seq1 = pF1KE2689.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KE2689/gi568815586f_49973585.tfa (gi568815586f:49973585_50181646), 208062 bp

>pF1KE2689 1686
>gi568815586f:49973585_50181646 (Chr12)

1-660  (100001-100660)   100% ->
661-811  (103629-103779)   100% ->
812-939  (104416-104543)   100% ->
940-1096  (104837-104993)   100% ->
1097-1153  (105340-105396)   100% ->
1154-1307  (106318-106471)   100% ->
1308-1399  (106914-107005)   100% ->
1400-1479  (107518-107597)   100% ->
1480-1584  (107676-107780)   100% ->
1585-1686  (107961-108062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCATCCAGATCTTCTGCTCCATGTCATTCTCCTCTGGAGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCATCCAGATCTTCTGCTCCATGTCATTCTCCTCTGGAGAGGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGGCCCTTGGGAGATATTTGGGGTCCCCACCACCATCAGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGGGCCCTTGGGAGATATTTGGGGTCCCCACCACCATCAGCAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACATCTCAGAATCGGAAGAGGAGGAAGAAGAGAAGGAAAAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGACATCTCAGAATCGGAAGAGGAGGAAGAAGAGAAGGAAAAGGAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGAGGAAGGAGGCCAGTGAGGGGCATTCACCCATGGACTTGGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGAGGAAGGAGGCCAGTGAGGGGCATTCACCCATGGACTTGGTGGCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCAACAGCTGCACCCTCCATGGCACCAACCACATTTTTGTGGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCAACAGCTGCACCCTCCATGGCACCAACCACATTTTTGTGGAGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCCAGGGCCAAGGCAGGTGCTGTGGGCGGTGGCCTTTGTCCTGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCCAGGGCCAAGGCAGGTGCTGTGGGCGGTGGCCTTTGTCCTGGCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTGCCTTCCTGTGCCAGGTAGGGGACCGCGTTGCTTATTACCTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTGCCTTCCTGTGCCAGGTAGGGGACCGCGTTGCTTATTACCTCAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCACACGTGACCCTTCTAAACGAAGTGGCCACCACGGAGCTGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCACACGTGACCCTTCTAAACGAAGTGGCCACCACGGAGCTGGCCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCAGTCACCCTCTGCAACACTAATGCTGTGCGGCTGTCCCAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCAGTCACCCTCTGCAACACTAATGCTGTGCGGCTGTCCCAGCTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACCCTGACTTGCTTTATTTGGCCCCCATGCTGGGACTGGATGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACCCTGACTTGCTTTATTTGGCCCCCATGCTGGGACTGGATGAAAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACCCCGGGGTGCCCCTCGCTCCACCGGGCCCTGAGGCCTTCTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACCCCGGGGTGCCCCTCGCTCCACCGGGCCCTGAGGCCTTCTCTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCCCTTTAACCTGCACCGCTTCTACAATCGCTCCTGCCACCGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCCCTTTAACCTGCACCGCTTCTACAATCGCTCCTGCCACCGGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACATGCTGCTCTATTGCTCCTACCAAGGGGGACCCTGCGGCCCTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACATGCTGCTCTATTGCTCCTACCAAGGGGGACCCTGCGGCCCTCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCTCAGTG         GTCTTCACACGCTATGGAAAGTGCTACACGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCTCAGTGGTG...CAGGTCTTCACACGCTATGGAAAGTGCTACACGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCAACTCGGGCCGAGATGGGCGGCCGCGGCTGAAGACCATGAAGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103660 TCAACTCGGGCCGAGATGGGCGGCCGCGGCTGAAGACCATGAAGGGTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACGGGCAATGGGCTGGAAATCATGCTGGACATCCAGCAGGACGAGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103710 ACGGGCAATGGGCTGGAAATCATGCTGGACATCCAGCAGGACGAGTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCTGTGTGGGGGGAGACTG         ACGAGACGTCCTTCGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103760 GCCTGTGTGGGGGGAGACTGGTA...TAGACGAGACGTCCTTCGAAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCATCAAAGTGCAGATCCATAGTCAGGATGAACCTCCTTTCATCGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104437 GCATCAAAGTGCAGATCCATAGTCAGGATGAACCTCCTTTCATCGACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGGGCTTTGGCGTGGCCCCAGGCTTCCAGACCTTTGTGGCCTGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104487 CTGGGCTTTGGCGTGGCCCCAGGCTTCCAGACCTTTGTGGCCTGCCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAGCGG         CTCATCTACCTGCCCCCACCCTGGGGCACCTGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104537 GCAGCGGGTG...CAGCTCATCTACCTGCCCCCACCCTGGGGCACCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAGCTGTTACCATGGACTCGGATTTGGATTTCTTCGACTCCTACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104871 AAGCTGTTACCATGGACTCGGATTTGGATTTCTTCGACTCCTACAGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACTGCCTGCCGCATCGACTGTGAGACGCGCTACCTGGTGGAGAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104921 ACTGCCTGCCGCATCGACTGTGAGACGCGCTACCTGGTGGAGAACTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTGCCGCATGGTGCACATGCCAG         GGGATGCCCCATACTGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104971 CTGCCGCATGGTGCACATGCCAGGTC...TAGGGGATGCCCCATACTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTCCAGAGCAGTACAAGGAGTGTGCAGATCCTGCTCTGG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105358 CTCCAGAGCAGTACAAGGAGTGTGCAGATCCTGCTCTGGGTG...CAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TTCCTGGTGGAGAAGGACCAGGAGTACTGCGTGTGTGAAATGCCTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106320 TTCCTGGTGGAGAAGGACCAGGAGTACTGCGTGTGTGAAATGCCTTGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCTGACCCGCTATGGCAAAGAGCTGTCCATGGTCAAGATCCCCAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106370 CCTGACCCGCTATGGCAAAGAGCTGTCCATGGTCAAGATCCCCAGCAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCTCAGCCAAGTACCTGGCCAAGAAGTTCAACAAATCTGAGCAATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106420 CCTCAGCCAAGTACCTGGCCAAGAAGTTCAACAAATCTGAGCAATACATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GG         GGAGAACATCCTGGTGCTGGACATTTTCTTTGAAGTCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106470 GGGTA...CAGGGAGAACATCCTGGTGCTGGACATTTTCTTTGAAGTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CAACTATGAGACCATTGAACAGAAGAAGGCCTATGAGATTGCAGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106953 CAACTATGAGACCATTGAACAGAAGAAGGCCTATGAGATTGCAGGGCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGG         GTGACATCGGGGGCCAGATGGGGCTGTTCATCGGGGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107003 TGGGTG...CAGGTGACATCGGGGGCCAGATGGGGCTGTTCATCGGGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AGCATCCTCACGGTGCTGGAGCTCTTTGACTACGCCTACGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107556 AGCATCCTCACGGTGCTGGAGCTCTTTGACTACGCCTACGAGGTA...TA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480  GTCATTAAGCACAAGCTGTGCCGACGAGGAAAATGCCAGAAGGAGGCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107675 GGTCATTAAGCACAAGCTGTGCCGACGAGGAAAATGCCAGAAGGAGGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAAGGAGCAGTGCGGACAAGGGCGTGGCCCTCAGCCTGGACGACGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107725 AAAGGAGCAGTGCGGACAAGGGCGTGGCCCTCAGCCTGGACGACGTCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AGACAC         AACCCGTGCGAGAGCCTTCGGGGCCACCCTGCCGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107775 AGACACGTG...CAGAACCCGTGCGAGAGCCTTCGGGGCCACCCTGCCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GATGACATACGCTGCCAACATCCTACCTCACCATCCGGCCCGAGGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107996 GATGACATACGCTGCCAACATCCTACCTCACCATCCGGCCCGAGGCACGT

   1750     .    :    .
   1670 TCGAGGACTTTACCTGC
        |||||||||||||||||
 108046 TCGAGGACTTTACCTGC