seq1 = pF1KE2643.tfa, 315 bp
seq2 = pF1KE2643/gi568815589r_110144160.tfa (gi568815589r:110144160_110351464), 207305 bp

>pF1KE2643 315
>gi568815589r:110144160_110351464 (Chr9)

(complement)

1-24  (95030-95053)   100% ->
25-129  (100003-100107)   100% ->
130-189  (100586-100645)   100% ->
190-255  (106622-106687)   100% ->
256-315  (107246-107305)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAGCAGATCGAGAGCAAG         ACTGCTTTTCAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  95030 ATGGTGAAGCAGATCGAGAGCAAGGTA...TAGACTGCTTTTCAGGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGGACGCTGCAGGTGATAAACTTGTAGTAGTTGACTTCTCAGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 CTTGGACGCTGCAGGTGATAAACTTGTAGTAGTTGACTTCTCAGCCACGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTGTGGGCCTTGCAAAATGATCAAGCCTTTCTTTCAT         TCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100070 GGTGTGGGCCTTGCAAAATGATCAAGCCTTTCTTTCATGTG...CAGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCTCTGAAAAGTATTCCAACGTGATATTCCTTGAAGTAGATGTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100589 CTCTCTGAAAAGTATTCCAACGTGATATTCCTTGAAGTAGATGTGGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGTCAG         GATGTTGCTTCAGAGTGTGAAGTCAAATGCATGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100639 CTGTCAGGTA...CAGGATGTTGCTTCAGAGTGTGAAGTCAAATGCATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAACATTCCAGTTTTTTAAGAAGGGACAAAAG         GTGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106656 CAACATTCCAGTTTTTTAAGAAGGGACAAAAGGTA...CAGGTGGGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTTTCTGGAGCCAATAAGGAAAAGCTTGAAGCCACCATTAATGAATTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107255 TTTTCTGGAGCCAATAAGGAAAAGCTTGAAGCCACCATTAATGAATTAGT

    350 
    315 C
        |
 107305 C