seq1 = pF1KE2652.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE2652/gi568815597r_103587452.tfa (gi568815597r:103587452_103795639), 208188 bp

>pF1KE2652 1533
>gi568815597r:103587452_103795639 (Chr1)

1-168  (163019-163186)   100% ->
169-315  (163532-163678)   100% ->
316-513  (164482-164679)   100% ->
514-744  (165128-165358)   100% ->
745-878  (166098-166231)   100% ->
879-1001  (167048-167170)   100% ->
1002-1101  (167264-167363)   100% ->
1102-1220  (169344-169462)   100% ->
1221-1346  (169573-169698)   100% ->
1347-1533  (171018-171204)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCTTTTGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163019 ATGAAGCTCTTTTGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163069 TTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163119 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATTTGGAGGGGTTCAG         GTCTCTCCACCAAATGAAAATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 163169 GGATTTGGAGGGGTTCAGGTG...TAGGTCTCTCCACCAAATGAAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163555 TGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163605 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGACTAGATGCAACAATGTTGGG         GTTCGTATTTATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 163655 GTGACTAGATGCAACAATGTTGGGGTA...TAGGTTCGTATTTATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164499 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164549 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164599 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAG         GTCAGAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 164649 AGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAGGTA...CAGGTCAGAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGTCTGTCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165138 GTCGTCTGTCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165188 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165238 GTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165288 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACCTTTCATTTACCAGGAG         GTAATTGATCTGGGTGGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 165338 AAACCTTTCATTTACCAGGAGGTA...TAGGTAATTGATCTGGGTGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166118 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166168 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGTCTTACTTAAA         GAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 166218 ATGTCTTACTTAAAGTA...TAGGAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167075 GCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 167125 GACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002      GCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167175 ..CAGGCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167309 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAAAA         GATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167359 GAAAAGTA...AAGGATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169380 GGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAG         GAACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 169430 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAGGTG...TAGGAACATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169581 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169631 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTTCAACAATGATGACTG         GACATTTTCTTTAACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 169681 TTTCAACAATGATGACTGGTA...CAGGACATTTTCTTTAACTTTGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171041 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171091 AATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171141 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG

   1600     .    :
   1520 CTGAATCTAAATTG
        ||||||||||||||
 171191 CTGAATCTAAATTG