seq1 = pF1KE2673.tfa, 2379 bp
seq2 = pF1KE2673/gi568815595f_142624640.tfa (gi568815595f:142624640_142906232), 281593 bp

>pF1KE2673 2379
>gi568815595f:142624640_142906232 (Chr3)

1-172  (99921-100092)   100% ->
173-327  (111740-111894)   100% ->
328-429  (118846-118947)   100% ->
430-632  (123619-123821)   100% ->
633-764  (152993-153124)   100% ->
765-960  (156195-156390)   100% ->
961-1297  (160065-160401)   100% ->
1298-1437  (166380-166519)   100% ->
1438-1581  (168185-168328)   100% ->
1582-1757  (177530-177705)   100% ->
1758-1959  (179338-179539)   100% ->
1960-2154  (179797-179991)   100% ->
2155-2379  (181369-181593)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCGGCCCTGTACCCGAGCACGGACCTCTCGGGCGCCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99921 ATGATGGCGGCCCTGTACCCGAGCACGGACCTCTCGGGCGCCTCCTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCTGCCTTCCTCTCCATCCTCTTCCTCGCCGAACGAGGTGATGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99971 CTCCCTGCCTTCCTCTCCATCCTCTTCCTCGCCGAACGAGGTGATGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGGATGTGCGGGAGGTGAAGGAGGAGAATACGCTGAATGAGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TGAAGGATGTGCGGGAGGTGAAGGAGGAGAATACGCTGAATGAGAAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTTGCTGGCGTGCGACAAGG         GTGACTATTATATGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100071 TTCTTGCTGGCGTGCGACAAGGGTG...TAGGTGACTATTATATGGTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGATTTTGGAGGAAAACAGTTCAGGTGACTTGAACATAAATTGCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111759 AAAGATTTTGGAGGAAAACAGTTCAGGTGACTTGAACATAAATTGCGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGCTTGGGAGAAATGCTGTTACCATAACTATTGAAAACGAAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111809 ATGTGCTTGGGAGAAATGCTGTTACCATAACTATTGAAAACGAAAACTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATATACTGCAGCTTCTTTTGGACTACGGTTGTCAG         TCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111859 GATATACTGCAGCTTCTTTTGGACTACGGTTGTCAGGTA...AAGTCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATGCACTTTTGGTGGCAATCGACTCTGAAGTAGTGGGAGCTGTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118851 AGATGCACTTTTGGTGGCAATCGACTCTGAAGTAGTGGGAGCTGTTGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACTACTTAATCATCGACCAAAACGATCATCAAGACCAACTATAGTA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118901 TACTACTTAATCATCGACCAAAACGATCATCAAGACCAACTATAGTAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       AAACTAATGGAACGAATTCAGAATCCTGAGTATTCAACAACTAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118951 ...CAGAAACTAATGGAACGAATTCAGAATCCTGAGTATTCAACAACTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATGTTGCACCTGTCATTTTAGCTGCTCATCGTAACAACTATGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123663 GGATGTTGCACCTGTCATTTTAGCTGCTCATCGTAACAACTATGAAATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTACAATGCTCTTAAAACAGGATGTATCTCTACCCAAGCCCCATGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123713 TTACAATGCTCTTAAAACAGGATGTATCTCTACCCAAGCCCCATGCAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCTGTGAATGCACATTGTGTTCTGCAAAAAACAAAAAGGATAGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123763 GGCTGTGAATGCACATTGTGTTCTGCAAAAAACAAAAAGGATAGCCTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCATTCCAG         GTTTCGTCTTGATATATATCGATGTTTGGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123813 GCATTCCAGGTT...CAGGTTTCGTCTTGATATATATCGATGTTTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTCCAGCTCTAATAATGTTAACAGAGGAGGATCCAATTCTGAGAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153025 GTCCAGCTCTAATAATGTTAACAGAGGAGGATCCAATTCTGAGAGCATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAACTTAGTGCTGATTTAAAAGAACTAAGTCTTGTGGAGGTGGAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153075 GAACTTAGTGCTGATTTAAAAGAACTAAGTCTTGTGGAGGTGGAATTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765          GAATGATTATGAGGAACTAGCCCGGCAATGTAAAATGTTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153125 GTG...TAGGAATGATTATGAGGAACTAGCCCGGCAATGTAAAATGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTAAGGATTTACTTGCACAAGCCCGGAATTCTCGTGAATTGGAAGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156236 CTAAGGATTTACTTGCACAAGCCCGGAATTCTCGTGAATTGGAAGTTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTAAACCATACGTCTAGTGACGAGCCTCTTGACAAACGGGGATTATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156286 CTAAACCATACGTCTAGTGACGAGCCTCTTGACAAACGGGGATTATTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAAGAATGAATTTAAGTCGTCTAAAACTTGCTATCAAATATAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156336 AGAAAGAATGAATTTAAGTCGTCTAAAACTTGCTATCAAATATAACCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGAG         TTTGTCTCCCAGTCTAACTGCCAGCAGTTCCTGAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156386 AAGAGGTA...CAGTTTGTCTCCCAGTCTAACTGCCAGCAGTTCCTGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACTGTTTGGTTTGGACAGATGTCGGGTTACCGACGCAAGCCCACCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160101 ACTGTTTGGTTTGGACAGATGTCGGGTTACCGACGCAAGCCCACCTGTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAGATAATGACTGTTTTGACAGTAGGCATCTTTTGGCCAGTTTTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160151 GAAGATAATGACTGTTTTGACAGTAGGCATCTTTTGGCCAGTTTTGTCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTTGTTATTTGATAGCTCCCAAATCTCAGTTTGGCAGAATCATTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160201 TTTGTTATTTGATAGCTCCCAAATCTCAGTTTGGCAGAATCATTCACACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTTTTATGAAATTTATCATTCATGGAGCATCATATTTCACATTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160251 CCTTTTATGAAATTTATCATTCATGGAGCATCATATTTCACATTTCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GTTGCTTAATCTATACTCTCTTGTCTACAATGAGGATAAGAAAAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160301 GTTGCTTAATCTATACTCTCTTGTCTACAATGAGGATAAGAAAAACACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGGGCCAGCCCTTGAAAGAATAGACTATCTTCTTATTCTGTGGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160351 TGGGGCCAGCCCTTGAAAGAATAGACTATCTTCTTATTCTGTGGATTATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 G         GGATGATTTGGTCAGACATTAAAAGACTCTGGTATGAAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160401 GGTA...CAGGGATGATTTGGTCAGACATTAAAAGACTCTGGTATGAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GTTGGAAGACTTTTTAGAAGAATCTCGTAATCAACTCAGTTTTGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166420 GTTGGAAGACTTTTTAGAAGAATCTCGTAATCAACTCAGTTTTGTCATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATTCTCTTTATTTGGCAACCTTTGCCCTCAAAGTGGTTGCTCACAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166470 ATTCTCTTTATTTGGCAACCTTTGCCCTCAAAGTGGTTGCTCACAACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438          TTTCATGATTTTGCTGATCGGAAGGATTGGGATGCATTCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166520 GTG...TAGTTTCATGATTTTGCTGATCGGAAGGATTGGGATGCATTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCCTACACTGGTGGCAGAAGGGCTTTTTGCATTTGCAAATGTTCTAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168226 TCCTACACTGGTGGCAGAAGGGCTTTTTGCATTTGCAAATGTTCTAAGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATCTTCGTCTCTTTTTTATGTATACAACCAGCTCTATCTTGGGTCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168276 ATCTTCGTCTCTTTTTTATGTATACAACCAGCTCTATCTTGGGTCCATTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CAG         ATTTCAATGGGACAGATGTTACAAGATTTTGGAAAATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168326 CAGGTA...CAGATTTCAATGGGACAGATGTTACAAGATTTTGGAAAATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TCTTGGGATGTTTCTTCTTGTTTTGTTTTCTTTCACAATTGGACTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177568 TCTTGGGATGTTTCTTCTTGTTTTGTTTTCTTTCACAATTGGACTGACAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AACTGTATGATAAAGGATATACTTCAAAGGAGCAGAAGGACTGTGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177618 AACTGTATGATAAAGGATATACTTCAAAGGAGCAGAAGGACTGTGTAGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ATCTTCTGTGAACAGCAAAGCAATGATACCTTCCATTC         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 177668 ATCTTCTGTGAACAGCAAAGCAATGATACCTTCCATTCGTG...CAGGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CATTGGCACCTGCTTTGCTTTGTTCTGGTATATTTTCTCCTTAGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179341 CATTGGCACCTGCTTTGCTTTGTTCTGGTATATTTTCTCCTTAGCGCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGGCAATCTTTGTCACAAGATTTAGCTATGGAGAAGAACTGCAGTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179391 TGGCAATCTTTGTCACAAGATTTAGCTATGGAGAAGAACTGCAGTCCTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GTGGGAGCTGTCATTGTTGGTACATACAATGTCGTGGTTGTGATTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179441 GTGGGAGCTGTCATTGTTGGTACATACAATGTCGTGGTTGTGATTGTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TACCAAACTGCTGGTGGCAATGCTTCATAAAAGCTTTCAGTTGATAGCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 179491 TACCAAACTGCTGGTGGCAATGCTTCATAAAAGCTTTCAGTTGATAGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1960         AATCATGAAGACAAAGAATGGAAGTTTGCTCGAGCAAAATTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179541 TA...TAGAATCATGAAGACAAAGAATGGAAGTTTGCTCGAGCAAAATTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TGGCTTAGCTACTTTGATGACAAATGTACGTTACCTCCACCTTTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179839 TGGCTTAGCTACTTTGATGACAAATGTACGTTACCTCCACCTTTCAACAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CATTCCCTCACCAAAGACTATCTGCTATATGATTAGTAGCCTCAGTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179889 CATTCCCTCACCAAAGACTATCTGCTATATGATTAGTAGCCTCAGTAAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GGATTTGCTCTCATACATCAAAAGGCAAGGTCAAACGGCAAAACAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179939 GGATTTGCTCTCATACATCAAAAGGCAAGGTCAAACGGCAAAACAGTTTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 AAG         GAATGGAGGAATTTGAAACAGAAGAGAGATGAAAACTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179989 AAGGTA...AAGGAATGGAGGAATTTGAAACAGAAGAGAGATGAAAACTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 TCAAAAAGTGATGTGCTGCCTAGTGCATCGTTACTTGACTTCCATGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181407 TCAAAAAGTGATGTGCTGCCTAGTGCATCGTTACTTGACTTCCATGAGAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGAAGATGCAAAGTACAGATCAGGCAACTGTGGAAAATCTAAACGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181457 AGAAGATGCAAAGTACAGATCAGGCAACTGTGGAAAATCTAAACGAACTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CGCCAAGATCTGTCAAAATTCCGAAATGAAATAAGGGATTTACTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181507 CGCCAAGATCTGTCAAAATTCCGAAATGAAATAAGGGATTTACTTGGCTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .
   2343 TCGGACTTCTAAATATGCTATGTTTTATCCAAGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181557 TCGGACTTCTAAATATGCTATGTTTTATCCAAGAAAT