seq1 = pF1KE2642.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KE2642/gi568815576f_43899341.tfa (gi568815576f:43899341_44268675), 369335 bp

>pF1KE2642 1191
>gi568815576f:43899341_44268675 (Chr22)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-211  (100194-100333)   100% ->
212-301  (194588-194677)   97% ->
302-372  (200713-200783)   100% ->
373-475  (219698-219800)   100% ->
476-616  (232147-232287)   100% ->
617-732  (233554-233669)   100% ->
733-791  (237120-237178)   100% ->
792-811  (240784-240803)   100% ->
812-873  (248521-248582)   100% ->
874-942  (252143-252211)   100% ->
943-1044  (258642-258743)   100% ->
1045-1117  (264518-264590)   100% ->
1118-1191  (269262-269335)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCATGTGTTTAAAGATCACCAAAGAGGAGAGAAAAGGGGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACCATGTGTTTAAAGATCACCAAAGAGGAGAGAAAAGGGGATTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTCCAGAGAACAAAAACTG         CAGGAGGCTGGAGCTGAGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 TAGTCCAGAGAACAAAAACTGGTG...CAGCAGGAGGCTGGAGCTGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGGTGTTCCTGCAGCTGGGGCCTGTGCTCCCAGGCACTCATGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 GTGGGTGTTCCTGCAGCTGGGGCCTGTGCTCCCAGGCACTCATGGCTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGCTGGTTCACTTCTCCCTGGCTCAGACAGATCAGGAGTGGAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100264 CTGGCTGGTTCACTTCTCCCTGGCTCAGACAGATCAGGAGTGGAAACATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAATATGCTCAAGGAGGAG         TGAGTGACCTGCAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100314 TGAATATGCTCAAGGAGGAGGTA...CAGTGAGTGACCTGCAGGAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAAGAATGCCATCAACTCACCGATGTCCCCCGCCCTGGCGGATGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 194609 GCAAGAATGCCATCAACTCACCGATGTCCCCCGCCCTGGTGGATGTTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGAAGACACCCAGCTCG         AGGAGAACGAGGAGCGCACGAT
        ||||||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 194659 CCTGAAGACACCCAGCTTGGTA...CAGAGGAGAACGAGGAGCGCACGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATTGACCCCACTTCCAAGGAAGACCCCAAGTTCAAGGAACTGGTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 200735 GATTGACCCCACTTCCAAGGAAGACCCCAAGTTCAAGGAACTGGTCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GTCCTCCTCGACTGGATTAATGACGTGCTGGTGGAGGAGAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200785 TA...CAGGTCCTCCTCGACTGGATTAATGACGTGCTGGTGGAGGAGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCATTGTGAAGCAGCTGGAGGAAGACCTGTATGACGGCCAGGTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219740 ATCATTGTGAAGCAGCTGGAGGAAGACCTGTATGACGGCCAGGTGCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGCTCTTGG         AAAAACTGGCAGGGTGCAAGCTGAATGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 219790 GAAGCTCTTGGGTG...CAGAAAAACTGGCAGGGTGCAAGCTGAATGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGAGGTGACACAGTCCGAAATAGGGCAGAAACAGAAGCTGCAGACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232177 CTGAGGTGACACAGTCCGAAATAGGGCAGAAACAGAAGCTGCAGACGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGAAGCAGTACATGACCTGCTGCGGCCCCGAGGCTGGGCGCTCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232227 CTGGAAGCAGTACATGACCTGCTGCGGCCCCGAGGCTGGGCGCTCCGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGCGTGGACT         CAATTCACGGGAAGAACCTGGTGGCCATCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 232277 GAGCGTGGACTGTG...CAGCAATTCACGGGAAGAACCTGGTGGCCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCACCTGCTGGTCTCTCTGGCCATGCACTTCAGGGCCCCCATCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233584 TCCACCTGCTGGTCTCTCTGGCCATGCACTTCAGGGCCCCCATCCGCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTGAGCATGTAACGGTGCAGGTGGTGGTCGTGCGG         AAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 233634 CCTGAGCATGTAACGGTGCAGGTGGTGGTCGTGCGGGTG...CAGAAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAGGCCTGCTGCATTCCAGCCACATCTCGGAGGAGCTGACCACAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237125 GGAAGGCCTGCTGCATTCCAGCCACATCTCGGAGGAGCTGACCACAACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGA         GATGATGATGGGCCGGTTCG         AGCGGGAT
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 237175 CAGAGTA...CAGGATGATGATGGGCCGGTTCGGTA...CAGAGCGGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCCTTCGACACGCTGTTCGACCACGCCCCGGATAAGCTCAGCGTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248529 GCCTTCGACACGCTGTTCGACCACGCCCCGGATAAGCTCAGCGTGGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAAG         TCTCTCATCACTTTTGTGAACAAGCACCTGAACAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248579 GAAGGTG...CAGTCTCTCATCACTTTTGTGAACAAGCACCTGAACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TGAATTTGGAGGTGACGGAACTGGAGACCCAG         TTTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 252180 TGAATTTGGAGGTGACGGAACTGGAGACCCAGGTA...CAGTTTGCAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGCGTGTACCTGGTTCTGCTCATGGGCCTTCTGGAAGACTACTTTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258651 GGCGTGTACCTGGTTCTGCTCATGGGCCTTCTGGAAGACTACTTTGTTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TCTCCACCACTTCTACCTGACTCCGGAAAGCTTCGATCAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 258701 TCTCCACCACTTCTACCTGACTCCGGAAAGCTTCGATCAGAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045   GTCCACAATGTGTCCTTCGCCTTTGAGCTGATGCTGGACGGAGGCCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264516 AGGTCCACAATGTGTCCTTCGCCTTTGAGCTGATGCTGGACGGAGGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 AAGAAACCCAAGGCTCGTCCTGAAG         ACGTGGTTAACTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 264566 AAGAAACCCAAGGCTCGTCCTGAAGGTA...CAGACGTGGTTAACTTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CCTCAAATCCACCCTGAGGGTTCTTTACAACCTGTTCACCAAGTACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269278 CCTCAAATCCACCCTGAGGGTTCTTTACAACCTGTTCACCAAGTACAAGA

   1300     .
   1184 ACGTGGAG
        ||||||||
 269328 ACGTGGAG