seq1 = pF1KE2679.tfa, 270 bp
seq2 = pF1KE2679/gi568815587f_62142308.tfa (gi568815587f:62142308_62343478), 201171 bp

>pF1KE2679 270
>gi568815587f:62142308_62343478 (Chr11)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-243  (100982-101169)   100% ->
244-270  (102363-102389)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGTCGGTGTGTCTCCTGCTGGTCACGCTGGCCCTCTGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGTCGGTGTGTCTCCTGCTGGTCACGCTGGCCCTCTGCTGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGG         CCAATGCCGAGTTCTGCCCAGCTCTTGTTTCTGAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGGTG...CAGCCAATGCCGAGTTCTGCCCAGCTCTTGTTTCTGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTTAGACTTCTTCTTCATTAGTGAACCTCTGTTCAAGTTAAGTCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101018 TGTTAGACTTCTTCTTCATTAGTGAACCTCTGTTCAAGTTAAGTCTTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATTTGATGCCCCTCCGGAAGCTGTTGCAGCCAAGTTAGGAGTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101068 AAATTTGATGCCCCTCCGGAAGCTGTTGCAGCCAAGTTAGGAGTGAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGCACGGATCAGATGTCCCTTCAGAAACGAAGCCTCATTGCGGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101118 ATGCACGGATCAGATGTCCCTTCAGAAACGAAGCCTCATTGCGGAAGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .
    242 TG         GTGAAAATATTGAAGAAATGTAGTGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101168 TGGTA...TAGGTGAAAATATTGAAGAAATGTAGTGTG