seq1 = pF1KE2648.tfa, 2400 bp
seq2 = pF1KE2648/gi568815596f_115061957.tfa (gi568815596f:115061957_115942342), 880386 bp

>pF1KE2648 2400
>gi568815596f:115061957_115942342 (Chr2)

65-187  (247277-247397)   97% ->
188-283  (281861-281956)   100% ==
451-506  (627728-627783)   100% ->
507-588  (627884-627965)   100% ->
589-709  (665860-665980)   100% ->
710-864  (677783-677937)   100% ->
865-962  (684130-684227)   100% ->
963-1086  (691218-691341)   99% ->
1087-1125  (700616-700654)   100% ->
1126-1233  (706341-706448)   99% ->
1234-1325  (715252-715343)   100% ->
1326-1373  (715831-715878)   100% ->
1374-1495  (718918-719039)   100% ->
1496-1543  (720396-720443)   100% ->
1544-1642  (729125-729223)   100% ->
1643-1712  (729331-729400)   100% ->
1713-1907  (752837-753031)   100% ->
1908-1962  (753719-753773)   100% ->
1963-2062  (774201-774300)   100% ->
2063-2121  (774551-774609)   100% ->
2122-2194  (774718-774790)   100% ->
2195-2268  (778794-778867)   100% ->
2269-2400  (780255-780386)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     65 CGGACCAGGAACTGGGAAGTAACAGCCCTCCACAGAGAAACTGGAAGGGA
        ||| --||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247277 CGGT  AGGAACTGGGAAGTAACAGCCCTCCACAGAGAAACTGGAAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    115 ATTGCTATTGCTCTGCTGGTGATTTTAGTTGTATGCTCACTCATCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247325 ATTGCTATTGCTCTGCTGGTGATTTTAGTTGTATGCTCACTCATCACTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 GTCAGTCATCCTCTTAACCCCAG         ATGAACTCACAAATTCGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 247375 GTCAGTCATCCTCTTAACCCCAGGTA...TAGATGAACTCACAAATTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 CAGAAACCAGATTGTCTTTGGAAGACCTCTTTAGGAAAGACTTTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281879 CAGAAACCAGATTGTCTTTGGAAGACCTCTTTAGGAAAGACTTTGTGCTT

    200     .    :    .    :    .
    256 CACGATCCAGAGGCTCGGTGGATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 281929 CACGATCCAGAGGCTCGGTGGATCAATG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGATTTTTCATTATTCGTATACTGCTTCATATGTGATTTACAACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627728 CAGATTTTTCATTATTCGTATACTGCTTCATATGTGATTTACAACATACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACTAG         GGAAGTTTGGGAGTTAAATCCTCCAGAAGTAGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627778 CACTAGGTA...AAGGGAAGTTTGGGAGTTAAATCCTCCAGAAGTAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTCCGTCTTGCAGTACGCGGCCTGGGGTGTCCAAGGGCAGCAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 627919 ACTCCGTCTTGCAGTACGCGGCCTGGGGTGTCCAAGGGCAGCAGCTGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589       ATTTATATTTTTGAAAATAATATCTACTATCAACCTGATATAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627969 ...CAGATTTATATTTTTGAAAATAATATCTACTATCAACCTGATATAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGCAGTTCATTGCGACTGACATCTTCTGGAAAAGAAGAAATAATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 665904 GAGCAGTTCATTGCGACTGACATCTTCTGGAAAAGAAGAAATAATTTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATGGGATTGCTGACTGGTTATATGAAG         AGGAACTCCTGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 665954 ATGGGATTGCTGACTGGTTATATGAAGGTG...TAGAGGAACTCCTGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTCACATCGCCCACTGGTGGTCACCAGATGGAGAAAGACTTGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677797 TCTCACATCGCCCACTGGTGGTCACCAGATGGAGAAAGACTTGCCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATGATAAATGACTCTTTGGTACCCACCATGGTTATCCCTCGGTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677847 GATGATAAATGACTCTTTGGTACCCACCATGGTTATCCCTCGGTTTACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GAGCGTTGTATCCCAAAGGAAAGCAGTATCCGTATCCTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 677897 GAGCGTTGTATCCCAAAGGAAAGCAGTATCCGTATCCTAAGGTA...AAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCAGGTCAAGTGAACCCAACAATAAAATTATATGTTGTAAACCTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 684130 GCAGGTCAAGTGAACCCAACAATAAAATTATATGTTGTAAACCTGTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACCAACTCACACTTTGGAGCTCATGCCACCTGACAGCTTTAAATCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 684180 ACCAACTCACACTTTGGAGCTCATGCCACCTGACAGCTTTAAATCAAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963        AGAATACTATATCACTATGGTTAAATGGGTAAGCAATACCAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 684230 A...TAGAGAATACTATATCACTATGGTTAAATGGGTAAGCAATACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACTGTGGTAAGATGGTTAAACCGACCTCAGAACATCTCCATCCTCACAGT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 691261 ACTGTGGTAAGATGGTTAAACCGAGCTCAGAACATCTCCATCCTCACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTGTGAGACCACTACAGGTGCTTGTAGTAAA         AAATATGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 691311 CTGTGAGACCACTACAGGTGCTTGTAGTAAAGTG...CAGAAATATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGACATCAGATACGTGGCTCTCTCAGCAG         AATGAGGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 700626 TGACATCAGATACGTGGCTCTCTCAGCAGGTA...TAGAATGAGGAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGTTTTCTAGAGACGGCAGCAAATTCTTTATGACAGTGCCTGTTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 706353 GTGTTTTCTAGAGACGGCAGCAAATTCTTTATGACAGTGCCTGTTAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGGGGGACGTGGAGAATTTCACCACATAGCTATGTTCCTCATCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>.
 706403 AGGGGGACGTGGAGAATTTCACCACGTAGCTATGTTCCTCATCCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234      AGTAAAAGTGAGCAAATTACCGTGCGGCATCTGACATCAGGAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 706453 ..CAGAGTAAAAGTGAGCAAATTACCGTGCGGCATCTGACATCAGGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGGGAAGTGATAAAGATCTTGGCATACGATGAAACTACTCAAAAAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 715297 TGGGAAGTGATAAAGATCTTGGCATACGATGAAACTACTCAAAAAATGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326       TTACTTTCTGAGCACTGAATCTTCTCCCAGAGGAAGGCAGCTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 715347 ...CAGTTACTTTCTGAGCACTGAATCTTCTCCCAGAGGAAGGCAGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACAG         TGCTTCTACTGAAGGATTATTGAATCGCCAATGCATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 715875 ACAGGTA...CAGTGCTTCTACTGAAGGATTATTGAATCGCCAATGCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCATGTAATTTCATGAAAGAACAATGTACATATTTTGATGCCAGTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 718955 TCATGTAATTTCATGAAAGAACAATGTACATATTTTGATGCCAGTTTTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCCCATGAATCAACATTTCTTATTATTCTGTGAAG         GTCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 719005 TCCCATGAATCAACATTTCTTATTATTCTGTGAAGGTA...CAGGTCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGGTCCCAGTGGTCAGCCTACATAGTACGGACAACCCAGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 720402 GGGTCCCAGTGGTCAGCCTACATAGTACGGACAACCCAGCAAGTG...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544  AATATTTTATATTGGAAAGCAATTCTATGCTGAAGGAAGCTATCCTGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 729124 GAATATTTTATATTGGAAAGCAATTCTATGCTGAAGGAAGCTATCCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAAGAAGATAGGAAAGCCAGAAATTAAAATCCTTCATATTGACGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 729174 GAAGAAGATAGGAAAGCCAGAAATTAAAATCCTTCATATTGACGACTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643          AACTTCCTTTACAGTTGTCCCTTCCCAAAGATTTTATGGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 729224 GTA...AAGAACTTCCTTTACAGTTGTCCCTTCCCAAAGATTTTATGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGAAACCAGTATGCTCTTCTGTTAATAAT         GGATGAAGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 729372 CGAAACCAGTATGCTCTTCTGTTAATAATGTA...CAGGGATGAAGAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGGAGGCCAGCTGGTTACAGATAAGTTCCATATTGACTGGGATTCCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 752849 AGGAGGCCAGCTGGTTACAGATAAGTTCCATATTGACTGGGATTCCGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCATTGACATGGATAATGTCATTGTAGCAAGATTTGATGGCAGAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 752899 TCATTGACATGGATAATGTCATTGTAGCAAGATTTGATGGCAGAGGAAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GGATTCCAGGGTCTGAAAATTTTGCAGGAGATTCATCGAAGATTAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 752949 GGATTCCAGGGTCTGAAAATTTTGCAGGAGATTCATCGAAGATTAGGTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AGTAGAAGTAAAGGACCAAATAACAGCTGTGAA         ATTTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 752999 AGTAGAAGTAAAGGACCAAATAACAGCTGTGAAGTA...CAGATTTTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGAAACTGCCTTACATTGACTCCAAAAGATTAAGCATTTTTGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 753727 TGAAACTGCCTTACATTGACTCCAAAAGATTAAGCATTTTTGGAAAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963       GGTTATGGTGGCTATATTGCATCAATGATCTTAAAATCAGATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 753777 ...CAGGGTTATGGTGGCTATATTGCATCAATGATCTTAAAATCAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AAAGCTTTTTAAATGTGGATCCGTGGTTGCACCTATCACAGACTTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774245 AAAGCTTTTTAAATGTGGATCCGTGGTTGCACCTATCACAGACTTGAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TGTATG         CCTCAGCTTTCTCTGAAAGATACCTTGGGATGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774295 TGTATGGTG...CAGCCTCAGCTTTCTCTGAAAGATACCTTGGGATGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 TCTAAGGAAGAAAGCACTTACCAG         GCAGCCAGTGTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 774586 TCTAAGGAAGAAAGCACTTACCAGGTA...TAGGCAGCCAGTGTGCTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TAATGTTCATGGCTTGAAAGAAGAAAATATATTAATAATTCATGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774735 TAATGTTCATGGCTTGAAAGAAGAAAATATATTAATAATTCATGGAACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CTGACA         CAAAAGTTCATTTCCAACACTCAGCAGAATTAATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774785 CTGACAGTA...CAGCAAAAGTTCATTTCCAACACTCAGCAGAATTAATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 AAGCACCTAATAAAAGCTGGAGTGAATTATACTATGCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 778829 AAGCACCTAATAAAAGCTGGAGTGAATTATACTATGCAGGTA...TAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 CTACCCAGATGAAGGTCATAACGTATCTGAGAAGAGCAAGTATCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 780257 CTACCCAGATGAAGGTCATAACGTATCTGAGAAGAGCAAGTATCATCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ACAGCACAATCCTCAAATTCTTCAGTGATTGTTTGAAGGAAGAAATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 780307 ACAGCACAATCCTCAAATTCTTCAGTGATTGTTTGAAGGAAGAAATATCT

   2100     .    :    .    :    .    :
   2371 GTGCTACCACAGGAACCAGAAGAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 780357 GTGCTACCACAGGAACCAGAAGAAGATGAA