seq1 = pF1KE2651.tfa, 2481 bp
seq2 = pF1KE2651/gi568815596f_218323779.tfa (gi568815596f:218323779_218549333), 225555 bp

>pF1KE2651 2481
>gi568815596f:218323779_218549333 (Chr2)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-150  (100499-100573)   100% ->
151-347  (101837-102033)   100% ->
348-456  (104187-104295)   100% ->
457-567  (104449-104559)   100% ->
568-770  (105507-105709)   100% ->
771-849  (105819-105897)   100% ->
850-948  (106071-106169)   100% ->
949-1102  (106947-107100)   100% ->
1103-1203  (108079-108179)   100% ->
1204-1341  (108268-108405)   100% ->
1342-1500  (109015-109173)   100% ->
1501-1680  (110748-110927)   100% ->
1681-1826  (111511-111656)   100% ->
1827-1971  (112704-112848)   100% ->
1972-2160  (113346-113534)   100% ->
2161-2229  (114880-114948)   100% ->
2230-2370  (116944-117084)   100% ->
2371-2481  (125445-125555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAAGCTGAGCGCCCAAGTCAAAGGCTCTCTCAACATCACCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAAGCTGAGCGCCCAAGTCAAAGGCTCTCTCAACATCACCACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCTGCAGATATGGAGGATCGAG         GCCATGCAGATGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GGGGCTGCAGATATGGAGGATCGAGGTG...TAGGCCATGCAGATGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTTCCTTCCAGCACCTTTGGAAGCTTCTTCGATGGTGACTGCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100515 CTGTTCCTTCCAGCACCTTTGGAAGCTTCTTCGATGGTGACTGCTACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCTGGCT         ATCCACAAGACAGCCAGCAGCCTGTCCTATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100565 ATCCTGGCTGTG...TAGATCCACAAGACAGCCAGCAGCCTGTCCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCCACTACTGGATTGGCCAGGACTCATCCCTGGATGAGCAGGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 CATCCACTACTGGATTGGCCAGGACTCATCCCTGGATGAGCAGGGGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCCATCTACACCACACAGATGGATGACTTCCTGAAGGGCCGGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101919 CTGCCATCTACACCACACAGATGGATGACTTCCTGAAGGGCCGGGCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCACCGCGAGGTCCAGGGCAACGAGAGCGAGGCCTTCCGAGGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101969 CAGCACCGCGAGGTCCAGGGCAACGAGAGCGAGGCCTTCCGAGGCTACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGCAAGGCCTTGT         GATCCGGAAAGGGGGCGTGGCTTCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102019 CAAGCAAGGCCTTGTGTA...CAGGATCCGGAAAGGGGGCGTGGCTTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATGAAGCACGTGGAGACCAACTCCTATGACGTCCAGAGGCTGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104213 GCATGAAGCACGTGGAGACCAACTCCTATGACGTCCAGAGGCTGCTGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCAAGGGCAAGAGGAACGTGGTAGCTGGAGAG         GTAGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104263 GTCAAGGGCAAGAGGAACGTGGTAGCTGGAGAGGTA...TAGGTAGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCCTGGAAGAGTTTCAACCGAGGGGATGTTTTCCTCCTGGACCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104457 GTCCTGGAAGAGTTTCAACCGAGGGGATGTTTTCCTCCTGGACCTTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTTATCATCCAGTGGAATGGACCGGAAAGCACCCGTATGGAGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104507 AGCTTATCATCCAGTGGAATGGACCGGAAAGCACCCGTATGGAGAGACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGG         GGCATGACTCTGGCCAAGGAGATCCGAGACCAGGAGCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104557 AGGGTA...CAGGGCATGACTCTGGCCAAGGAGATCCGAGACCAGGAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGAGGGCGCACCTATGTAGGCGTGGTGGACGGAGAGAATGAATTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105545 GGGAGGGCGCACCTATGTAGGCGTGGTGGACGGAGAGAATGAATTGGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCCGAAGCTGATGGAGGTGATGAACCACGTGCTGGGCAAGCGCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105595 CCCCGAAGCTGATGGAGGTGATGAACCACGTGCTGGGCAAGCGCAGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGAAGGCGGCCGTGCCCGACACGGTGGTGGAGCCGGCACTCAAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105645 CTGAAGGCGGCCGTGCCCGACACGGTGGTGGAGCCGGCACTCAAGGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACTCAAACTGTACCA         TGTGTCTGACTCCGAGGGGAATCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105695 ACTCAAACTGTACCAGTG...CAGTGTGTCTGACTCCGAGGGGAATCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTGAGGGAAGTCGCCACACGGCCACTGACACAGGACCTGCTCAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105845 TGGTGAGGGAAGTCGCCACACGGCCACTGACACAGGACCTGCTCAGTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAG         GACTGTTACATCCTGGACCAGGGGGGCCTGAAGATCTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105895 GAGGTA...TAGGACTGTTACATCCTGGACCAGGGGGGCCTGAAGATCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTGTGGAAAGGGAAGAAAGCCAATGAGCAGGAGAAGAAGGGAGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106109 CGTGTGGAAAGGGAAGAAAGCCAATGAGCAGGAGAAGAAGGGAGCCATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCATGCGCTG         AACTTCATCAAAGCCAAGCAGTACCCACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106159 GCCATGCGCTGGTA...CAGAACTTCATCAAAGCCAAGCAGTACCCACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGCACACAGGTGGAGGTGCAGAATGATGGGGCTGAGTCGGCCGTCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106977 AGCACACAGGTGGAGGTGCAGAATGATGGGGCTGAGTCGGCCGTCTTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCAGCTCTTCCAGAAGTGGACAGCGTCCAACCGGACCTCAGGCCTAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107027 GCAGCTCTTCCAGAAGTGGACAGCGTCCAACCGGACCTCAGGCCTAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAACCCACACTGTGGGCTCCGTGG         CCAAAGTGGAACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107077 AAACCCACACTGTGGGCTCCGTGGGTG...TAGCCAAAGTGGAACAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGTTCGATGCCACATCCATGCATGTCAAGCCTCAGGTGGCTGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108096 AAGTTCGATGCCACATCCATGCATGTCAAGCCTCAGGTGGCTGCCCAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAGATGGTAGATGATGGGAGTGGGGAAGTGCAG         GTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108146 GAAGATGGTAGATGATGGGAGTGGGGAAGTGCAGGTA...TAGGTGTGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCATTGAGAACCTAGAGCTGGTACCTGTGGATTCCAAGTGGCTAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 GCATTGAGAACCTAGAGCTGGTACCTGTGGATTCCAAGTGGCTAGGCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCTATGGGGGCGACTGCTACCTGCTGCTCTACACCTACCTCATCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 TTCTATGGGGGCGACTGCTACCTGCTGCTCTACACCTACCTCATCGGCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAGCAGCATTACCTGCTCTACGTTTGGCAG         GGCAGCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108375 GAAGCAGCATTACCTGCTCTACGTTTGGCAGGTC...CAGGGCAGCCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCAGCCAAGATGAAATTACAGCATCAGCTTATCAAGCCGTCATCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109025 CCAGCCAAGATGAAATTACAGCATCAGCTTATCAAGCCGTCATCCTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGAAGTACAATGGTGAACCAGTCCAGATCCGGGTCCCAATGGGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109075 CAGAAGTACAATGGTGAACCAGTCCAGATCCGGGTCCCAATGGGCAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCACCTCATCTTATGTCCATCTTCAAGGGACGCATGGTGGTCTACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109125 GCCACCTCATCTTATGTCCATCTTCAAGGGACGCATGGTGGTCTACCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501         GGAGGCACCTCCCGAACTAACAACTTGGAGACCGGGCCCTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109175 TG...CAGGGAGGCACCTCCCGAACTAACAACTTGGAGACCGGGCCCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ACACGGCTGTTCCAGGTCCAGGGAACTGGCGCCAACAACACCAAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110790 ACACGGCTGTTCCAGGTCCAGGGAACTGGCGCCAACAACACCAAGGCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGAGGTCCCAGCGCGGGCCAATTTCCTCAATTCCAATGATGTCTTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110840 TGAGGTCCCAGCGCGGGCCAATTTCCTCAATTCCAATGATGTCTTTGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCAAGACCCAGTCTTGCTGCTATCTATGGTGTGGGAAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110890 TCAAGACCCAGTCTTGCTGCTATCTATGGTGTGGGAAGGTG...TAGGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TGTAGCGGGGACGAGCGGGAGATGGCCAAGATGGTTGCTGACACCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111514 TGTAGCGGGGACGAGCGGGAGATGGCCAAGATGGTTGCTGACACCATCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCGGACGGAGAAGCAAGTGGTGGTGGAAGGGCAGGAGCCAGCCAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111564 CCGGACGGAGAAGCAAGTGGTGGTGGAAGGGCAGGAGCCAGCCAACTTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGATGGCCCTGGGTGGGAAGGCCCCCTATGCCAACACCAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111614 GGATGGCCCTGGGTGGGAAGGCCCCCTATGCCAACACCAAGAGGTA...C

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1827   ACTACAGGAAGAAAACCTGGTCATCACCCCCCGGCTCTTTGAGTGTTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112702 AGACTACAGGAAGAAAACCTGGTCATCACCCCCCGGCTCTTTGAGTGTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAACAAGACTGGGCGCTTCCTGGCCACAGAGATCCCTGACTTCAATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112752 CAACAAGACTGGGCGCTTCCTGGCCACAGAGATCCCTGACTTCAATCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ATGACTTGGAAGAGGATGATGTGTTCCTACTAGATGTCTGGGACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112802 ATGACTTGGAAGAGGATGATGTGTTCCTACTAGATGTCTGGGACCAGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1972       GTCTTCTTCTGGATTGGGAAACATGCCAACGAGGAGGAGAAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112852 ...TAGGTCTTCTTCTGGATTGGGAAACATGCCAACGAGGAGGAGAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGCCGCAGCAACCACTGCACAGGAATACCTCAAGACCCATCCCAGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113390 GGCCGCAGCAACCACTGCACAGGAATACCTCAAGACCCATCCCAGCGGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GTGACCCTGAGACCCCCATCATTGTGGTGAAGCAGGGACACGAGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113440 GTGACCCTGAGACCCCCATCATTGTGGTGAAGCAGGGACACGAGCCCCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 ACCTTCACAGGCTGGTTCCTGGCTTGGGATCCCTTCAAGTGGAGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113490 ACCTTCACAGGCTGGTTCCTGGCTTGGGATCCCTTCAAGTGGAGTGTG..

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161     AACACCAAATCCTATGAGGACCTGAAGGCGGAGCTTGGCAACTCTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113540 .CAGAACACCAAATCCTATGAGGACCTGAAGGCGGAGCTTGGCAACTCTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GGGACTGGAGCCAGATCACTGCT         GAGGTCACAAGCCCCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114926 GGGACTGGAGCCAGATCACTGCTGTG...TAGGAGGTCACAAGCCCCAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GTGGACGTGTTCAATGCTAACAGCAACCTCAGTTCTGGGCCTCTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116962 GTGGACGTGTTCAATGCTAACAGCAACCTCAGTTCTGGGCCTCTGCCCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CTTCCCCCTGGAGCAGCTAGTGAACAAGCCTGTAGAGGAGCTCCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117012 CTTCCCCCTGGAGCAGCTAGTGAACAAGCCTGTAGAGGAGCTCCCCGAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GTGTGGACCCCAGCAGGAAGGAG         GAACACCTGTCCATTGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117062 GTGTGGACCCCAGCAGGAAGGAGGTA...TAGGAACACCTGTCCATTGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 GATTTCACTCAGGCCTTTGGGATGACTCCAGCTGCCTTCTCTGCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125463 GATTTCACTCAGGCCTTTGGGATGACTCCAGCTGCCTTCTCTGCTCTGCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 TCGATGGAAGCAACAAAACCTCAAGAAAGAAAAAGGACTATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125513 TCGATGGAAGCAACAAAACCTCAAGAAAGAAAAAGGACTATTT