seq1 = pF1KE2654.tfa, 837 bp
seq2 = pF1KE2654/gi568815597r_43263919.tfa (gi568815597r:43263919_43465609), 201691 bp

>pF1KE2654 837
>gi568815597r:43263919_43465609 (Chr1)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-237  (100234-100424)   100% ->
238-318  (100602-100682)   100% ->
319-375  (100816-100872)   100% ->
376-481  (100963-101068)   100% ->
482-618  (101150-101286)   100% ->
619-837  (101473-101691)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTGTTGTGAACTTGTACCAAGAGGTGATGAAGCACGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGAGGCTGTTGTGAACTTGTACCAAGAGGTGATGAAGCACGCAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      ATCCCCGGATCCAGGGCTACCCTCTGATGGGGTCCCCCTTGCTAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGATCCCCGGATCCAGGGCTACCCTCTGATGGGGTCCCCCTTGCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACCTCCATTCTCCTGACCTACGTGTACTTCGTTCTCTCACTTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100279 TGACCTCCATTCTCCTGACCTACGTGTACTTCGTTCTCTCACTTGGGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCATCATGGCTAATCGGAAGCCCTTCCAGCTCCGTGGCTTCATGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100329 CGCATCATGGCTAATCGGAAGCCCTTCCAGCTCCGTGGCTTCATGATTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACAACTTCTCACTGGTGGCACTCTCCCTCTACATTGTCTATGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100379 CTACAACTTCTCACTGGTGGCACTCTCCCTCTACATTGTCTATGAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      TTCCTGATGTCGGGCTGGCTGAGCACCTATACCTGGCGCTGTGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100429 ..CAGTTCCTGATGTCGGGCTGGCTGAGCACCTATACCTGGCGCTGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTGGACTATTCCAACAGCCCTGAGGCACTTAGG         ATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100647 CCTGTGGACTATTCCAACAGCCCTGAGGCACTTAGGGTA...CAGATGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGGGTGGCCTGGCTCTTCCTCTTCTCCAAGTTCATTGAGCTGATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 TCGGGTGGCCTGGCTCTTCCTCTTCTCCAAGTTCATTGAGCTGATGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CA         GTGATCTTTATTCTCCGAAAGAAAGACGGGCAGGTGACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 CAGTG...CAGGTGATCTTTATTCTCCGAAAGAAAGACGGGCAGGTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCCTACATGTCTTCCATCACTCTGTGCTTCCCTGGAGCTGGTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 TTCCTACATGTCTTCCATCACTCTGTGCTTCCCTGGAGCTGGTGGTGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTAAAGATTGCCCCGG         GAGGAATGGGCTCTTTCCATGCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101052 GGTAAAGATTGCCCCGGGTG...CAGGAGGAATGGGCTCTTTCCATGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATAAACTCTTCCGTGCATGTCATAATGTACCTGTACTACGGATTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 TGATAAACTCTTCCGTGCATGTCATAATGTACCTGTACTACGGATTATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCTTTGGCCCTGTGGCACAACCCTACCTTTGGTGGAAAAAGCACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101224 GCCTTTGGCCCTGTGGCACAACCCTACCTTTGGTGGAAAAAGCACATGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCATTCAGCTG         ATCCAGTTTGTCCTGGTCTCACTGCACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101274 AGCCATTCAGCTGGTG...TAGATCCAGTTTGTCCTGGTCTCACTGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCTCCCAGTACTACTTTATGTCCAGCTGTAACTACCAGTACCCAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TCTCCCAGTACTACTTTATGTCCAGCTGTAACTACCAGTACCCAGTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTCACCTCATCTGGATGTATGGCACCATCTTCTTCATGCTGTTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 ATTCACCTCATCTGGATGTATGGCACCATCTTCTTCATGCTGTTCTCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCTGGTATCACTCTTATACCAAGGGCAAGCGGCTGCCCCGTGCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CTTCTGGTATCACTCTTATACCAAGGGCAAGCGGCTGCCCCGTGCACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCAAAATGGAGCTCCAGGTATTGCCAAGGTCAAGGCCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 AGCAAAATGGAGCTCCAGGTATTGCCAAGGTCAAGGCCAAC