seq1 = pF1KE2697.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KE2697/gi568815575f_147812180.tfa (gi568815575f:147812180_148048841), 236662 bp

>pF1KE2697 1896
>gi568815575f:147812180_148048841 (ChrX)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-104  (109754-109806)   100% ->
105-198  (113361-113454)   100% ->
199-270  (116143-116214)   100% ->
271-419  (116480-116628)   100% ->
420-513  (117769-117862)   100% ->
514-630  (117949-118065)   100% ->
631-801  (120246-120416)   100% ->
802-880  (120506-120584)   100% ->
881-990  (124325-124434)   100% ->
991-1125  (125287-125421)   100% ->
1126-1188  (125920-125982)   100% ->
1189-1275  (128397-128483)   100% ->
1276-1471  (130952-131147)   100% ->
1472-1654  (132690-132872)   100% ->
1655-1737  (133355-133437)   100% ->
1738-1896  (136504-136662)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGCTGGTGGTGGAAGTGCGGGGCTCCAATGGCGCTTTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGCTGGTGGTGGAAGTGCGGGGCTCCAATGGCGCTTTCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GCATTTGTAAAGGATGTTCATGAAGATTCAATAACAGTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGCATTTGTAAAGGATGTTCATGAAGATTCAATAACAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTTGAAAACAA         CTGGCAGCCTGATAGGCAGATTCCATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109794 CATTTGAAAACAAGTA...CAGCTGGCAGCCTGATAGGCAGATTCCATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CATGATGTCAGATTCCCACCTCCTGTAGGTTATAATAAAGATATAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113389 CATGATGTCAGATTCCCACCTCCTGTAGGTTATAATAAAGATATAAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGTGATGAAGTTGAG         GTGTATTCCAGAGCAAATGAAAAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113439 AAGTGATGAAGTTGAGGTG...TAGGTGTATTCCAGAGCAAATGAAAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCCTTGCTGTTGGTGGTTAGCTAAAGTGAGGATGATAAAGGGTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116168 AGCCTTGCTGTTGGTGGTTAGCTAAAGTGAGGATGATAAAGGGTGAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       TTTTATGTGATAGAATATGCAGCATGTGATGCAACTTACAATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116218 ...CAGTTTTATGTGATAGAATATGCAGCATGTGATGCAACTTACAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATTGTCACAATTGAACGTCTAAGATCTGTTAATCCCAACAAACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116524 AATTGTCACAATTGAACGTCTAAGATCTGTTAATCCCAACAAACCTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAAAGATACTTTCCATAAGATCAAGCTGGATGTGCCAGAAGACTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116574 CAAAAGATACTTTCCATAAGATCAAGCTGGATGTGCCAGAAGACTTACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAAT         GTGTGCCAAAGAGGCGGCACATAAGGATTTTAAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116624 CAAATGTA...TAGGTGTGCCAAAGAGGCGGCACATAAGGATTTTAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCAGTTGGTGCCTTTTCTGTAACTTATGATCCAGAAAATTATCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117805 GGCAGTTGGTGCCTTTTCTGTAACTTATGATCCAGAAAATTATCAGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCATTTTG         TCCATCAATGAAGTCACCTCAAAGCGAGCACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117855 TCATTTTGGTG...TAGTCCATCAATGAAGTCACCTCAAAGCGAGCACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGCTGATTGACATGCACTTTCGGAGTCTGCGCACTAAGTTGTCTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117982 ATGCTGATTGACATGCACTTTCGGAGTCTGCGCACTAAGTTGTCTCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AATGAGAAATGAAGAAGCTAGTAAGCAGCTGGAG         AGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118032 AATGAGAAATGAAGAAGCTAGTAAGCAGCTGGAGGTA...CAGAGTTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGCAGCTTGCCTCGAGATTTCATGAACAGTTTATCGTAAGAGAAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120253 GGCAGCTTGCCTCGAGATTTCATGAACAGTTTATCGTAAGAGAAGATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGGGTCTAGCTATTGGTACTCATGGTGCTAATATTCAGCAAGCTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120303 ATGGGTCTAGCTATTGGTACTCATGGTGCTAATATTCAGCAAGCTAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGTACCTGGGGTCACTGCTATTGATCTAGATGAAGATACCTGCACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120353 AGTACCTGGGGTCACTGCTATTGATCTAGATGAAGATACCTGCACATTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATATTTATGGAGAG         GATCAGGATGCAGTGAAAAAAGCTAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120403 ATATTTATGGAGAGGTA...TAGGATCAGGATGCAGTGAAAAAAGCTAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGCTTTCTCGAATTTGCTGAAGATGTAATACAAGTTCCAAGGAACTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120533 AGCTTTCTCGAATTTGCTGAAGATGTAATACAAGTTCCAAGGAACTTAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AG         GCAAAGTAATAGGAAAAAATGGAAAGCTGATTCAGGAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120583 AGGTA...TAGGCAAAGTAATAGGAAAAAATGGAAAGCTGATTCAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTGTGGACAAGTCAGGAGTTGTGAGGGTGAGGATTGAGGCTGAAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124364 TTGTGGACAAGTCAGGAGTTGTGAGGGTGAGGATTGAGGCTGAAAATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAAAATGTTCCACAAGAAGAG         GAAATTATGCCACCAAATTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124414 AAAAATGTTCCACAAGAAGAGGTA...AAGGAAATTATGCCACCAAATTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTTCCTTCCAATAATTCAAGGGTTGGACCTAATGCCCCAGAAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125307 CCTTCCTTCCAATAATTCAAGGGTTGGACCTAATGCCCCAGAAGAAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AACATTTAGATATAAAGGAAAACAGCACCCATTTTTCTCAACCTAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125357 AACATTTAGATATAAAGGAAAACAGCACCCATTTTTCTCAACCTAACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACAAAAGTCCAGAGG         GTGTTAGTGGCTTCATCAGTTGTAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125407 ACAAAAGTCCAGAGGGTA...TAGGTGTTAGTGGCTTCATCAGTTGTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGGGGAATCCCAGAAACCTGAACTCAAGGCTTGGCAG         GGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 125946 AGGGGAATCCCAGAAACCTGAACTCAAGGCTTGGCAGGTA...CAGGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGGTACCATTTGTTTTTGTGGGAACAAAGGACAGCATCGCTAATGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128401 TGGTACCATTTGTTTTTGTGGGAACAAAGGACAGCATCGCTAATGCCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTTCTTTTGGATTATCACCTGAACTATTTAAAG         GAAGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128451 GTTCTTTTGGATTATCACCTGAACTATTTAAAGGTG...TAGGAAGTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CCAGTTGCGTTTGGAGAGATTACAAATTGATGAGCAGTTGCGACAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130960 CCAGTTGCGTTTGGAGAGATTACAAATTGATGAGCAGTTGCGACAGATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GAGCTAGTTCTAGACCACCACCAAATCGTACAGATAAGGAAAAAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131010 GAGCTAGTTCTAGACCACCACCAAATCGTACAGATAAGGAAAAAAGCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTGACTGATGATGGTCAAGGAATGGGTCGAGGTAGTAGACCTTACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131060 GTGACTGATGATGGTCAAGGAATGGGTCGAGGTAGTAGACCTTACAGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TAGGGGGCACGGCAGACGCGGTCCTGGATATACTTCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131110 TAGGGGGCACGGCAGACGCGGTCCTGGATATACTTCAGGTA...TAGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CTAATTCTGAAGCATCAAATGCTTCTGAAACAGAATCTGACCACAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132693 CTAATTCTGAAGCATCAAATGCTTCTGAAACAGAATCTGACCACAGAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GAACTCAGTGATTGGTCATTAGCTCCAACAGAGGAAGAGAGGGAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132743 GAACTCAGTGATTGGTCATTAGCTCCAACAGAGGAAGAGAGGGAGAGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CCTGCGCAGAGGAGACGGACGGCGGCGTGGAGGGGGAGGAAGAGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132793 CCTGCGCAGAGGAGACGGACGGCGGCGTGGAGGGGGAGGAAGAGGACAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GAGGAAGAGGACGTGGAGGAGGCTTCAAAG         GAAACGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 132843 GAGGAAGAGGACGTGGAGGAGGCTTCAAAGGTA...TAGGAAACGACGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CACTCCCGAACAGATAATCGTCCACGTAATCCAAGAGAGGCTAAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133366 CACTCCCGAACAGATAATCGTCCACGTAATCCAAGAGAGGCTAAAGGAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AACAACAGATGGATCCCTTCAG         ATCAGAGTTGACTGCAATA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133416 AACAACAGATGGATCCCTTCAGGTA...TAGATCAGAGTTGACTGCAATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ATGAAAGGAGTGTCCACACTAAAACATTACAGAATACCTCCAGTGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136523 ATGAAAGGAGTGTCCACACTAAAACATTACAGAATACCTCCAGTGAAGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AGTCGGCTGCGCACGGGTAAAGATCGTAACCAGAAGAAAGAGAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136573 AGTCGGCTGCGCACGGGTAAAGATCGTAACCAGAAGAAAGAGAAGCCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CAGCGTGGATGGTCAGCAACCACTCGTGAATGGAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136623 CAGCGTGGATGGTCAGCAACCACTCGTGAATGGAGTACCC