seq1 = pF1KE2645.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KE2645/gi568815593f_42465875.tfa (gi568815593f:42465875_42819421), 353547 bp

>pF1KE2645 1914
>gi568815593f:42465875_42819421 (Chr5)

1-70  (100001-100070)   100% ==
137-266  (223016-223145)   100% ->
267-439  (229043-229215)   100% ->
440-618  (233950-234128)   99% ->
619-784  (245333-245498)   100% ->
785-875  (247555-247645)   100% ->
876-945  (252178-252247)   100% ->
946-1914  (252579-253547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTCTGGCAGCTGCTGTTGACCTTGGCACTGGCAGGATCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTCTGGCAGCTGCTGTTGACCTTGGCACTGGCAGGATCAAGTGA

     50     .    :    .    :
     51 TGCTTTTTCTGGAAGTGAGG
        ||||||||||||||||||||
 100051 TGCTTTTTCTGGAAGTGAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137 ATTCTTCTAAGGAGCCTAAATTCACCAAGTGCCGTTCACCTGAGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223016 ATTCTTCTAAGGAGCCTAAATTCACCAAGTGCCGTTCACCTGAGCGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187 ACTTTTTCATGCCACTGGACAGATGAGGTTCATCATGGTACAAAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223066 ACTTTTTCATGCCACTGGACAGATGAGGTTCATCATGGTACAAAGAACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237 AGGACCCATACAGCTGTTCTATACCAGAAG         GAACACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 223116 AGGACCCATACAGCTGTTCTATACCAGAAGGTG...TAGGAACACTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278 AATGGACTCAAGAATGGAAAGAATGCCCTGATTATGTTTCTGCTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229054 AATGGACTCAAGAATGGAAAGAATGCCCTGATTATGTTTCTGCTGGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328 AACAGCTGTTACTTTAATTCATCGTTTACCTCCATCTGGATACCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229104 AACAGCTGTTACTTTAATTCATCGTTTACCTCCATCTGGATACCTTATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378 TATCAAGCTAACTAGCAATGGTGGTACAGTGGATGAAAAGTGTTTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229154 TATCAAGCTAACTAGCAATGGTGGTACAGTGGATGAAAAGTGTTTCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428 TTGATGAAATAG         TGCAACCAGATCCACCCATTGCCCTCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 229204 TTGATGAAATAGGTA...CAGTGCAACCAGATCCACCCATTGCCCTCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469 TGGACTTTACTGAACGTCAGTTTAACTGGGATTCATGCAGATATCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233979 TGGACTTTACTGAACGTCAGTTTAACTGGGATTCATGCAGATATCCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519 GAGATGGGAAGCACCACGCAATGCAGATATTCAGAAAGGGTGGATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 234029 GAGATGGGAAGCACCACGCAATGCAGATATTCAGAAAGGATGGATGGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569 TGGAGTATGAACTTCAATACAAAGAAGTAAATGAAACTAAATGGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234079 TGGAGTATGAACTTCAATACAAAGAAGTAAATGAAACTAAATGGAAAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619          ATGGACCCTATATTGACAACATCAGTTCCAGTGTACTCATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234129 GTA...AAGATGGACCCTATATTGACAACATCAGTTCCAGTGTACTCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660 GAAAGTGGATAAGGAATATGAAGTGCGTGTGAGATCCAAACAACGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245374 GAAAGTGGATAAGGAATATGAAGTGCGTGTGAGATCCAAACAACGAAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710 CTGGAAATTATGGCGAGTTCAGTGAGGTGCTCTATGTAACACTTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245424 CTGGAAATTATGGCGAGTTCAGTGAGGTGCTCTATGTAACACTTCCTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760 ATGAGCCAATTTACATGTGAAGAAG         ATTTCTACTTTCCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 245474 ATGAGCCAATTTACATGTGAAGAAGGTA...CAGATTTCTACTTTCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCTCTTAATTATTATCTTTGGAATATTTGGGCTAACAGTGATGCTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247571 GCTCTTAATTATTATCTTTGGAATATTTGGGCTAACAGTGATGCTATTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TATTCTTATTTTCTAAACAGCAAAG         GATTAAAATGCTGATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 247621 TATTCTTATTTTCTAAACAGCAAAGGTA...AAGGATTAAAATGCTGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGCCCCCAGTTCCAGTTCCAAAGATTAAAGGAATCGATCCAGATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252194 CTGCCCCCAGTTCCAGTTCCAAAGATTAAAGGAATCGATCCAGATCTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAG         GAAGGAAAATTAGAGGAGGTGAACACAATCTTAGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252244 CAAGGTA...TAGGAAGGAAAATTAGAGGAGGTGAACACAATCTTAGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTCATGATAGCTATAAACCCGAATTCCACAGTGATGACTCTTGGGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252616 TTCATGATAGCTATAAACCCGAATTCCACAGTGATGACTCTTGGGTTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTTATTGAGCTAGATATTGATGAGCCAGATGAAAAGACTGAGGAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252666 TTTATTGAGCTAGATATTGATGAGCCAGATGAAAAGACTGAGGAATCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CACAGACAGACTTCTAAGCAGTGACCATGAGAAATCACATAGTAACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252716 CACAGACAGACTTCTAAGCAGTGACCATGAGAAATCACATAGTAACCTAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGGTGAAGGATGGCGACTCTGGACGTACCAGCTGTTGTGAACCTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252766 GGGTGAAGGATGGCGACTCTGGACGTACCAGCTGTTGTGAACCTGACATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CTGGAGACTGATTTCAATGCCAATGACATACATGAGGGTACCTCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252816 CTGGAGACTGATTTCAATGCCAATGACATACATGAGGGTACCTCAGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGCTCAGCCACAGAGGTTAAAAGGGGAAGCAGATCTCTTATGCCTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252866 TGCTCAGCCACAGAGGTTAAAAGGGGAAGCAGATCTCTTATGCCTTGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGAAGAATCAAAATAACTCACCTTATCATGATGCTTGCCCTGCTACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252916 AGAAGAATCAAAATAACTCACCTTATCATGATGCTTGCCCTGCTACTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CAGCCCAGTGTTATCCAAGCAGAGAAAAACAAACCACAACCACTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252966 CAGCCCAGTGTTATCCAAGCAGAGAAAAACAAACCACAACCACTTCCTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGAAGGAGCTGAGTCAACTCACCAAGCTGCCCATATTCAGCTAAGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253016 TGAAGGAGCTGAGTCAACTCACCAAGCTGCCCATATTCAGCTAAGCAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CAAGTTCACTGTCAAACATCGACTTTTATGCCCAGGTGAGCGACATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253066 CAAGTTCACTGTCAAACATCGACTTTTATGCCCAGGTGAGCGACATTACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CCAGCAGGTAGTGTGGTCCTTTCCCCGGGCCAAAAGAATAAGGCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253116 CCAGCAGGTAGTGTGGTCCTTTCCCCGGGCCAAAAGAATAAGGCAGGGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GTCCCAATGTGACATGCACCCGGAAATGGTCTCACTCTGCCAAGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253166 GTCCCAATGTGACATGCACCCGGAAATGGTCTCACTCTGCCAAGAAAACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TCCTTATGGACAATGCCTACTTCTGTGAGGCAGATGCCAAAAAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253216 TCCTTATGGACAATGCCTACTTCTGTGAGGCAGATGCCAAAAAGTGCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CCTGTGGCTCCTCACATCAAGGTTGAATCACACATACAGCCAAGCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253266 CCTGTGGCTCCTCACATCAAGGTTGAATCACACATACAGCCAAGCTTAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTGCTGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253316 CCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTGCTGCTGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GGCCTGGGACAGGAGAACATGTTCCAGGTTCTGAGATGCCTGTCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253366 GGCCTGGGACAGGAGAACATGTTCCAGGTTCTGAGATGCCTGTCCCAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 TATACCTCCATTCATATAGTACAGTCCCCACAGGGCCTCATACTCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253416 TATACCTCCATTCATATAGTACAGTCCCCACAGGGCCTCATACTCAATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 GACTGCCTTGCCCTTGCCTGACAAAGAGTTTCTCTCATCATGTGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253466 GACTGCCTTGCCCTTGCCTGACAAAGAGTTTCTCTCATCATGTGGCTATG

   1800     .    :    .    :    .    :
   1883 TGAGCACAGACCAACTGAACAAAATCATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 253516 TGAGCACAGACCAACTGAACAAAATCATGCCT