seq1 = pF1KE2652.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE2652/gi568815597f_103471603.tfa (gi568815597f:103471603_103656330), 184728 bp

>pF1KE2652 1533
>gi568815597f:103471603_103656330 (Chr1)

1-168  (100001-100168)   97% ->
169-315  (100508-100654)   98% ->
316-513  (101461-101658)   98% ->
514-744  (102106-102336)   95% ->
745-878  (102658-102791)   98% ->
879-1001  (103621-103743)   97% ->
1002-1101  (103839-103938)   94% ->
1102-1220  (105888-106006)   98% ->
1221-1346  (106118-106243)   100% ->
1347-1533  (107709-107894)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCTTT TGGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGT
        |||||| |||||-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTCTTTCT GTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ATTCCTCAAATACACAACAAGGACGAACATCTATTGTTCATCTGTTTGAA
        ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100050 ATTCCCCAAATACACAACAAGGACGGACATCTATTGTTCATCTGTTTGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 TGGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 TGGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GGGATTTGGAGGGGTTCAG         GTCTCTCCACCAAATGAAAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100150 GGGATTTGGAGGGGTTCAGGTG...TAGGTCTCTCCACCAAATGAAAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 TTGCCATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100530 TTGCAATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 AGCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100580 AGCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GGTGACTAGATGCAACAATGTTGGG         GTTCGTATTTATGTGG
        |||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100630 GGTGACTAGATGTAACAATGTTGGGGTA...TAGGTTCGTATTTATGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 ATGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 101477 ATGCTGTAATTAATCATATGTCTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 AGTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 AGTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 CCCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 CCCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 GAGATATCGAGAACTATAATGATGCTACTCAG         GTCAGAGAT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101627 GAGATATCGAGAACTACAATGATGCTACTCAGGTA...CAGGTCAGAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 TGTCGTCTG TCTGGTCTTCTCGATCTTGCACTGGGGAAGGATTATGTGC
        |||||||||-|-||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||
 102115 TGTCGTCTGGT TGGTCTTCTTGATCTTGCACTGGAGAAAGATTATGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572 GTTCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCA
        |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 102164 GTTCCAAGATTGCCGAATATATGAATCATCTCATTGACATTGGTGTTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622 GGGTTCAGAATTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102214 GGGTTCAGACTTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672 AATTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCGGAAGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |
 102264 AATTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCTGCAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722 GTAAACCTTTCATTTACCAGGAG         GTAATTGATCTGGGTGGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102314 GTAAACCTTTCATTTACCAGGAGGTA...TAGGTAATTGATCTGGGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763 GAGCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 102676 GAGCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGAAATGGCCGGGTGACAGAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    813 CAAGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 CAAGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863 AGATGTCTTACTTAAA         GAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTC
        ||||||||||| ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102776 AGATGTCTTACCTAAAGTA...TAGGAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904 ATGCCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 103646 ATGCCTTCTGACAGAGCACTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    954 AGGACATGGCGCTGGAGGAGCCTCTATACTTACCTTCTGGGATGCTAG  
        ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>
 103696 AGGACATGGGGCTGGAGGAGCCTCTATTCTTACCTTCTGGGATGCTAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002        GCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTAT
        >...>>>|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103746 A...CAGGCTGTATAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 GGATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGATATTTTGAAAA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||
 103882 GGTTTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGACAGTTTCAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1095 TGGAAAA         GATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATGATA
        |||||| >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||| |||
 103932 TGGAAACGTA...AAGGATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATAATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 ATGGAGTAACTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAAT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105922 ATGGAGTAATTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 GACTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAG         GAACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105972 GACTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAGGTG...TAGGAACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227 GGTTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106124 GGTTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 ATAATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106174 ATAATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327 GTTTTCAACAATGATGACTG         GACATTTTCTTTAACTTTGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106224 GTTTTCAACAATGATGACTGGTA...CAGGACATTTTCTTTAACTTTGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 AACTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107730 AACTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 TTAATGGCAACTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGATGATGGCAAA
        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 107780 TTAATGGCAATTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGACGATGGCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468 GCTCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 107830 GCTCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAGGATCCATTTATTGCAATTCA

   1600     .    :    .
   1518 TGCTGAATCTAAATTG
        |||||||||||||||-
 107880 TGCTGAATCTAAATT