seq1 = pF1KE2652.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE2652/gi568815597f_103719869.tfa (gi568815597f:103719869_103858655), 138787 bp

>pF1KE2652 1533
>gi568815597f:103719869_103858655 (Chr1)

1-168  (30602-30769)   100% ->
169-315  (31115-31261)   100% ->
316-513  (32065-32262)   100% ->
514-744  (32711-32941)   100% ->
745-878  (33681-33814)   100% ->
879-1001  (34631-34753)   100% ->
1002-1101  (34847-34946)   100% ->
1102-1220  (36927-37045)   100% ->
1221-1346  (37156-37281)   100% ->
1347-1533  (38601-38787)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCTTTTGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30602 ATGAAGCTCTTTTGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30652 TTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30702 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATTTGGAGGGGTTCAG         GTCTCTCCACCAAATGAAAATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  30752 GGATTTGGAGGGGTTCAGGTG...TAGGTCTCTCCACCAAATGAAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31138 TGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31188 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGACTAGATGCAACAATGTTGGG         GTTCGTATTTATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  31238 GTGACTAGATGCAACAATGTTGGGGTA...TAGGTTCGTATTTATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32082 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32132 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32182 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAG         GTCAGAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  32232 AGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAGGTA...CAGGTCAGAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGTCTGTCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32721 GTCGTCTGTCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32771 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32821 GTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32871 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACCTTTCATTTACCAGGAG         GTAATTGATCTGGGTGGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  32921 AAACCTTTCATTTACCAGGAGGTA...TAGGTAATTGATCTGGGTGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  33701 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  33751 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGTCTTACTTAAA         GAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  33801 ATGTCTTACTTAAAGTA...TAGGAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34658 GCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  34708 GACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002      GCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34758 ..CAGGCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34892 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAAAA         GATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34942 GAAAAGTA...AAGGATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36963 GGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAG         GAACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  37013 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAGGTG...TAGGAACATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37164 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37214 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTTCAACAATGATGACTG         GACATTTTCTTTAACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  37264 TTTCAACAATGATGACTGGTA...CAGGACATTTTCTTTAACTTTGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38624 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38674 AATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38724 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG

   1600     .    :
   1520 CTGAATCTAAATTG
        ||||||||||||||
  38774 CTGAATCTAAATTG