAGACAAGAAGCGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAGGGACAACCCCTCCCATATGGCATTTGACAGACAAGAAGCGAGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATGCAAATCAAGAGAAATACGAACAGTGTTCCTGAAACCGCTCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATGCAAATCAAGAGAAATACGAACAGTGTTCCTGAAACCGCTCCAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAATCCCTGAGACCAGAAGAAACGCAGAGTTCCTCACCTGTAATATACCC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAATCCCTGAGACCAAAAGAAACGCAGAGTTCCTCACCTGTAATATACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACATCAAATGCCTCAAATAACATGGTAACCACAGAAAAAGTGGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACATCAAATGCCTCAAATAACATGGTAACCACAGAAAAAGTGGAGAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGGAACCTGTCATAAAGTTAGAAAACAGGCAAGAGGCCAGACCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGGAACCTGTCATAAAGTTAGAAAACAGGCAAGAGGCCAGACCAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCAAGACTGAAACCACCTGTTCATTACAATGGCCCCTCAAAAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGCAAGACTGAAACCACCTGTTCATTACAATGGCCCCTCAAAAGCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGTTGACTTTGAAAATGGCCAGTGGGCCACAGATGACATCCCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATGTTGACTTTGAAAATGGCCAGTGGGCCACAGATGACATCCCAGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGAATAGTATCCGCGCAGCACCAGGTGAGTTTCGAGCCATCATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTGAATAGTATCCGCGCAGCACCAGGTGAGTTTCGAGCCATCATGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCCTCCTTCTACAGTCATGGCTTGCCACGGTGTTCACCCTACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCCTCCTTCTACAGTCATGGCTTGCCACGGTGTTCACCCTACAAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGACAGAGTGCCAGCTGAAGAACCCCATCAGCGGGCTGTTAGAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGACAGAGTGCCAGCTGAAGAACCCCATCAGCGGGCTGTTAGAATATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAGTTCGCTAGTCAAACCTGTGAGTTCAACATGATAGAGCAGAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAGTTCGCTAGTCAAACCTGTGAGTTCAACATGATAGAGCAGAGTGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACCCCATGAACCTCG         ATTTAAATTCCAGGTTGTCATCAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100701 CACCCCATGAACCTCGGTA...AAGATTTAAATTCCAGGTTGTCATCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGCCGAGAGTTTCCCCCAGCTGAAGCTGGAAGCAAGAAAGTGGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103197 GGCCGAGAGTTTCCCCCAGCTGAAGCTGGAAGCAAGAAAGTGGCCAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGATGCAGCTATGAAAGCCATGACAATTCTGCTAGAGGAAGCCAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103247 GGATGCAGCTATGAAAGCCATGACAATTCTGCTAGAGGAAGCCAAAGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGGACAGTGGAAAATCAGAAGAATCATCCCACTATTCCACAGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103297 AGGACAGTGGAAAATCAGAAGAATCATCCCACTATTCCACAGAGAAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCAGAGAAG         ACTGCAGAGTCCCAGACCCCCACCCCTTCAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103347 TCAGAGAAGGTA...TAGACTGCAGAGTCCCAGACCCCCACCCCTTCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CACATCCTTCTTTTCTGGGAAGAGCCCCGTCACCACACTGCTTGAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103813 CACATCCTTCTTTTCTGGGAAGAGCCCCGTCACCACACTGCTTGAGTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGCACAAATTGGGGAACTCCTGCGAATTCCGTCTCCTGTCCAAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103863 TGCACAAATTGGGGAACTCCTGCGAATTCCGTCTCCTGTCCAAAGAAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCTGCCCATGAACCCAA         GTTCCAATACTGTGTTGCAGTGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103913 CCTGCCCATGAACCCAAGTA...CAGGTTCCAATACTGTGTTGCAGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AGCCCAAACTTTCCCCAGTGTGAGTGCTCCCAGCAAGAAAGTGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104514 AGCCCAAACTTTCCCCAGTGTGAGTGCTCCCAGCAAGAAAGTGGCAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGATGGCCGCAGAGGAAGCCATGAAGGCCCTGCATGGGGAGGCGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104564 AGATGGCCGCAGAGGAAGCCATGAAGGCCCTGCATGGGGAGGCGACCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TCCATGGCTTCTGATAACCAG         CCTGAAGGTATGATCTCAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104614 TCCATGGCTTCTGATAACCAGGTA...TAGCCTGAAGGTATGATCTCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GTCACTTGATAACTTGGAATCCATGATGCCCAACAAGGTCAGGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104782 GTCACTTGATAACTTGGAATCCATGATGCCCAACAAGGTCAGGAAGATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCGAGCTCGTGAGATACCTGAACACCAACCCTGTGGGTGGCCTTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104832 GCGAGCTCGTGAGATACCTGAACACCAACCCTGTGGGTGGCCTTTTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TACGCCCGCTCCCATGGCTTTGCTGCTGAATTCAAGTTGGTCGACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104882 TACGCCCGCTCCCATGGCTTTGCTGCTGAATTCAAGTTGGTCGACCAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGGACCTCCTCACGAGCCCAA         GTTCGTTTACCAAGCAAAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104932 CGGACCTCCTCACGAGCCCAAGTG...AAGGTTCGTTTACCAAGCAAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTGGGGGTCGCTGGTTCCCAGCCGTCTGCGCACACAGCAAGAAGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111368 TTGGGGGTCGCTGGTTCCCAGCCGTCTGCGCACACAGCAAGAAGCAAGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAGCAGGAAGCAGCAGATGCGGCTCTCCGTGTCTTGATTGGGGAGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111418 AAGCAGGAAGCAGCAGATGCGGCTCTCCGTGTCTTGATTGGGGAGAACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GAAGGCAGAACGCATGGGTTTCACAGAGGTAACCCCAGTGACAGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111468 GAAGGCAGAACGCATGGGTTTCACAGAGGTAACCCCAGTGACAGGGGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GTCTCAGAAGAACTATGCTCCTCCTCTCAAGGTCCCCAGAAGCACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111518 GTCTCAGAAGAACTATGCTCCTCCTCTCAAGGTCCCCAGAAGCACAGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 AAGACA         CTCCCTCTCACTGGCAGCACCTTCCATGACCAGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111568 AAGACAGTT...CAGCTCCCTCTCACTGGCAGCACCTTCCATGACCAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AGCCATGCTGAGCCACCGGTGCTTCAACACTCTGACTAACAGCTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111864 AGCCATGCTGAGCCACCGGTGCTTCAACACTCTGACTAACAGCTTCCAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CCTCCTTGCTCGGCCGCAAGATTCTGGCCGCCATCATTATGAAAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111914 CCTCCTTGCTCGGCCGCAAGATTCTGGCCGCCATCATTATGAAAAAAGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 TCTGAGGACATGGGTGTCGTCGTCAGCTTGGGAACAG         GGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111964 TCTGAGGACATGGGTGTCGTCGTCAGCTTGGGAACAGGTG...TAGGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TCGCTGTGTGAAAGGAGATTCTCTCAGCCTAAAAGGAGAAACTGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112299 TCGCTGTGTGAAAGGAGATTCTCTCAGCCTAAAAGGAGAAACTGTCAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 ACTGCCATGCAGAAATAATCTCCCGGAGAGGCTTCATCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112349 ACTGCCATGCAGAAATAATCTCCCGGAGAGGCTTCATCAGGTG...TAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 TTTCTCTACAGTGAGTTAATGAAATACAACTCCCAGACTGCGAAGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113085 TTTCTCTACAGTGAGTTAATGAAATACAACTCCCAGACTGCGAAGGATAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 TATATTTGAACCTGCTAAGGGAGGAGAAAAGCTCCAAATAAAAAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113135 TATATTTGAACCTGCTAAGGGAGGAGAAAAGCTCCAAATAAAAAAGACTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 TGTCATTCCATCTGTATATCAG         CACTGCTCCGTGTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113185 TGTCATTCCATCTGTATATCAGGTC...CAGCACTGCTCCGTGTGGAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GGCGCCCTCTTTGACAAGTCCTGCAGCGACCGTGCTATGGAAAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113518 GGCGCCCTCTTTGACAAGTCCTGCAGCGACCGTGCTATGGAAAGCACAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 ATCCCGCCACTACCCTGTCTTCGAGAATCCCAAACAAGGAAAGCTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113568 ATCCCGCCACTACCCTGTCTTCGAGAATCCCAAACAAGGAAAGCTCCGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CCAAGGTGGAGAACG         GAGAAGGCACAATCCCTGTGGAATCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113618 CCAAGGTGGAGAACGGTG...CAGGAGAAGGCACAATCCCTGTGGAATCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 AGTGACATTGTGCCTACGTGGGATGGCATTCGGCTCGGGGAGAGACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115420 AGTGACATTGTGCCTACGTGGGATGGCATTCGGCTCGGGGAGAGACTCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 TACCATGTCCTGTAGTGACAAAATCCTACGCTGGAACGTGCTGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115470 TACCATGTCCTGTAGTGACAAAATCCTACGCTGGAACGTGCTGGGCCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 AAGGGGCACTGTTGACCCACTTCCTGCAGCCCATTTATCTCAAATCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115520 AAGGGGCACTGTTGACCCACTTCCTGCAGCCCATTTATCTCAAATCTGTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 ACATTGG         GTTACCTTTTCAGCCAAGGGCATCTGACCCGTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115570 ACATTGGGTA...CAGGTTACCTTTTCAGCCAAGGGCATCTGACCCGTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 TATTTGCTGTCGTGTGACAAGAGATGGGAGTGCATTTGAGGATGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115926 TATTTGCTGTCGTGTGACAAGAGATGGGAGTGCATTTGAGGATGGACTAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 GACATCCCTTTATTGTCAACCACCCCAAG         GTTGGCAGAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115976 GACATCCCTTTATTGTCAACCACCCCAAGGTG...TAGGTTGGCAGAGTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 AGCATATATGATTCCAAAAGGCAATCCGGGAAGACTAAGGAGACAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116425 AGCATATATGATTCCAAAAGGCAATCCGGGAAGACTAAGGAGACAAGCGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 CAACTGGTGTCTGGCTGATGGCTATGACCTGGAGATCCTGGACGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116475 CAACTGGTGTCTGGCTGATGGCTATGACCTGGAGATCCTGGACGGTACCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 GAGGCACTGTGGATGG         GCCACGGAATGAATTGTCCCGGGTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116525 GAGGCACTGTGGATGGGTA...TAGGCCACGGAATGAATTGTCCCGGGTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 TCCAAAAAGAACATTTTTCTTCTATTTAAGAAGCTCTGCTCCTTCCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116739 TCCAAAAAGAACATTTTTCTTCTATTTAAGAAGCTCTGCTCCTTCCGTTA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 CCGCAGGGATCTACTGAGACTCTCCTATGGTGAGGCCAAGAAAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116789 CCGCAGGGATCTACTGAGACTCTCCTATGGTGAGGCCAAGAAAGCTGCCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 GTGACTACGAGACGGCCAAGAACTACTTCAAAAAAGGCCTGAAGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116839 GTGACTACGAGACGGCCAAGAACTACTTCAAAAAAGGCCTGAAGGATATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 GGCTATGGGAACTGGATTAGCAAACCCCAGGAGGAAAAGAACTTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116889 GGCTATGGGAACTGGATTAGCAAACCCCAGGAGGAAAAGAACTTTTATCT

   2900     .    :
   2784 CTGCCCAGTA
        ||||||||||
 116939 CTGCCCAGTA