seq1 = pF1KE2674.tfa, 2943 bp
seq2 = pF1KE2674/gi568815596f_42145504.tfa (gi568815596f:42145504_42430204), 284701 bp

>pF1KE2674 2943
>gi568815596f:42145504_42430204 (Chr2)

1-25  (24109-24133)   100% ->
26-208  (100002-100184)   100% ->
209-338  (110998-111127)   100% ->
339-512  (115618-115791)   100% ->
513-641  (117675-117803)   100% ->
642-667  (119203-119228)   100% ->
668-791  (135347-135470)   100% ->
792-941  (137320-137469)   99% ->
942-1011  (139131-139200)   100% ->
1012-1122  (140766-140876)   100% ->
1123-1218  (142724-142819)   97% ->
1219-1353  (149622-149756)   100% ->
1354-1489  (149878-150013)   100% ->
1490-1641  (155738-155889)   100% ->
1642-1767  (157601-157726)   100% ->
1768-1899  (157812-157943)   100% ->
1900-1967  (158981-159048)   98% ->
1968-2056  (170459-170547)   100% ->
2057-2154  (171924-172021)   100% ->
2155-2242  (179964-180051)   100% ->
2243-2341  (180651-180749)   100% ->
2342-2472  (183383-183513)   100% ->
2473-2943  (184231-184701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGTTTCGCCGGCAGTCTCG         ATGATAGTATTTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  24109 ATGGACGGTTTCGCCGGCAGTCTCGGTG...TAGATGATAGTATTTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCAAGTACTTCTGATGTTCAAGATCGCCTGTCAGCTCTTGAGTCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 TGCAAGTACTTCTGATGTTCAAGATCGCCTGTCAGCTCTTGAGTCACGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAGCAACAAGAAGATGAAATCACTGTGCTAAAGGCGGCTTTGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 TTCAGCAACAAGAAGATGAAATCACTGTGCTAAAGGCGGCTTTGGCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTTTGAGGCGTCTTGCAATCTCTGAAGATCATGTGGCCTCAGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 GTTTTGAGGCGTCTTGCAATCTCTGAAGATCATGTGGCCTCAGTGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAGTCTCAAGTAAAG         GCCAACCAAGCCCTCGAGCAGTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100168 ATCAGTCTCAAGTAAAGGTA...TAGGCCAACCAAGCCCTCGAGCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCCATGTCCTGTATAACCAATGGAAGTGGTGCAAACAGAAAACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111022 TTCCCATGTCCTGTATAACCAATGGAAGTGGTGCAAACAGAAAACCAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATACCAGTGCTGTCTCAATTGCAGGAAAAGAAACTCTTTCATCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111072 CATACCAGTGCTGTCTCAATTGCAGGAAAAGAAACTCTTTCATCTGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAAAG         TGGTACAGAAAAAAAGAAAGAAAAACCACAAGGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111122 TAAAAGGTA...CAGTGGTACAGAAAAAAAGAAAGAAAAACCACAAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGAGAAAAAAAAGAGGAATCTCATTCTAATGATCAAAGTCCACAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115653 AGAGAGAAAAAAAAGAGGAATCTCATTCTAATGATCAAAGTCCACAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGAGCATCACCTTCTCCCCAGCCCTCTTCACAACCTCTCCAAATACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115703 CGAGCATCACCTTCTCCCCAGCCCTCTTCACAACCTCTCCAAATACACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAAACTCCAGAAAGCAAGAATGCTACTCCCACCAAAAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115753 ACAAACTCCAGAAAGCAAGAATGCTACTCCCACCAAAAGGTT...TAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAAAACGACCATCACCAGCTGAAAAGTCACATAATTCTTGGGAAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117677 TAAAACGACCATCACCAGCTGAAAAGTCACATAATTCTTGGGAAAATTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGATAGCCGTAATAAATTGTCGAAAATACCTTCAACACCCAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117727 GATGATAGCCGTAATAAATTGTCGAAAATACCTTCAACACCCAAATTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCAAAAGTTACCAAAACTGCAGACAA         GCATAAAGATGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117777 ACCAAAAGTTACCAAAACTGCAGACAAGTA...TAGGCATAAAGATGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATCAACCAAG         AAGGAGAATATATTAAAATGTTTATGCGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119217 TCATCAACCAAGGTA...CAGAAGGAGAATATATTAAAATGTTTATGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTCGGCCAATTACCATGTTCATTCCTTCCGATGTTGACAACTATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135376 GGTCGGCCAATTACCATGTTCATTCCTTCCGATGTTGACAACTATGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCAGAACGGAACTGCCTCCTGAGAAGCTCAAACTGGAGTGGGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135426 CATCAGAACGGAACTGCCTCCTGAGAAGCTCAAACTGGAGTGGGCGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792     ATATGGTTATCGAGGAAAGGACTGTAGAGCTAATGTTTACCTTCTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135476 .AAGATATGGTTATCGAGGAAAGGACTGTAGAGCTAATGTTTACCTTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCGACCGGGGAAATAGTTTATTTCATTGCATCAGTAGTAGTACTATTTAA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137366 CCGACCGGGAAAATAGTTTATTTCATTGCATCAGTAGTAGTACTATTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTATGAGGAGAGAACTCAGCGACACTACCTGGGCCATACAGACTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137416 TTATGAGGAGAGAACTCAGCGACACTACCTGGGCCATACAGACTGTGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATG         CCTTGCTATACATCCTGACAAAATTAGGATTGCAACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137466 AATGGTT...TAGCCTTGCTATACATCCTGACAAAATTAGGATTGCAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGACAGATAGCTGGCGTGGATAAAGATGGAAGG         CCTCTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 139168 GGACAGATAGCTGGCGTGGATAAAGATGGAAGGGTG...CAGCCTCTACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACCCCACGTCAGAGTGTGGGATTCTGTTACTCTATCCACACTGCAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140774 ACCCCACGTCAGAGTGTGGGATTCTGTTACTCTATCCACACTGCAGATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTGGACTTGGCACTTTTGAGCGTGGAGTAGGATGCCTGGATTTTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140824 TTGGACTTGGCACTTTTGAGCGTGGAGTAGGATGCCTGGATTTTTCAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCA         GATTCAGGTGTTCATTTATGTGTTATTGATGACTCCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 140874 GCAGTA...TAGGATTCAGGTGTTCATTTATGTATTATTGATGACTCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAGCATATGCTTACTGTATGGGACTGGCAGAGGAAAGCAAAAGGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 142762 TGAGCATATGCTTACTGTATGGGACTGGCAGAAGAAAGCAAAAGGAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAATAAAG         ACAACAAATGAAGTTGTTTTGGCTGTGGAGTTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 142812 AAATAAAGGTA...TAGACAACAAATGAAGTTGTTTTGGCTGTGGAGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CACCCAACAGATGCAAATACCATAATTACATGCGGTAAATCTCATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149655 CACCCAACAGATGCAAATACCATAATTACATGCGGTAAATCTCATATTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTTCTGGACCTGGAGCGGCAATTCACTAACAAGAAAACAGGGAATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149705 CTTCTGGACCTGGAGCGGCAATTCACTAACAAGAAAACAGGGAATTTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GG         AAATATGAAAAGCCAAAATTTGTGCAGTGTTTAGCATTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149755 GGGTA...TAGAAATATGAAAAGCCAAAATTTGTGCAGTGTTTAGCATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTGGGGAATGGAGATGTTCTTACTGGAGACTCAGGTGGAGTCATGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149917 TTGGGGAATGGAGATGTTCTTACTGGAGACTCAGGTGGAGTCATGCTTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATGGAGCAAAACTACTGTAGAGCCCACACCTGGGAAAGGACCTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 149967 ATGGAGCAAAACTACTGTAGAGCCCACACCTGGGAAAGGACCTAAAGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1490       GTGTATATCAAATCAGCAAACAAATCAAAGCTCATGATGGCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150017 ...TAGGTGTATATCAAATCAGCAAACAAATCAAAGCTCATGATGGCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGTTCACACTTTGTCAGATGAGAAATGGGATGTTATTAACTGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155782 GTGTTCACACTTTGTCAGATGAGAAATGGGATGTTATTAACTGGAGGAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAAAGACAGAAAAATAATTCTGTGGGATCATGATCTGAATCCTGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155832 GAAAGACAGAAAAATAATTCTGTGGGATCATGATCTGAATCCTGAAAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAATAGAG         GTTCCTGATCAGTATGGCACAATCAGAGCTGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 155882 AAATAGAGGTA...TAGGTTCCTGATCAGTATGGCACAATCAGAGCTGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GCAGAAGGAAAGGCAGATCAATTTTTAGTAGGCACATCACGAAACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157634 GCAGAAGGAAAGGCAGATCAATTTTTAGTAGGCACATCACGAAACTTTAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTTACGAGGAACATTTAATGATGGCTTCCAAATAGAAGTACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 157684 TTTACGAGGAACATTTAATGATGGCTTCCAAATAGAAGTACAGGTA...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1768   GGTCATACAGATGAGCTTTGGGGTCTTGCCACACATCCCTTCAAAGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157810 AGGGTCATACAGATGAGCTTTGGGGTCTTGCCACACATCCCTTCAAAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TTGCTCTTGACATGTGCTCAGGACAGGCAGGTGTGCCTGTGGAACTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157860 TTGCTCTTGACATGTGCTCAGGACAGGCAGGTGTGCCTGTGGAACTCAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GGAACACAGGCTGGAATGGACCAGGCTGGTAGAT         GAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 157910 GGAACACAGGCTGGAATGGACCAGGCTGGTAGATGTG...TAGGAACCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GACACTGTGCAGATTTTCATCCAAGTGGCACAGTGGTGGCCATAGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158988 GACACTGTGCAGATTTTCATCCAAGTGGCACAGTGGTGGCCATAGGAACG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CATTCAGGCAG         GTGGTTTGTTCTGGATGCAGAAACCAGAGA
        || ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 159038 CACTCAGGCAGGTA...CAGGTGGTTTGTTCTGGATGCAGAAACCAGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 TCTAGTTTCTATCCACACAGACGGGAATGAACAGCTCTCTGTGATGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170489 TCTAGTTTCTATCCACACAGACGGGAATGAACAGCTCTCTGTGATGCGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 ACTCAATAG         ATGGTACCTTCCTGGCTGTAGGATCTCATGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 170539 ACTCAATAGGTA...TAGATGGTACCTTCCTGGCTGTAGGATCTCATGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AACTTTATTTACCTCTATGTAGTCTCTGAAAATGGAAGAAAATATAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171956 AACTTTATTTACCTCTATGTAGTCTCTGAAAATGGAAGAAAATATAGCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 ATATGGAAGGTGCACT         GGACATTCCAGCTACATCACACACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 172006 ATATGGAAGGTGCACTGTA...TAGGGACATTCCAGCTACATCACACACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 TTGACTGGTCCCCAGACAACAAGTATATAATGTCTAACTCGGGAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179989 TTGACTGGTCCCCAGACAACAAGTATATAATGTCTAACTCGGGAGACTAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GAAATATTGTACT         GGGACATTCCAAATGGCTGCAAACTAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 180039 GAAATATTGTACTGTA...AAGGGGACATTCCAAATGGCTGCAAACTAAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 CAGGAATCGATCGGATTGTAAGGACATTGATTGGACGACATATACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180679 CAGGAATCGATCGGATTGTAAGGACATTGATTGGACGACATATACCTGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 TGCTAGGATTTCAAGTATTTG         GTGTCTGGCCAGAAGGATCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 180729 TGCTAGGATTTCAAGTATTTGGTA...AAGGTGTCTGGCCAGAAGGATCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GATGGGACAGATATCAATGCACTGGTGCGATCCCACAATAGAAAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183403 GATGGGACAGATATCAATGCACTGGTGCGATCCCACAATAGAAAGGTGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 AGCTGTTGCCGATGACTTTTGTAAAGTCCATCTGTTTCAGTATCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183453 AGCTGTTGCCGATGACTTTTGTAAAGTCCATCTGTTTCAGTATCCCTGCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CCAAAGCAAAG         GCTCCCAGTCACAAGTACAGTGCCCACAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 183503 CCAAAGCAAAGGTA...TAGGCTCCCAGTCACAAGTACAGTGCCCACAGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 AGCCATGTCACCAATGTCAGTTTTACTCACAATGACAGTCACCTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184261 AGCCATGTCACCAATGTCAGTTTTACTCACAATGACAGTCACCTGATATC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 AACTGGTGGAAAAGACATGAGCATCATTCAGTGGAAACTTGTGGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184311 AACTGGTGGAAAAGACATGAGCATCATTCAGTGGAAACTTGTGGAAAAGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 TATCTTTGCCTCAGAATGAGACTGTAGCGGATACTACTCTAACCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184361 TATCTTTGCCTCAGAATGAGACTGTAGCGGATACTACTCTAACCAAAGCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 CCCGTCTCTTCCACTGAAAGTGTCATCCAATCTAATACTCCCACACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184411 CCCGTCTCTTCCACTGAAAGTGTCATCCAATCTAATACTCCCACACCGCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 TCCTTCTCAGCCCTTAAATGAGACAGCTGAAGAGGAAAGTAGAATAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184461 TCCTTCTCAGCCCTTAAATGAGACAGCTGAAGAGGAAAGTAGAATAAGCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 GTTCTCCCACACTTCTGGAGAACAGCCTGGAACAAACTGTGGAGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184511 GTTCTCCCACACTTCTGGAGAACAGCCTGGAACAAACTGTGGAGCCAAGT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 GAAGACCACAGCGAGGAGGAGAGTGAAGAGGGCAGCGGAGACCTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184561 GAAGACCACAGCGAGGAGGAGAGTGAAGAGGGCAGCGGAGACCTTGGTGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 GCCTCTTTATGAAGAGCCATGCAACGAGATAAGCAAGGAGCAGGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184611 GCCTCTTTATGAAGAGCCATGCAACGAGATAAGCAAGGAGCAGGCCAAAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :
   2903 CCACCCTTCTGGAGGACCAGCAAGACCCTTCGCCCTCGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184661 CCACCCTTCTGGAGGACCAGCAAGACCCTTCGCCCTCGTCC