seq1 = pF1KE2671.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KE2671/gi568815587f_126306473.tfa (gi568815587f:126306473_126514044), 207572 bp

>pF1KE2671 999
>gi568815587f:126306473_126514044 (Chr11)

1-16  (99684-99699)   100% ->
17-101  (100001-100085)   100% ->
102-182  (100471-100551)   100% ->
183-280  (100780-100877)   100% ->
281-341  (101102-101162)   100% ->
342-437  (101627-101722)   100% ->
438-627  (101835-102024)   100% ->
628-771  (102796-102939)   100% ->
772-915  (107033-107176)   100% ->
916-999  (107489-107572)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCAGCAAGTCCC         GCTGGAAGCTCCTGGCCATGTTGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  99684 ATGGTCAGCAAGTCCCGTG...CAGGCTGGAAGCTCCTGGCCATGTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGTCCTGGTCGTCATGGTGTGGTATTCCATCTCCCGGGAAGACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 TCTGGTCCTGGTCGTCATGGTGTGGTATTCCATCTCCCGGGAAGACAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACATCGAGCT         TTTTTATTTTCCCATCCCAGAGAAGAAGGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 ACATCGAGCTGTG...CAGTTTTTATTTTCCCATCCCAGAGAAGAAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCGTGCCTCCAGGGTGAGGCAGAGAGCAAGGCCTCTAAGCTCTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100502 CCGTGCCTCCAGGGTGAGGCAGAGAGCAAGGCCTCTAAGCTCTTTGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183          CTACTCCCGGGATCAGCCCATCTTCCTGCGGCTTGAGGATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100552 GTA...CAGCTACTCCCGGGATCAGCCCATCTTCCTGCGGCTTGAGGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATTTCTGGGTCAAGACGCCATCTGCTTACGAGCTGCCCTATGGGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 ATTTCTGGGTCAAGACGCCATCTGCTTACGAGCTGCCCTATGGGACCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGAGTG         AGGATCTGCTCCTCCGGGTGCTAGCCATCACCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 GGGAGTGGTA...TAGAGGATCTGCTCCTCCGGGTGCTAGCCATCACCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTCCTCCATCCCCAAGAACATCCAGAG         CCTCAGGTGCCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101136 CTCCTCCATCCCCAAGAACATCCAGAGGTA...CAGCCTCAGGTGCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GCTGTGTGGTCGTGGGGAACGGGCACCGGCTGCGGAACAGCTCACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101641 GCTGTGTGGTCGTGGGGAACGGGCACCGGCTGCGGAACAGCTCACTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GATGCCATCAACAAGTACGATGTGGTCATCAG         ATTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101691 GATGCCATCAACAAGTACGATGTGGTCATCAGGTG...CAGATTGAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGCCCCAGTGGCTGGCTATGAGGGTGACGTGGGCTCCAAGACCACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 TGCCCCAGTGGCTGGCTATGAGGGTGACGTGGGCTCCAAGACCACCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GTCTCTTCTACCCTGAATCTGCCCACTTCGACCCCAAAGTAGAAAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101894 GTCTCTTCTACCCTGAATCTGCCCACTTCGACCCCAAAGTAGAAAACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCAGACACACTCCTCGTCCTGGTAGCTTTCAAGGCAATGGACTTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101944 CCAGACACACTCCTCGTCCTGGTAGCTTTCAAGGCAATGGACTTCCACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATTGAGACCATCCTGAGTGATAAGAAGCGG         GTGCGAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101994 GATTGAGACCATCCTGAGTGATAAGAAGCGGGTA...TAGGTGCGAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTTTCTGGAAACAGCCTCCCCTCATCTGGGATGTCAATCCTAAACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102806 GTTTCTGGAAACAGCCTCCCCTCATCTGGGATGTCAATCCTAAACAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGGATTCTCAACCCCTTCTTCATGGAGATTGCAGCTGACAAACTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 CGGATTCTCAACCCCTTCTTCATGGAGATTGCAGCTGACAAACTGCTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGCCAATGCAACAGCCACGGAAGATTAAGCAG         AAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102906 CCTGCCAATGCAACAGCCACGGAAGATTAAGCAGGTG...CAGAAGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCACGGGCCTGTTGGCCATCACGCTGGCCCTCCACCTCTGTGACTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107040 CCACGGGCCTGTTGGCCATCACGCTGGCCCTCCACCTCTGTGACTTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CACATTGCCGGCTTTGGCTACCCAGACGCCTACAACAAGAAGCAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107090 CACATTGCCGGCTTTGGCTACCCAGACGCCTACAACAAGAAGCAGACCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCACTACTATGAGCAGATCACGCTCAAGTCCATGGCG         GGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107140 TCACTACTATGAGCAGATCACGCTCAAGTCCATGGCGGTA...CAGGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGGCCATAATGTCTCCCAAGAGGCCCTGGCCATTAAGCGGATGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107493 CAGGCCATAATGTCTCCCAAGAGGCCCTGGCCATTAAGCGGATGCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :
    970 ATGGGAGCTATCAAGAACCTCACGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 107543 ATGGGAGCTATCAAGAACCTCACGTCCTTC