seq1 = pF1KE2684.tfa, 651 bp
seq2 = pF1KE2684/gi568815594r_98781031.tfa (gi568815594r:98781031_99001983), 220953 bp

>pF1KE2684 651
>gi568815594r:98781031_99001983 (Chr4)

(complement)

1-18  (72872-72889)   100% ->
19-125  (100002-100108)   100% ->
126-221  (110652-110747)   100% ->
222-285  (114032-114095)   98% ->
286-399  (114792-114905)   99% ->
400-539  (116923-117062)   100% ->
540-651  (120842-120953)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACTGTCGAACCG         GAAACCACCCCTACTCCTAATCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  72872 ATGGCGACTGTCGAACCGGTG...TAGGAAACCACCCCTACTCCTAATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCGACTACAGAAGAGGAGAAAACGGAATCTAATCAGGAGGTTGCTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 CCCGACTACAGAAGAGGAGAAAACGGAATCTAATCAGGAGGTTGCTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAACACTATATTAAACATCCCCTACAGAACAG         ATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100075 CAGAACACTATATTAAACATCCCCTACAGAACAGGTA...TAGATGGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCTGGTTTTTTAAAAATGATAAAAGCAAAACTTGGCAAGCAAACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110659 CTCTGGTTTTTTAAAAATGATAAAAGCAAAACTTGGCAAGCAAACCTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGATCTCCAAGTTTGATACTGTTGAAGACTTTTGGGC         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110709 GCTGATCTCCAAGTTTGATACTGTTGAAGACTTTTGGGCGTA...TAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGTACAACCATATCCAGCTGTCTAGTAATTTAATGCCTGGCTGTGACTAC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 114034 TGTACAACCATATCCAGTTGTCTAGTAATTTAATGCCTGGCTGTGACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCACTTTTTAAG         GATGGTATTGAGCCTATGTGGGAAGATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114084 TCACTTTTTAAGGTA...TAGGATGGTATTGAGCCTATGTGGGAAGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAAAAACAAACGGGGAGGACGATGGCTAATTACATTGAACAAACAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114821 GAAAAACAAACGGGGAGGACGATGGCTAATTACATTGAACAAACAGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GACGAAGTGACCTCAATCGCTTTTGGCTAGAGACA         CTTCTG
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114871 GACGAAGTGACCTCGATCGCTTTTGGCTAGAGACAGTA...AAGCTTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TGCCTTATTGGAGAATCTTTTGATGACTACAGTGATGATGTATGTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116929 TGCCTTATTGGAGAATCTTTTGATGACTACAGTGATGATGTATGTGGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTTGTTAATGTTAGAGCTAAAGGTGATAAGATAGCAATATGGACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116979 TGTTGTTAATGTTAGAGCTAAAGGTGATAAGATAGCAATATGGACTACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AATGTGAAAACAGAGAAGCTGTTACACATATAGG         GAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117029 AATGTGAAAACAGAGAAGCTGTTACACATATAGGGTA...TAGGAGGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TACAAGGAAAGGTTAGGACTTCCTCCAAAGATAGTGATTGGTTATCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120849 TACAAGGAAAGGTTAGGACTTCCTCCAAAGATAGTGATTGGTTATCAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCACGCAGACACAGCTACTAAGAGCGGCTCCACCACTAAAAATAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120899 CCACGCAGACACAGCTACTAAGAGCGGCTCCACCACTAAAAATAGGTTTG

    700     .
    647 TTGTT
        |||||
 120949 TTGTT