seq1 = pF1KE2641.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KE2641/gi568815583f_41232958.tfa (gi568815583f:41232958_41480183), 247226 bp

>pF1KE2641 1317
>gi568815583f:41232958_41480183 (Chr15)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-162  (109429-109497)   100% ->
163-306  (116141-116284)   100% ->
307-445  (118034-118172)   100% ->
446-547  (123082-123183)   100% ->
548-657  (125192-125301)   100% ->
658-842  (132448-132632)   100% ->
843-1000  (138570-138727)   100% ->
1001-1117  (142755-142871)   100% ->
1118-1226  (144239-144347)   100% ->
1227-1317  (147136-147226)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCATCCCCTCTCTAGAGGAGCTGGACTCCCTCAAGTACAGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCATCCCCTCTCTAGAGGAGCTGGACTCCCTCAAGTACAGTGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGAACTTAGCCAAGAGTCTGGGTCTCCGGGCCAACCTGAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GCAGAACTTAGCCAAGAGTCTGGGTCTCCGGGCCAACCTGAGGGTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GCAACCAAGTTGTTAAAAGCCTTGAAAGGCTACATTAAACATGAGGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109427 AGGCAACCAAGTTGTTAAAAGCCTTGAAAGGCTACATTAAACATGAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAAAAGGAAATGAGAATCAG         GATGAAAGTCAAACTTCTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109477 AGAAAAGGAAATGAGAATCAGGTG...CAGGATGAAAGTCAAACTTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCCTCTTGTGATGAGACTGAGATACAGATCAGCAACCAGGAAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116161 ATCCTCTTGTGATGAGACTGAGATACAGATCAGCAACCAGGAAGAAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGACAGCCACTTGGCCATGTCACCAAAACAAGGAGAAGGTGCAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116211 AGAGACAGCCACTTGGCCATGTCACCAAAACAAGGAGAAGGTGCAAGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCGTGTGGACCCTGACTCACAG         AATCATTCAGAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116261 GTCCGTGTGGACCCTGACTCACAGGTG...CAGAATCATTCAGAGATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATAAGTAATCCCACTGAATTCCAGAATCATGAAAAGCAGGAAAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118051 AATAAGTAATCCCACTGAATTCCAGAATCATGAAAAGCAGGAAAGCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCTCAGAGCTACTGCAAAAGTTCCTTCTCCACCAGACGAGCACCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118101 ATCTCAGAGCTACTGCAAAAGTTCCTTCTCCACCAGACGAGCACCAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGAGAATGCTGTTTCCTCAG         GTAACAGAGATTCAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118151 GCTGAGAATGCTGTTTCCTCAGGTA...TAGGTAACAGAGATTCAAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCTTCAGAAGGAAAGAAATCTCTCTACACAGATGAGTCATCCAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123101 ACCTTCAGAAGGAAAGAAATCTCTCTACACAGATGAGTCATCCAAACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAAAAATAAAAGAACTGCAATCACTACTCCAA         ACTTTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123151 GAAAAAATAAAAGAACTGCAATCACTACTCCAAGTA...TAGACTTTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGCTTCATGAAGCTCATTTTAAGGAAATGGAGTCCATTGATCAATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125200 AAGCTTCATGAAGCTCATTTTAAGGAAATGGAGTCCATTGATCAATATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGAGAAAAAAGAAACATTTTGAAGAACACAATTCCATGAATGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125250 TGAGAGAAAAAAGAAACATTTTGAAGAACACAATTCCATGAATGAACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         CAGCCCATCAATAAGGGAGGGGTCAGGACTCCAGTACCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125300 AGGTA...CAGCAGCCCATCAATAAGGGAGGGGTCAGGACTCCAGTACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAAGAGGAAGACTCTCTGTGGCTTCTACTCCCATCAGCCAACGACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132487 CCAAGAGGAAGACTCTCTGTGGCTTCTACTCCCATCAGCCAACGACGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAAGGCCGGTCTTGTGGCCCTGCAAGTCAGAGTACCTTGGGTCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132537 GCAAGGCCGGTCTTGTGGCCCTGCAAGTCAGAGTACCTTGGGTCTGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGTCACTCAAGCGCTCTGCTATCTCTGCAGCTAAAACGGGTGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 132587 GGTCACTCAAGCGCTCTGCTATCTCTGCAGCTAAAACGGGTGTCAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843      GTTTTCAGCTGCTACTAAAGATAATGAGCATAAGCGTTCACTGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132637 ..TAGGTTTTCAGCTGCTACTAAAGATAATGAGCATAAGCGTTCACTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGACTCCAGCCAGAAAGTCTGCACATGTGACCGTGTCTGGGGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138615 CAAGACTCCAGCCAGAAAGTCTGCACATGTGACCGTGTCTGGGGGCACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAAAAGGCGAGGCTGTGCTTGGGACACACAAATTAAAGACCATCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138665 CAAAAGGCGAGGCTGTGCTTGGGACACACAAATTAAAGACCATCACGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATTCTGCTGCTG         TTATTACCCCATTCAAGTTGACAACTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 138715 AATTCTGCTGCTGGTA...TAGTTATTACCCCATTCAAGTTGACAACTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCAACGCAGACTCCAGTCTCCAATAAGAAACCAGTGTTTGATCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142783 GGCAACGCAGACTCCAGTCTCCAATAAGAAACCAGTGTTTGATCTTAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAAGTTTGTCTCGTCCCCTCAACTATGAACCACACAAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 142833 CAAGTTTGTCTCGTCCCCTCAACTATGAACCACACAAAGGTA...TAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGCTAAAACCATGGGGGCAATCTAAAGAAAATAATTATCTAAATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144241 AAGCTAAAACCATGGGGGCAATCTAAAGAAAATAATTATCTAAATCAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGTCAACAGAATTAACTTCTACAAGAAAACTTACAAACAACCCCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144291 TGTCAACAGAATTAACTTCTACAAGAAAACTTACAAACAACCCCATCTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGACAAA         GGAAGAGCAACGGAAGAAACGCGAGCAAGAACGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144341 AGACAAAGTA...CAGGGAAGAGCAACGGAAGAAACGCGAGCAAGAACGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGGAGAAGAAAGCAAAGGTTTTGGGAATGCGAAGGGGCCTCATTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147170 AAGGAGAAGAAAGCAAAGGTTTTGGGAATGCGAAGGGGCCTCATTTTGGC

   1400     .
   1311 TGAAGAT
        |||||||
 147220 TGAAGAT