seq1 = pF1KE2635.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE2635/gi568815580f_6773472.tfa (gi568815580f:6773472_7012151), 238680 bp

>pF1KE2635 1170
>gi568815580f:6773472_7012151 (Chr18)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-195  (100213-100304)   100% ->
196-273  (102660-102737)   100% ->
274-436  (108666-108828)   100% ->
437-519  (113686-113768)   100% ->
520-717  (116417-116614)   99% ->
718-831  (116959-117072)   99% ->
832-888  (121364-121420)   100% ->
889-1013  (123031-123155)   100% ->
1014-1078  (135489-135553)   100% ->
1079-1170  (138589-138680)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAAATCCGCCATCTCTCTCTGATTGAATTGACTGCCTTTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAAATCCGCCATCTCTCTCTGATTGAATTGACTGCCTTTTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTTTGGAATTCAACTGAAAAGGAACAAAACAGAGAAAGTAAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCTTTGGAATTCAACTGAAAAGGAACAAAACAGAGAAAGTAAAAGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAG         ACAATGGGATTTTTGGAGTTCCACTTACAGTCCTCCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGTA...AAGACAATGGGATTTTTGGAGTTCCACTTACAGTCCTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACGGTGACCGAAAGAAAGACCCTGGAGTGAAAGTTCCCCTGGTATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GACGGTGACCGAAAGAAAGACCCTGGAGTGAAAGTTCCCCTGGTATTACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAA         TTTTTTGAGAAAGTTGAGGAATCAGGTCTGGAATCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAAGTG...TAGTTTTTTGAGAAAGTTGAGGAATCAGGTCTGGAATCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGAATTTTTCGACTTTCAGGATGTACTGCTAAAGTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102697 AAGGAATTTTTCGACTTTCAGGATGTACTGCTAAAGTCAAGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAATACCGTGAAGAACTTGATGCCAAGTTTAATGCTGATAAATTTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108666 CAATACCGTGAAGAACTTGATGCCAAGTTTAATGCTGATAAATTTAAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACAAAATGTGCCATAGAGAAGCTGCAGTAATGTTGAAAGCGTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108716 GGACAAAATGTGCCATAGAGAAGCTGCAGTAATGTTGAAAGCGTTTTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAACTACCCACCTCTCTCTTCCCTGTGGAATATATACCTGCCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108766 GAGAACTACCCACCTCTCTCTTCCCTGTGGAATATATACCTGCCTTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTCTAATGGAAA         GAGGGCCTCACGTCAAAGTACAGTTTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108816 AGTCTAATGGAAAGTA...TAGGAGGGCCTCACGTCAAAGTACAGTTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCCTTACACCTCATGGTCATGGCGCTGCCTGATGCCAACAGAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113714 AGCCTTACACCTCATGGTCATGGCGCTGCCTGATGCCAACAGAGATGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCAG         GCCCTCATGACATTCTTCAATAAAGTGATTGCCAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113764 CTCAGGTA...TAGGCCCTCATGACATTCTTCAATAAAGTGATTGCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAATCAAAAAACCGAATGAGTCTGTGGAACATTTCTACAGTGATGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116453 GAATCAAAAAACCGAATGAGTCTGTGGAACATTTCTACAGTGATGGCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAACCTTTTCTTCAGTAGAAGCAAACACTCTGATTATGAAGAATTACTGT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116503 AAACCTTTTCTTCAGTAGAAGCAAACACTCTGATTATGAAGAATTACTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGCAAACACTGCGGCCCACATCATCCGCCTAATGCTTAAGTACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116553 TAGCAAACACTGCGGCCCACATCATCCGCCTAATGCTTAAGTACCAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTTTGTGGAAG         GTTCCGTCTTTCTTAATCACTCAAGTAAG
        ||||||||||||>>>...>>>||||| |||||||||||||||||||||||
 116603 ATTTTGTGGAAGGTG...CAGGTTCCATCTTTCTTAATCACTCAAGTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGAATGAATGAAGCCACGATGCTATTGAAGAAGCAGCTCCCAAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116988 AAGAATGAATGAAGCCACGATGCTATTGAAGAAGCAGCTCCCAAGTGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGAAGCTGCTCAGGAGGAAGACCCTCGAGCGGGAG         ACTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117038 GGAAGCTGCTCAGGAGGAAGACCCTCGAGCGGGAGGTA...TAGACTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGCCCCAAGACTTCAAAGGTACTGCAAAAATCACCCTCGGCAAGACGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121370 AGCCCCAAGACTTCAAAGGTACTGCAAAAATCACCCTCGGCAAGACGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         TCTGACGTGCCGGAAGGAGTCATACGGGTCCATGCTCCAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121420 GGTA...CAGTCTGACGTGCCGGAAGGAGTCATACGGGTCCATGCTCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCTCTCCAAGGTGTCCATGGCCATTCAACTCAACAATCAAACCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123071 TTCTCTCCAAGGTGTCCATGGCCATTCAACTCAACAATCAAACCAAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAGACATATTGGCAAAATTTCAATATGAAAACAG         TCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123121 AAAGACATATTGGCAAAATTTCAATATGAAAACAGGTG...CAGTCATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTCATCAGAATGTATTAAGATTCAGAACCAAAGGTTATATGAAATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135495 TTCATCAGAATGTATTAAGATTCAGAACCAAAGGTTATATGAAATTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAAATATAG         GAGAGCATTGCTTGGATCCAGATGCTTATATA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 135545 GAAATATAGGTA...TAGGAGAGCATTGCTTGGATCCAGATGCTTATATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTGGATGTATATCGTATAAATCCTCAAGCAGAATGGGTGATTAAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138621 TTGGATGTATATCGTATAAATCCTCAAGCAGAATGGGTGATTAAACCCCA

   1250     .    :
   1161 ACCAAGTTCT
        || |||||||
 138671 ACAAAGTTCT