seq1 = pF1KE2633.tfa, 2586 bp
seq2 = pF1KE2633/gi568815581f_5208693.tfa (gi568815581f:5208693_5483220), 274528 bp

>pF1KE2633 2586
>gi568815581f:5208693_5483220 (Chr17)

1-34  (73795-73828)   100% ->
35-163  (100002-100130)   100% ->
164-367  (123257-123460)   100% ->
368-528  (126492-126652)   100% ->
529-648  (129327-129446)   100% ->
649-784  (138098-138233)   100% ->
785-963  (141759-141937)   100% ->
964-1095  (145667-145798)   100% ->
1096-1563  (152516-152983)   100% ->
1564-1668  (154220-154324)   100% ->
1669-1785  (156430-156546)   100% ->
1786-1884  (159678-159776)   100% ->
1885-2025  (164622-164762)   100% ->
2026-2215  (168424-168613)   99% ->
2216-2271  (169485-169540)   100% ->
2272-2370  (171672-171770)   100% ->
2371-2487  (172697-172813)   97% ->
2488-2586  (174430-174528)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGCCGGGCCCGGCTTCCCAGCCTGACG         TTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  73795 ATGGCGCAGCCGGGCCCGGCTTCCCAGCCTGACGGTG...CAGTTTCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAGCAACGGGTAGCAGAATTGGAAAAAATTAATGCAGAATTTTTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 TCAGCAACGGGTAGCAGAATTGGAAAAAATTAATGCAGAATTTTTACGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAACAGCAGCTTGAACAAGAATTTAATCAAAAGAGAGCAAAATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CACAACAGCAGCTTGAACAAGAATTTAATCAAAAGAGAGCAAAATTTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTTATATTTGGCTAAAGAGG         AGGATCTGAAGAGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100109 GAGTTATATTTGGCTAAAGAGGGTA...CAGAGGATCTGAAGAGGCAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCAGTATTACAAGCTGCACAAGATGATTTGGGACACCTTCGAACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123276 TGCAGTATTACAAGCTGCACAAGATGATTTGGGACACCTTCGAACCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGGGAAGCTCAAGCAGAGATGGAGAATATTAAGGCGATTGCCACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123326 TGTGGGAAGCTCAAGCAGAGATGGAGAATATTAAGGCGATTGCCACAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGAGAACACCAAGCAAGAAGCTATAGATGAAGTGAAAAGACAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123376 TCTGAGAACACCAAGCAAGAAGCTATAGATGAAGTGAAAAGACAGTGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGAAGTTGCTTCACTTCAGGCTGTTATGAAAG         AAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123426 AGAAGAAGTTGCTTCACTTCAGGCTGTTATGAAAGGTA...TAGAAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCGTGACTATGAGCACCAGTTCCACCTTAGGCTGGAGCAGGAGCGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126498 TTCGTGACTATGAGCACCAGTTCCACCTTAGGCTGGAGCAGGAGCGAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGTGGGCACAGTATAGAGAATCCGCAGAGAGGGAAATAGCTGATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126548 CAGTGGGCACAGTATAGAGAATCCGCAGAGAGGGAAATAGCTGATTTAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGAAGGCTGTCTGAAGGTCAAGAGGAGGAAAATTTAGAAAATGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126598 AAGAAGGCTGTCTGAAGGTCAAGAGGAGGAAAATTTAGAAAATGAAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAG         GCCCAAGAGGATGCTGAGAAACTTCGGTCCGTTGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126648 AAAAGGTA...TAGGCCCAAGAGGATGCTGAGAAACTTCGGTCCGTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGCCAATGGAAAAGGAAATTGCAGCTTTGAAGGATAAACTGACAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129363 ATGCCAATGGAAAAGGAAATTGCAGCTTTGAAGGATAAACTGACAGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAAGACAAAATTAAAGAGCTGGAGGCCTCAAAG         GTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129413 TGAAGACAAAATTAAAGAGCTGGAGGCCTCAAAGGTT...CAGGTTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACTGAATCATTATCTGGAAGCTGAGAAATCTTGTAGGACTGATCTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138105 AACTGAATCATTATCTGGAAGCTGAGAAATCTTGTAGGACTGATCTAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGTATGTAGCTGTTTTGAATACTCAGAAATCTGTTCTACAGGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138155 ATGTATGTAGCTGTTTTGAATACTCAGAAATCTGTTCTACAGGAAGATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGAAACTGCGGAAAGAATTGCATGAAG         TTTGCCATCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 138205 TGAGAAACTGCGGAAAGAATTGCATGAAGGTA...CAGTTTGCCATCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGAGCAAGAGCGACAACAACACAACCAGTTAAAACATACGTGGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141771 TGGAGCAAGAGCGACAACAACACAACCAGTTAAAACATACGTGGCAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCAATGACCAGTTTCTGGAATCTCAGCGTTTACTGATGAGAGACATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141821 GCCAATGACCAGTTTCTGGAATCTCAGCGTTTACTGATGAGAGACATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCGAATGGAGATTGTGCTAACTTCAGAACAGCTCCGACAAGTTGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141871 GCGAATGGAGATTGTGCTAACTTCAGAACAGCTCCGACAAGTTGAAGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAAGAAGAAAGATCAG         GAGGATGATGAACAACAAAGACTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 141921 TGAAGAAGAAAGATCAGGTG...TAGGAGGATGATGAACAACAAAGACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATAAGAGAAAGGATCACAAAAAAGCAGATGTTGAGGAAGAAATAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145691 AATAAGAGAAAGGATCACAAAAAAGCAGATGTTGAGGAAGAAATAAAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCAGTAGTGTGTGCTTTAACTCAAGAAGAATCTTCAGCCCAGTTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145741 ACCAGTAGTGTGTGCTTTAACTCAAGAAGAATCTTCAGCCCAGTTATCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATGAAGAG         GAGCATTTAGACAGCACCCGTGGCTCAGTTCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 145791 ATGAAGAGGTA...CAGGAGCATTTAGACAGCACCCGTGGCTCAGTTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCTTAGATGCAGGCTTGCTGTTGCCATCTGGAGATCCTTTCAGTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152549 TCCTTAGATGCAGGCTTGCTGTTGCCATCTGGAGATCCTTTCAGTAAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGACAATGACATGTTTAAAGATGGACTCAGGAGAGCACAGTCTACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152599 GGACAATGACATGTTTAAAGATGGACTCAGGAGAGCACAGTCTACAGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCTTGGGAACCTCGGGCTCATTGCAATCCAAAGCTTTAGGCTATAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152649 GCTTGGGAACCTCGGGCTCATTGCAATCCAAAGCTTTAGGCTATAACTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAAGCAAAATCTGCTGGAAACCTGGACGAGTCAGATTTTGGACCACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152699 AAAGCAAAATCTGCTGGAAACCTGGACGAGTCAGATTTTGGACCACTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGGAGCAGATTCAGTGTCTGAGAACTTTGATACTGCATCCCTTGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152749 AGGAGCAGATTCAGTGTCTGAGAACTTTGATACTGCATCCCTTGGGTCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCCAGATGCCAAGTGGGTTTATGTTAACCAAAGATCAGGAAAGAGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152799 TCCAGATGCCAAGTGGGTTTATGTTAACCAAAGATCAGGAAAGAGCAATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGGCGATGACACCAGAACAAGAAGAGACAGCGTCCCTCCTCTCCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152849 AAGGCGATGACACCAGAACAAGAAGAGACAGCGTCCCTCCTCTCCAGCGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TACCCAGGGCATGGAGAGTGCCTATGTGTCCCCTAGTGGTTATCGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152899 TACCCAGGGCATGGAGAGTGCCTATGTGTCCCCTAGTGGTTATCGTTTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TTAGTGAAACAGAATGGAATCTCTTGCAGAAAGAG         GTACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 152949 TTAGTGAAACAGAATGGAATCTCTTGCAGAAAGAGGTG...CAGGTACAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AATGCTGGAAATAAACTTGGTAGACGTTGTGATATGTGTTCCAATTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154226 AATGCTGGAAATAAACTTGGTAGACGTTGTGATATGTGTTCCAATTACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AAAACAGTTACAAGGAATTCAGATTCAGGAGGCTGAAACGAGAGACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 154276 AAAACAGTTACAAGGAATTCAGATTCAGGAGGCTGAAACGAGAGACCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669         GTGAAAAAACTACAGCTGATGCTAAGGCAAGCTAATGACCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154326 TG...CAGGTGAAAAAACTACAGCTGATGCTAAGGCAAGCTAATGACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TTAGAGAAGACAATGAAAGATAAGCAGGAGCTGGAAGACTTCATAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156472 TTAGAGAAGACAATGAAAGATAAGCAGGAGCTGGAAGACTTCATAAAGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AAGCAGCGAAGATTCGAGTCACCAG         ATCTCTGCACTCGTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 156522 AAGCAGCGAAGATTCGAGTCACCAGGTA...AAGATCTCTGCACTCGTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TAAGAGCCCAGGCCTCCGAGATCTTACTTGAAGAGTTACAGCAGGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159694 TAAGAGCCCAGGCCTCCGAGATCTTACTTGAAGAGTTACAGCAGGGGCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TCCCAGGCAAAGAGGGATGTTCAGGAACAGATG         GCGGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 159744 TCCCAGGCAAAGAGGGATGTTCAGGAACAGATGGTA...TAGGCGGTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GATGCAGTCACGGGAACAGGTTTCAGAAGAGCTGGTGAGGTTACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164630 GATGCAGTCACGGGAACAGGTTTCAGAAGAGCTGGTGAGGTTACAGAAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ATAATGACAGTCTCCAGGGAAAGCACAGCCTGCATGTGTCATTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164680 ATAATGACAGTCTCCAGGGAAAGCACAGCCTGCATGTGTCATTACAGCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GCAGAAGACTTCATCCTCCCAGACACTACAGAG         GCACTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 164730 GCAGAAGACTTCATCCTCCCAGACACTACAGAGGTA...CAGGCACTGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGAGTTGGTATTAAAATACCGCGAGGACATCATTAATGTGCGGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 168432 GGAGTTGGTATTAAAATACCGTGAGGACATCATTAATGTGCGGACAGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CAGACCACGTAGAAGAAAAGCTGAAGGCTGAGATACTTTTCCTAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168482 CAGACCACGTAGAAGAAAAGCTGAAGGCTGAGATACTTTTCCTAAAAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CAGATCCAAGCAGAACAGTGTTTAAAAGAAAATCTTGAAGAAACTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168532 CAGATCCAAGCAGAACAGTGTTTAAAAGAAAATCTTGAAGAAACTCTGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 ACTAGAAATAGAAAACTGCAAGGAGGAAATAG         CTTCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 168582 ACTAGAAATAGAAAACTGCAAGGAGGAAATAGGTG...TAGCTTCTATTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CTAGCCTAAAAGCTGAATTAGAAAGAATAAAAGTGGAAAAAGGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 169494 CTAGCCTAAAAGCTGAATTAGAAAGAATAAAAGTGGAAAAAGGACAGGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2272       TTGGAGTCCACATTAAGAGAGAAGTCTCAACAGCTTGAGAGTCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169544 ...CAGTTGGAGTCCACATTAAGAGAGAAGTCTCAACAGCTTGAGAGTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TCAGGAAATAAAGATCAGTTTGGAAGAGCAGTTAAAGAAAGAGACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171716 TCAGGAAATAAAGATCAGTTTGGAAGAGCAGTTAAAGAAAGAGACTGCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CTAAG         GCTACCGTTGAACAGCTAATGTTTGAAGAGAAGAAC
        |||||>>>...>>>|||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
 171766 CTAAGGTA...TAGGCTACCGTTGAACAACTAATGTTTGAAGAGAAGAAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AAAGCTCAGAGATTACAGACAGAATTAGATGTCAGTGAGCAAGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172733 AAAGCTCAGAGATTACAGACAGAATTAGATGTCAGTGAGCAAGTCCAGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 AGATTTTGTAAAGCTTTCACAGACCCTTCAG         GTGCAGTTAG
         ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 172783 GGATTTTGTAAAGCTTTCACAGACCCTTCAGGTG...CAGGTGCAGTTAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 AGCGGATCCGGCAAGCTGACTCCTTGGAGAGAATCCGGGCAATTCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174440 AGCGGATCCGGCAAGCTGACTCCTTGGAGAGAATCCGGGCAATTCTGAAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .
   2548 GATACTAAACTGACAGACATTAACCAGCTTCCTGAGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174490 GATACTAAACTGACAGACATTAACCAGCTTCCTGAGACA