seq1 = pF1KE2640.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KE2640/gi568815596f_26592876.tfa (gi568815596f:26592876_26828565), 235690 bp

>pF1KE2640 1182
>gi568815596f:26592876_26828565 (Chr2)

1-283  (100001-100283)   100% ->
284-1182  (134792-135690)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCGGCAGAACGTGCGCACGCTGGCGCTCATCGTGTGCACCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCGGCAGAACGTGCGCACGCTGGCGCTCATCGTGTGCACCTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCTGCTGGTGGGCGCCGCGGTCTTCGACGCGCTGGAGTCGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACCTGCTGGTGGGCGCCGCGGTCTTCGACGCGCTGGAGTCGGAGCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGATCGAGCGGCAGCGGCTGGAGCTGCGGCAGCAGGAGCTGCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGATCGAGCGGCAGCGGCTGGAGCTGCGGCAGCAGGAGCTGCGGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTACAACCTCAGCCAGGGCGGCTACGAGGAGCTGGAGCGCGTCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTACAACCTCAGCCAGGGCGGCTACGAGGAGCTGGAGCGCGTCGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGCCTCAAGCCGCACAAGGCCGGCGTGCAGTGGCGCTTCGCCGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGCCTCAAGCCGCACAAGGCCGGCGTGCAGTGGCGCTTCGCCGGCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTACTTCGCCATCACCGTCATCACCACCATCG         GCTACGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100251 TCTACTTCGCCATCACCGTCATCACCACCATCGGTA...CAGGCTACGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACGCGGCACCCAGCACGGATGGCGGCAAGGTGTTCTGCATGTTCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134800 CACGCGGCACCCAGCACGGATGGCGGCAAGGTGTTCTGCATGTTCTACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGCTGGGCATCCCGCTCACGCTCGTCATGTTCCAGAGCCTGGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134850 GCTGCTGGGCATCCCGCTCACGCTCGTCATGTTCCAGAGCCTGGGCGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCATCAACACCTTGGTGAGGTACCTGCTGCACCGCGCCAAGAAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134900 GCATCAACACCTTGGTGAGGTACCTGCTGCACCGCGCCAAGAAGGGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCATGCGGCGCGCCGACGTGTCCATGGCCAACATGGTGCTCATCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134950 GGCATGCGGCGCGCCGACGTGTCCATGGCCAACATGGTGCTCATCGGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCTCGTGCATCAGCACGCTGTGCATCGGCGCCGCCGCCTTCTCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135000 CTTCTCGTGCATCAGCACGCTGTGCATCGGCGCCGCCGCCTTCTCCCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACGAGCACTGGACCTTCTTCCAGGCCTACTACTACTGCTTCATCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135050 ACGAGCACTGGACCTTCTTCCAGGCCTACTACTACTGCTTCATCACCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCACCATCGGCTTCGGCGACTACGTGGCGCTGCAGAAGGACCAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135100 ACCACCATCGGCTTCGGCGACTACGTGGCGCTGCAGAAGGACCAGGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCAGACGCAGCCGCAGTACGTGGCCTTCAGCTTCGTCTACATCCTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135150 GCAGACGCAGCCGCAGTACGTGGCCTTCAGCTTCGTCTACATCCTTACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCTCACGGTCATCGGCGCCTTCCTCAACCTCGTGGTGCTGCGCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135200 GCCTCACGGTCATCGGCGCCTTCCTCAACCTCGTGGTGCTGCGCTTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCATGAACGCCGAGGACGAGAAGCGCGACGCCGAGCACCGCGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135250 ACCATGAACGCCGAGGACGAGAAGCGCGACGCCGAGCACCGCGCGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACGCGCAACGGGCAGGCGGGCGGCGGCGGAGGGGGTGGCAGCGCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135300 CACGCGCAACGGGCAGGCGGGCGGCGGCGGAGGGGGTGGCAGCGCGCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTACGGACACCGCCTCATCCACGGCGGCAGCGGGCGGCGGCGGCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135350 CTACGGACACCGCCTCATCCACGGCGGCAGCGGGCGGCGGCGGCTTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AACGTCTACGCGGAGGTGCTGCACTTCCAGTCCATGTGCTCGTGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135400 AACGTCTACGCGGAGGTGCTGCACTTCCAGTCCATGTGCTCGTGCCTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTACAAGAGCCGCGAGAAGCTGCAGTACTCCATCCCCATGATCATCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135450 GTACAAGAGCCGCGAGAAGCTGCAGTACTCCATCCCCATGATCATCCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGGACCTCTCCACGTCCGACACGTGCGTGGAGCAGAGCCACTCGTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135500 GGGACCTCTCCACGTCCGACACGTGCGTGGAGCAGAGCCACTCGTCGCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGAGGGGGCGGCCGCTACAGCGACACGCCCTCGCGACGCTGCCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135550 GGAGGGGGCGGCCGCTACAGCGACACGCCCTCGCGACGCTGCCTGTGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CGGGGCGCCACGCTCCGCCATCAGCTCGGTGTCCACGGGTCTGCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135600 CGGGGCGCCACGCTCCGCCATCAGCTCGGTGTCCACGGGTCTGCACAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGTCCACCTTCCGCGGCCTCATGAAGCGCAGGAGCTCCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135650 TGTCCACCTTCCGCGGCCTCATGAAGCGCAGGAGCTCCGTG