seq1 = pF1KE2687.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KE2687/gi568815597f_46294349.tfa (gi568815597f:46294349_46513572), 219224 bp

>pF1KE2687 1737
>gi568815597f:46294349_46513572 (Chr1)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-309  (107743-107856)   100% ->
310-444  (110666-110800)   99% ->
445-578  (111024-111157)   100% ->
579-785  (111240-111446)   100% ->
786-826  (111690-111730)   100% ->
827-951  (111896-112020)   99% ->
952-1077  (114111-114236)   100% ->
1078-1175  (114753-114850)   100% ->
1176-1275  (116050-116149)   100% ->
1276-1316  (116466-116506)   100% ->
1317-1356  (117264-117303)   100% ->
1357-1465  (117795-117903)   100% ->
1466-1611  (118727-118872)   100% ->
1612-1737  (119099-119224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGTACGAGCTGTGGGCCGCGCTGCCTGGCGCCTCCGGGGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGTACGAGCTGTGGGCCGCGCTGCCTGGCGCCTCCGGGGTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGCCTGCTGCTTCGTGGCGGCGGCCGTGGCCCTGCGCTGGTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCCTGCTGCTTCGTGGCGGCGGCCGTGGCCCTGCGCTGGTCCGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCGGACGGCGCGGGGCGCGGTGGTCCGGGCGCGACAGAGGCAGCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCGGACGGCGCGGGGCGCGGTGGTCCGGGCGCGACAGAGGCAGCGAGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCTGGAGAACATGGACAGGGCGGCGCAGCGCTTCCGGCTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GGCCTGGAGAACATGGACAGGGCGGCGCAGCGCTTCCGGCTCCAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     AACCCAGACCTGGACTCAGAGGCGCTGCTAGCCCTGCCCCTGCCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGAACCCAGACCTGGACTCAGAGGCGCTGCTAGCCCTGCCCCTGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGGTGCAGAAGTTACACAGTAGAGAGCTGGCCCCTGAGGCCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107789 AGCTGGTGCAGAAGTTACACAGTAGAGAGCTGGCCCCTGAGGCCGTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCACCTATGTGGGAAAG         GCCTGGGAAGTGAACAAAGGGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107839 TTCACCTATGTGGGAAAGGTA...CAGGCCTGGGAAGTGAACAAAGGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACTGTGTGACCTCCTATCTGGCTGACTGTGAGACTCAGCTGTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110689 CAACTGTGTGACCTCCTATCTGGCTGACTGTGAGACTCAGCTGTCTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACAAGGCAGGGCCTGCTCTATGGCGTCCCTGTGAGCCTCAAGGAGTGC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110739 CCCCAAGGCAGGGCCTGCTCTATGGCGTCCCTGTGAGCCTCAAGGAGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCACCTACAAG         GGCCAGGACTCCACGCTGGGCTTGAGCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110789 TTCACCTACAAGGTA...CAGGGCCAGGACTCCACGCTGGGCTTGAGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAATGAAGGGGTGCCGGCGGAGTGCGACAGCGTAGTGGTGCATGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111053 GAATGAAGGGGTGCCGGCGGAGTGCGACAGCGTAGTGGTGCATGTGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGCAGGGTGCCGTGCCCTTCGTGCACACCAATGTTCCACAGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111103 AGCTGCAGGGTGCCGTGCCCTTCGTGCACACCAATGTTCCACAGTCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCAG         CTATGACTGCAGTAACCCCCTCTTTGGCCAGACCGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111153 TTCAGGTT...CAGCTATGACTGCAGTAACCCCCTCTTTGGCCAGACCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAACCCATGGAAGTCCTCCAAAAGCCCAGGGGGCTCCTCAGGGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111276 GAACCCATGGAAGTCCTCCAAAAGCCCAGGGGGCTCCTCAGGGGGTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGCCCTCATCGGGTCTGGAGGCTCCCCCCTGGGCTTAGGCACTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111326 GGGCCCTCATCGGGTCTGGAGGCTCCCCCCTGGGCTTAGGCACTGATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAGGCAGCATCCGCTTCCCCTCCTCCTTCTGCGGCATCTGCGGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111376 GGAGGCAGCATCCGCTTCCCCTCCTCCTTCTGCGGCATCTGCGGCCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCCACAGGGAACCGCCTCAG         CAAGAGTGGCCTGAAGGGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111426 GCCCACAGGGAACCGCCTCAGGTA...CAGCAAGAGTGGCCTGAAGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGTCTATGGACAGGAGGCAG         TGCGTCTCTCCGTGGGCCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111710 GTGTCTATGGACAGGAGGCAGGTG...CAGTGCGTCTCTCCGTGGGCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGCCCGGGACGTGGAGAGCCTGGCACTGTGCCTGCGAGCCCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111916 ATGGCCCGGGACGTGGAGAGCCTGGCACTGTGCCTGCGAGCCCTGCTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGGACATGTTCCGCTTGGACCCCACTGTGCCTCCCTTGCCCTTCAGAG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111966 TGAGGACATGTTCCGCTTGGACCCCACTGTGCCTCCCTTGCCCTTCAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGAG         GTCTACACCAGCTCTCAGCCCCTGCGTGTGGGGTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112016 AAGAGGTG...CAGGTCTACACCAGCTCTCAGCCCCTGCGTGTGGGGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATGAGACTGACAACTATACCATGCCCTCCCCGGCCATGAGGCGGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114147 TATGAGACTGACAACTATACCATGCCCTCCCCGGCCATGAGGCGGGCCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGGAGACCAAACAGAGCCTTGAGGCTGCGGGGCACACG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114197 GCTGGAGACCAAACAGAGCCTTGAGGCTGCGGGGCACACGGTA...CAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGTTCCCTTCTTGCCAAGCAACATACCCCATGCTCTGGAGACCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114754 TGGTTCCCTTCTTGCCAAGCAACATACCCCATGCTCTGGAGACCCTGTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACAGGTGGGCTCTTCAGTGATGGTGGCCACACCTTCCTACAGAACTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114804 ACAGGTGGGCTCTTCAGTGATGGTGGCCACACCTTCCTACAGAACTTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176       CAAAGGTGATTTCGTGGACCCCTGCCTGGGGGACCTGGTCTCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114854 ...CAGCAAAGGTGATTTCGTGGACCCCTGCCTGGGGGACCTGGTCTCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCTGAAGCTTCCCCAATGGCTTAAAGGACTGCTGGCCTTCCTGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116094 TTCTGAAGCTTCCCCAATGGCTTAAAGGACTGCTGGCCTTCCTGGTGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTCTG         CTGCCAAGGCTGTCAGCTTTCCTCAGCAACATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116144 CCTCTGGTG...CAGCTGCCAAGGCTGTCAGCTTTCCTCAGCAACATGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTCTCG         TTCGGCTGGAAAACTCTGGGAACTGCAGCACGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116501 GTCTCGGTA...CAGTTCGGCTGGAAAACTCTGGGAACTGCAGCACGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCGAG         GTGTACCGCAAAACCGTGATTGCCCAGTGGAGGGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117299 TCGAGGTG...CAGGTGTACCGCAAAACCGTGATTGCCCAGTGGAGGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTGGACCTGGATGTGGTGCTGACCCCCATGCTGGCCCCTGCTCTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117831 CTGGACCTGGATGTGGTGCTGACCCCCATGCTGGCCCCTGCTCTGGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAATGCCCCAGGCAGGGCCACAG         GGGCCGTCAGCTACACTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117881 GAATGCCCCAGGCAGGGCCACAGGTG...CAGGGGCCGTCAGCTACACTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGCTGTACAACTGCCTGGACTTCCCTGCAGGGGTGGTGCCTGTCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118745 TGCTGTACAACTGCCTGGACTTCCCTGCAGGGGTGGTGCCTGTCACCACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGACTGCTGAGGACGAGGCCCAGATGGAACATTACAGGGGCTACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118795 GTGACTGCTGAGGACGAGGCCCAGATGGAACATTACAGGGGCTACTTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGATATCTGGGACAAGATGCTGCAGAAG         GGCATGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118845 GGATATCTGGGACAAGATGCTGCAGAAGGTG...TAGGGCATGAAGAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GTGTGGGGCTGCCGGTGGCCGTGCAGTGTGTGGCTCTGCCCTGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119112 GTGTGGGGCTGCCGGTGGCCGTGCAGTGTGTGGCTCTGCCCTGGCAAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAGTTGTGTCTGCGGTTCATGCGGGAGGTGGAGCGACTGATGACCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119162 GAGTTGTGTCTGCGGTTCATGCGGGAGGTGGAGCGACTGATGACCCCTGA

   1850     .    :
   1725 AAAGCAGTCATCC
        |||||||||||||
 119212 AAAGCAGTCATCC