seq1 = pF1KE2700.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE2700/gi568815579r_43631599.tfa (gi568815579r:43631599_43850741), 219143 bp

>pF1KE2700 1560
>gi568815579r:43631599_43850741 (Chr19)

(complement)

1-150  (100001-100150)   100% ->
151-225  (102690-102764)   100% ->
226-490  (102845-103109)   100% ->
491-588  (103203-103300)   100% ->
589-701  (105858-105970)   100% ->
702-813  (110524-110635)   100% ->
814-909  (112525-112620)   100% ->
910-995  (113060-113145)   100% ->
996-1102  (116247-116353)   100% ->
1103-1210  (117009-117116)   100% ->
1211-1339  (117290-117418)   100% ->
1340-1484  (117740-117884)   100% ->
1485-1560  (119068-119143)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAGTCTGGACACAGTCAGCCTGGACTCTATGGGATAGAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAGTCTGGACACAGTCAGCCTGGACTCTATGGGATAGAGCGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGACGGTGGAAGGAGCCTGGCTCTGGTGGCCCCCAGAATCTCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGACGGTGGAAGGAGCCTGGCTCTGGTGGCCCCCAGAATCTCTCTGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGTGGTCGGGAGAGGGACTACATTGCACCATGGGAAAGAGAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGTGGTCGGGAGAGGGACTACATTGCACCATGGGAAAGAGAGAGAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          GATGCCAGCGAAGAGACAAGCACTTCCGTCATGCAGAAAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTG...CAGGATGCCAGCGAAGAGACAAGCACTTCCGTCATGCAGAAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCATCATCCTCTCAAAACCTCCAGCAGAGCGG         TCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102731 CCCCATCATCCTCTCAAAACCTCCAGCAGAGCGGGTG...TAGTCAAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCCACCACCTCCAACAGCCCCTGCTGCCCCGCCTGCTCCAGCCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102852 AGCCACCACCTCCAACAGCCCCTGCTGCCCCGCCTGCTCCAGCCCCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAAGCCCATCGTTCTCATGAAGCCACGGGAGGAGGGGAAGGGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102902 GAGAAGCCCATCGTTCTCATGAAGCCACGGGAGGAGGGGAAGGGGCCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCGTGACAGGTGCCTCTACCCCTGAGGGCACCGCCCCACCACCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102952 GGCCGTGACAGGTGCCTCTACCCCTGAGGGCACCGCCCCACCACCCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGCCCCTGCGCCACCCAAGGGGGAGAAGGAGGGGCAGAGACCCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103002 CAGCCCCTGCGCCACCCAAGGGGGAGAAGGAGGGGCAGAGACCCACACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGTGTACCAGATCCAGAACCGGGGCATGGGCACTGCCGCACCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103052 CCTGTGTACCAGATCCAGAACCGGGGCATGGGCACTGCCGCACCAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGGACC         CTGTCGTGGGTCAGGCCAAACTACTGCCCCCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103102 CATGGACCGTG...CAGCTGTCGTGGGTCAGGCCAAACTACTGCCCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCGCATGAAGCACAGCATCAAGTTGGTGGATGACCAGATGAATTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103236 AGCGCATGAAGCACAGCATCAAGTTGGTGGATGACCAGATGAATTGGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACAGTGCCATCGAG         TACCTGTTGGATCAGACTGATGTGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103286 GACAGTGCCATCGAGGTA...CAGTACCTGTTGGATCAGACTGATGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGGTTGGTGTCCTGGGCCTCCAGGGGACAGGCAAGTCCATGGTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105884 GGTGGTTGGTGTCCTGGGCCTCCAGGGGACAGGCAAGTCCATGGTCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CATTGTTGTCAGCCAACACTCCAGAGGAGGACCAGAG         GACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105934 CATTGTTGTCAGCCAACACTCCAGAGGAGGACCAGAGGTG...CAGGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGTTTTCCGGGCCCAGAGCGCTGAAATGAAGGAACGAGGGGGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110528 TATGTTTTCCGGGCCCAGAGCGCTGAAATGAAGGAACGAGGGGGCAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACCAGTGGCATCGACTTCTTTATTACCCAAGAACGGATTGTTTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110578 GACCAGTGGCATCGACTTCTTTATTACCCAAGAACGGATTGTTTTCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACACACAG         CCCATCCTGAGCCCTTCTATCCTAGACCATCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110628 ACACACAGGTG...CAGCCCATCCTGAGCCCTTCTATCCTAGACCATCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCAATAATGACCGCAAACTGCCTCCAGAGTACAACCTTCCCCACACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112558 ATCAATAATGACCGCAAACTGCCTCCAGAGTACAACCTTCCCCACACTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGTTGAAATGCAG         TCACTCCAGATTGCTGCCTTCCTTTTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112608 CGTTGAAATGCAGGTG...CAGTCACTCCAGATTGCTGCCTTCCTTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGTCTGCCATGTGGTGATTGTTGTCCAGGACTGGTTCACAGACCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113088 CGGTCTGCCATGTGGTGATTGTTGTCCAGGACTGGTTCACAGACCTCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCTACAG         GTTCCTGCAGACAGCAGAGATGGTGAAGCCCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113138 CTCTACAGGTG...AAGGTTCCTGCAGACAGCAGAGATGGTGAAGCCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACCCCATCCCCCAGCCACGAGTCCAGCAGCTCATCGGGCTCCGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116280 CACCCCATCCCCCAGCCACGAGTCCAGCAGCTCATCGGGCTCCGATGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCACCGAGTACTACCCCCACCTAG         TCTTCTTGCAGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116330 GCACCGAGTACTACCCCCACCTAGGTG...CAGTCTTCTTGCAGAACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTCGCCGAGAGGACTTCTGTCCTCGGAAGCTGCGGCAGATGCACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117026 GCTCGCCGAGAGGACTTCTGTCCTCGGAAGCTGCGGCAGATGCACCTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GATTGACCAGCTCATGGCCCACTCCCACCTGCGTTACAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117076 GATTGACCAGCTCATGGCCCACTCCCACCTGCGTTACAAGGGTA...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GAACTCTGTCCATGTTACAATGCAATGTCTTCCCGGGGCTTCCACCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117290 GAACTCTGTCCATGTTACAATGCAATGTCTTCCCGGGGCTTCCACCTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCCTGGACTCTGAGGTCAACTTATTCCTGGTACCCTTCATGGACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117340 TTCCTGGACTCTGAGGTCAACTTATTCCTGGTACCCTTCATGGACAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCAGAGAGTGAAAACCCACCAAGAGCAG         GACCTGGTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117390 AGCAGAGAGTGAAAACCCACCAAGAGCAGGTA...CAGGACCTGGTTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCCACTCTTCTCCCTGCTGCCTGGGTATCGTGGCCACCCCAGTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117752 GCCCACTCTTCTCCCTGCTGCCTGGGTATCGTGGCCACCCCAGTTTCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCCTTGGTGAGCAAGCTCCGGAGCCAAGTGATGTCCATGGCCCGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117802 TCCTTGGTGAGCAAGCTCCGGAGCCAAGTGATGTCCATGGCCCGGCCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCTGTCACACACGATCCTCACCGAGAAGAACTG         GTTCCACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117852 GCTGTCACACACGATCCTCACCGAGAAGAACTGGTA...CAGGTTCCACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACGCTGCCCGGATCTGGGATGGGGTGAGAAAGTCCTCTGCTCTGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119076 ACGCTGCCCGGATCTGGGATGGGGTGAGAAAGTCCTCTGCTCTGGCAGAG

   1650     .    :    .
   1543 TACAGCCGCCTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||
 119126 TACAGCCGCCTGCTGGCC