seq1 = pF1KE2710.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE2710/gi568815575r_154517764.tfa (gi568815575r:154517764_154719218), 201455 bp

>pF1KE2710 540
>gi568815575r:154517764_154719218 (ChrX)

1-269  (67444-67712)   100% ->
270-404  (68389-68523)   100% ->
405-540  (68763-68898)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGTTCGACGGGCGATGCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67444 ATGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGTTCGACGGGCGATGCTGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGAGGCCCTGGCATTCCTGATGGCCCAGGGGGCAATGCTGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67494 CCCAGGAGGCCCTGGCATTCCTGATGGCCCAGGGGGCAATGCTGGCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGAGAGGCGGGTGCCACGGGCGGCAGAGGTCCCCGGGGCGCAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67544 CAGGAGAGGCGGGTGCCACGGGCGGCAGAGGTCCCCGGGGCGCAGGGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAAGGGCCTCGGGGCCGGGAGGAGGCGCCCCGCGGGGTCCGCATGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67594 GCAAGGGCCTCGGGGCCGGGAGGAGGCGCCCCGCGGGGTCCGCATGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGCTTCAGGGCTGAATGGATGCTGCAGATGCGGGGCCAGGGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67644 CGCGGCTTCAGGGCTGAATGGATGCTGCAGATGCGGGGCCAGGGGGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGCCGCCTGCTTGAGTT         CTACCTCGCCATGCCTTTCGCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  67694 AGAGCCGCCTGCTTGAGTTGTA...CAGCTACCTCGCCATGCCTTTCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACACCCATGGAAGCAGAGCTGGCCCGCAGGAGCCTGGCCCAGGATGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68411 ACACCCATGGAAGCAGAGCTGGCCCGCAGGAGCCTGGCCCAGGATGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCGCTTCCCGTGCCAGGGGTGCTTCTGAAGGAGTTCACTGTGTCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68461 ACCGCTTCCCGTGCCAGGGGTGCTTCTGAAGGAGTTCACTGTGTCCGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACATACTGACTAT         CCGACTGACTGCTGCAGACCACCGCCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
  68511 ACATACTGACTATGTC...TAGCCGACTGACTGCTGCAGACCACCGCCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCAGCTCTCCATCAGCTCCTGTCTCCAGCAGCTTTCCCTGTTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68791 CTGCAGCTCTCCATCAGCTCCTGTCTCCAGCAGCTTTCCCTGTTGATGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATCACGCAGTGCTTTCTGCCCGTGTTTTTGGCTCAGCCTCCCTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68841 GATCACGCAGTGCTTTCTGCCCGTGTTTTTGGCTCAGCCTCCCTCAGGGC

    550     .
    533 AGAGGCGC
        ||||||||
  68891 AGAGGCGC