seq1 = pF1KE2665.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KE2665/gi568815592f_143351043.tfa (gi568815592f:143351043_143589223), 238181 bp

>pF1KE2665 1119
>gi568815592f:143351043_143589223 (Chr6)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-205  (108043-108174)   100% ->
206-287  (111874-111955)   100% ->
288-331  (117080-117123)   100% ->
332-456  (119919-120043)   100% ->
457-523  (120341-120407)   100% ->
524-578  (120515-120569)   100% ->
579-747  (121118-121286)   100% ->
748-818  (123744-123814)   100% ->
819-941  (128034-128156)   99% ->
942-1038  (134110-134206)   100% ->
1039-1119  (138101-138181)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGGTCTGTATGGAATTTTCTGAAACGCCACAAAAAGAAATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGGTCTGTATGGAATTTTCTGAAACGCCACAAAAAGAAATGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTGGGCACGGTCCTTGGAG         GAGTATATATTCTGGGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTGGGCACGGTCCTTGGAGGTG...TAGGAGTATATATTCTGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATATGGACAGAAGAAAATCAGAGAAATACAGGAAAGGGAGGCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108061 AATATGGACAGAAGAAAATCAGAGAAATACAGGAAAGGGAGGCTGCAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACATTGCCCAAGCACGACGACAATATCATTTTGAAAGTAACCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108111 TACATTGCCCAAGCACGACGACAATATCATTTTGAAAGTAACCAGAGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGCAATATGACAG         TGCTGTCCATGCTTCCAACACTGAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108161 TTGCAATATGACAGGTA...CAGTGCTGTCCATGCTTCCAACACTGAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCTTAATGCAGCAACTGAATTCCGAGAGCCTCACAGCTCTGCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111901 AGGCCTTAATGCAGCAACTGAATTCCGAGAGCCTCACAGCTCTGCTAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACAG         GCCTTCAAACAAGCTAGAAATATGGGAGGATCTGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111951 AACAGGTA...TAGGCCTTCAAACAAGCTAGAAATATGGGAGGATCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATAATAA         GTTTCACAAGAAGTACTGTGGCTGTATACAGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117116 GATAATAAGTA...AAGGTTTCACAAGAAGTACTGTGGCTGTATACAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTGTATGCTGGTTGTTCTTTTGCGGGTCCAGTTAAACATAATTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119952 CCTGTATGCTGGTTGTTCTTTTGCGGGTCCAGTTAAACATAATTGGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATATTTACCTGGATAATGCAGCAGTTGGCAAAAATGGCACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120002 TATATTTACCTGGATAATGCAGCAGTTGGCAAAAATGGCACTGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  ACAATTCTTGCTCCCCCAGATGTCCAACAGCAGTATTTATCAAGTATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120340 GACAATTCTTGCTCCCCCAGATGTCCAACAGCAGTATTTATCAAGTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCACCTACTTGGAGATG         GCCTGACAGAATTGATCACTGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120390 AGCACCTACTTGGAGATGGTA...TAGGCCTGACAGAATTGATCACTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTAAACAAGCTGTGCAGAAGGTTTTAGGAAG         TGTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120538 ATTAAACAAGCTGTGCAGAAGGTTTTAGGAAGGTA...TAGTGTTTCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TAAACATTCTTTGTCCCTTTTGGACTTGGAGCAAAAACTAAAAGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121127 TAAACATTCTTTGTCCCTTTTGGACTTGGAGCAAAAACTAAAAGAAATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GAAATCTCGTTGAGCAGCATAAGTCTTCTTCTTGGATTAATAAAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121177 GAAATCTCGTTGAGCAGCATAAGTCTTCTTCTTGGATTAATAAAGATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCCAAACCTTTATTATGCCATTATATGATGCCAGATGAAGAAACTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121227 TCCAAACCTTTATTATGCCATTATATGATGCCAGATGAAGAAACTCCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGCAGTGCAG         GCCTGTGGACTTTCTCCTCGAGACATTACCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121277 AGCAGTGCAGGTG...TAGGCCTGTGGACTTTCTCCTCGAGACATTACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTATTAAACTTCTCAATGAAACTAGAGACATGTTGGAAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123775 CTATTAAACTTCTCAATGAAACTAGAGACATGTTGGAAAGGTA...TAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCAGATTTTAGTACAGTTTTGAATACCTGTTTGAACCGAGGTTTTAGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 128035 CCAGATTTTAGTACAGTTTTGAATACCTGTTTAAACCGAGGTTTTAGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACTTCTAGACAATATGGCTGAGTTCTTTCGACCTACTGAACAGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128085 ACTTCTAGACAATATGGCTGAGTTCTTTCGACCTACTGAACAGGACCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACATGGTAACTCTATGAATAG         TCTTTCCAGTGTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128135 AACATGGTAACTCTATGAATAGGTA...CAGTCTTTCCAGTGTCAGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCTTTAGCTAAGATAATTCCAATAGTAAACGGACAGATCCATTCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134129 CCTTTAGCTAAGATAATTCCAATAGTAAACGGACAGATCCATTCAGTTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAGTGAAACACCTAGTCATTTTGTTCAG         GATCTGTTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134179 CAGTGAAACACCTAGTCATTTTGTTCAGGTA...TAGGATCTGTTGACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGGAGCAAGTGAAAGACTTTGCTGCTAATGTGTATGAAGCTTTTAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138114 TGGAGCAAGTGAAAGACTTTGCTGCTAATGTGTATGAAGCTTTTAGTACC

   1200     .    :    .
   1102 CCTCAGCAACTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||
 138164 CCTCAGCAACTGGAGAAA