seq1 = pF1KE2653.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE2653/gi568815597f_103625744.tfa (gi568815597f:103625744_103750469), 124726 bp

>pF1KE2653 1533
>gi568815597f:103625744_103750469 (Chr1)

1-168  (30588-30755)   100% ->
169-315  (31101-31247)   100% ->
316-513  (32051-32248)   100% ->
514-744  (32697-32927)   100% ->
745-878  (33667-33800)   100% ->
879-1001  (34617-34739)   100% ->
1002-1101  (34834-34933)   100% ->
1102-1220  (36914-37032)   100% ->
1221-1346  (37143-37268)   100% ->
1347-1533  (38588-38774)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCTTTTGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30588 ATGAAGCTCTTTTGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30638 TTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30688 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATTTGGAGGGGTTCAG         GTCTCTCCACCAAATGAAAATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  30738 GGATTTGGAGGGGTTCAGGTG...TAGGTCTCTCCACCAAATGAAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31124 TGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31174 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGACTAGATGCAACAATGTTGGG         GTTCGTATTTATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  31224 GTGACTAGATGCAACAATGTTGGGGTA...TAGGTTCGTATTTATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32068 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32118 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32168 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAG         GTCAGAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  32218 AGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAGGTA...CAGGTCAGAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGTCTGTCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32707 GTCGTCTGTCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32757 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32807 GTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32857 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACCTTTCATTTACCAGGAG         GTAATTGATCTGGGTGGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  32907 AAACCTTTCATTTACCAGGAGGTA...TAGGTAATTGATCTGGGTGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  33687 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  33737 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGTCTTACTTAAA         GAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  33787 ATGTCTTACTTAAAGTA...TAGGAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34644 GCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  34694 GACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002      GCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34744 ..CAGGCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34879 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAAAA         GATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34929 GAAAAGTA...AAGGATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36950 GGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAG         GAACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  37000 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAGGTG...TAGGAACATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37151 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37201 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTTCAACAATGATGACTG         GACATTTTCTTTAACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  37251 TTTCAACAATGATGACTGGTA...CAGGACATTTTCTTTAACTTTGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38611 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38661 AATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38711 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG

   1600     .    :
   1520 CTGAATCTAAATTG
        ||||||||||||||
  38761 CTGAATCTAAATTG