seq1 = pF1KE2636.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE2636/gi568815593f_83383519.tfa (gi568815593f:83383519_83612416), 228898 bp

>pF1KE2636 1062
>gi568815593f:83383519_83612416 (Chr5)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-445  (106580-106954)   100% ->
446-620  (110028-110202)   100% ->
621-748  (110286-110413)   100% ->
749-1062  (128585-128898)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCATAAATATAAAGAGCATCTTATGGATGTGTTCAACCTTAATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCATAAATATAAAGAGCATCTTATGGATGTGTTCAACCTTAATAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCCATGCGCTACATAAAG         TCAAAGTGGGAAAAAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 AACCCATGCGCTACATAAAGGTG...TAGTCAAAGTGGGAAAAAGCCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGTGAGGGGCTCCCTCTCTGGAAAAGTCAGCCTACCTTGTCATTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106601 CGGTGAGGGGCTCCCTCTCTGGAAAAGTCAGCCTACCTTGTCATTTTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGATGCCTACTTTGCCACCCAGTTACAACACCAGTGAATTTCTCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106651 ACGATGCCTACTTTGCCACCCAGTTACAACACCAGTGAATTTCTCCGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAATGGTCTAAGATTGAAGTGGACAAAAATGGAAAAGATTTGAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106701 CAAATGGTCTAAGATTGAAGTGGACAAAAATGGAAAAGATTTGAAAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTACTGTCCTTGTGGCCCAAAATGGAAATATCAAGATTGGTCAGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106751 CTACTGTCCTTGTGGCCCAAAATGGAAATATCAAGATTGGTCAGGACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGGGAGAGTGTCTGTGCCCACACATCCCGAGGCTGTGGGCGATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106801 AAAGGGAGAGTGTCTGTGCCCACACATCCCGAGGCTGTGGGCGATGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCACTGTGGTCAAGCTGCTGGCAAGTGATGCGGGTCTTTACCGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106851 CCTCACTGTGGTCAAGCTGCTGGCAAGTGATGCGGGTCTTTACCGCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGTCATGTACGGGATTGAAGACACACAAGACACGGTGTCACTGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106901 ACGTCATGTACGGGATTGAAGACACACAAGACACGGTGTCACTGACTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATG         GGGTTGTGTTTCACTACAGGGCGGCAACCAGCAGGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106951 GATGGTA...CAGGGGTTGTGTTTCACTACAGGGCGGCAACCAGCAGGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACACTGAATTTTGAGGCTGCTCAGAAGGCTTGTTTGGACGTTGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110065 CACACTGAATTTTGAGGCTGCTCAGAAGGCTTGTTTGGACGTTGGGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATAGCAACTCCAGAGCAGCTCTTTGCTGCCTATGAAGATGGATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110115 TCATAGCAACTCCAGAGCAGCTCTTTGCTGCCTATGAAGATGGATTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGTGTGACGCAGGCTGGCTGGCTGATCAGACTGTCAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110165 CAGTGTGACGCAGGCTGGCTGGCTGATCAGACTGTCAGGTA...CAGATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCCATCCGGGCTCCCAGAGTAGGCTGTTATGGAGATAAGATGGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110289 TCCCATCCGGGCTCCCAGAGTAGGCTGTTATGGAGATAAGATGGGAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGGAGTCAGGACTTATGGATTCCGTTCTCCCCAGGAAACTTACGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110339 CAGGAGTCAGGACTTATGGATTCCGTTCTCCCCAGGAAACTTACGATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATTGTTATGTGGATCATCTGGATG         GTGATGTGTTCCACCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110389 TATTGTTATGTGGATCATCTGGATGGTA...CAGGTGATGTGTTCCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACTGTCCCCAGTAAATTCACCTTCGAGGAGGCTGCAAAAGAGTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128601 CACTGTCCCCAGTAAATTCACCTTCGAGGAGGCTGCAAAAGAGTGTGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACCAGGATGCCAGGCTGGCAACAGTGGGGGAACTCCAGGCGGCATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128651 ACCAGGATGCCAGGCTGGCAACAGTGGGGGAACTCCAGGCGGCATGGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACGGCTTTGACCAGTGCGATTACGGGTGGCTGTCGGATGCCAGCGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128701 AACGGCTTTGACCAGTGCGATTACGGGTGGCTGTCGGATGCCAGCGTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCACCCTGTGACTGTGGCCAGGGCCCAGTGTGGAGGTGGTCTACTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128751 CCACCCTGTGACTGTGGCCAGGGCCCAGTGTGGAGGTGGTCTACTTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGAGAACCCTGTATCGTTTTGAGAACCAGACAGGCTTCCCTCCCCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128801 TGAGAACCCTGTATCGTTTTGAGAACCAGACAGGCTTCCCTCCCCCTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1015 AGCAGATTTGATGCCTACTGCTTTAAACGTAAGTGTTTGATACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128851 AGCAGATTTGATGCCTACTGCTTTAAACGTAAGTGTTTGATACCTTTT