seq1 = pF1KE2628.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KE2628/gi568815582f_55556695.tfa (gi568815582f:55556695_55801934), 245240 bp

>pF1KE2628 1851
>gi568815582f:55556695_55801934 (Chr16)

1-274  (100001-100274)   100% ->
275-406  (112871-113002)   100% ->
407-644  (115244-115481)   100% ->
645-783  (128449-128587)   100% ->
784-918  (135224-135358)   100% ->
919-1022  (137316-137419)   100% ->
1023-1147  (138584-138708)   100% ->
1148-1260  (139531-139643)   100% ->
1261-1389  (141203-141331)   100% ->
1390-1489  (141775-141874)   100% ->
1490-1590  (142860-142960)   100% ->
1591-1758  (143445-143612)   100% ->
1759-1830  (145169-145240)   100% ->
1831-1851  (145629-145649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCTGGCGCGGATGAACCCGCAGGTGCAGCCCGAGAACAACGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCTGGCGCGGATGAACCCGCAGGTGCAGCCCGAGAACAACGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACACGGGTCCAGAGCAGCCCCTTCGGGCGCGCAAAACTGCGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACACGGGTCCAGAGCAGCCCCTTCGGGCGCGCAAAACTGCGGAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGGTGAAGGAGCGCAACGGCGTCCAGTGCCTGCTGGCGCCCCGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGGTGAAGGAGCGCAACGGCGTCCAGTGCCTGCTGGCGCCCCGCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGACGCGCAGCCCCGGGAGACCTGGGGCAAGAAGATCGACTTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGACGCGCAGCCCCGGGAGACCTGGGGCAAGAAGATCGACTTCCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCGTAGTCGGCTTCGCAGTGGACCTGGCCAACGTGTGGCGCTTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCGTAGTCGGCTTCGCAGTGGACCTGGCCAACGTGTGGCGCTTCCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTCTGCTACAAGAACGGCGGCG         GTGCCTTCTTGATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100251 ACCTCTGCTACAAGAACGGCGGCGGTG...CAGGTGCCTTCTTGATCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACACACTGTTCCTTATCATCGCGGGGATGCCCCTGTTCTACATGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112888 TACACACTGTTCCTTATCATCGCGGGGATGCCCCTGTTCTACATGGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCTCTGGGACAGTACAACCGGGAGGGGGCTGCCACCGTTTGGAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112938 GGCTCTGGGACAGTACAACCGGGAGGGGGCTGCCACCGTTTGGAAAATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCCATTCTTCAAAG         GCGTTGGCTATGCTGTCATCCTGATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112988 GCCCATTCTTCAAAGGTA...CAGGCGTTGGCTATGCTGTCATCCTGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCTGTACGTTGGCTTCTACTACAACGTCATCATCGCCTGGTCACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115270 GCCCTGTACGTTGGCTTCTACTACAACGTCATCATCGCCTGGTCACTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACCTCTTCTCCTCCTTCACCCTCAACCTGCCCTGGACCGACTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115320 CTACCTCTTCTCCTCCTTCACCCTCAACCTGCCCTGGACCGACTGTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACACCTGGAACAGCCCCAACTGTACCGACCCCAAGCTCCTCAATGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115370 ACACCTGGAACAGCCCCAACTGTACCGACCCCAAGCTCCTCAATGGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGCTTGGCAACCACACCAAGTACTCCAAGTACAAGTTCACGCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115420 GTGCTTGGCAACCACACCAAGTACTCCAAGTACAAGTTCACGCCGGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGAGTTTTATGA         GCGTGGTGTCCTGCACCTTCACGAGAGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115470 CGAGTTTTATGAGTA...CAGGCGTGGTGTCCTGCACCTTCACGAGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCGGGATTCATGACATCGGCCTGCCCCAGTGGCAGCTCTTGCTCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128478 GCGGGATTCATGACATCGGCCTGCCCCAGTGGCAGCTCTTGCTCTGTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATGGTCGTCGTCATCGTCTTGTATTTTAGCCTCTGGAAAGGGGTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128528 ATGGTCGTCGTCATCGTCTTGTATTTTAGCCTCTGGAAAGGGGTGAAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATCAGGAAAG         GTGGTGTGGATCACAGCCACGCTGCCTTACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128578 ATCAGGAAAGGTA...CAGGTGGTGTGGATCACAGCCACGCTGCCTTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCGTGCTGTTCGTGCTCCTGGTCCATGGCGTCACGCTGCCCGGAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135255 TCGTGCTGTTCGTGCTCCTGGTCCATGGCGTCACGCTGCCCGGAGCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AATGGCATCAATGCCTACCTGCACATCGACTTCTACCGCTTGAAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135305 AATGGCATCAATGCCTACCTGCACATCGACTTCTACCGCTTGAAAGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CACG         GTATGGATTGATGCCGCAACTCAGATATTTTTTTCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135355 CACGGTC...CAGGTATGGATTGATGCCGCAACTCAGATATTTTTTTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGGGGCTGGATTTGGAGTATTGATTGCATTTGCCAGTTACAACAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137353 TGGGGGCTGGATTTGGAGTATTGATTGCATTTGCCAGTTACAACAAATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACAACAACTGTTACAG         GGATGCCCTGCTGACCAGCAGCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 137403 GACAACAACTGTTACAGGTA...CAGGGATGCCCTGCTGACCAGCAGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAACTGTATCACCAGCTTCGTCTCTGGGTTCGCCATCTTCTCCATCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138608 CAACTGTATCACCAGCTTCGTCTCTGGGTTCGCCATCTTCTCCATCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTTACATGGCCCATGAACACAAGGTCAACATTGAGGATGTGGCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138658 GTTACATGGCCCATGAACACAAGGTCAACATTGAGGATGTGGCCACAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 G         GAGCTGGCCTAGTGTTCATCCTGTATCCAGAGGCCATTTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138708 GGTG...CAGGAGCTGGCCTAGTGTTCATCCTGTATCCAGAGGCCATTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TACCCTGTCTGGATCTACATTCTGGGCTGTTGTGTTTTTCGTCATGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139571 TACCCTGTCTGGATCTACATTCTGGGCTGTTGTGTTTTTCGTCATGCTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGCGCTGGGCCTTGACAGCTCA         ATGGGAGGCATGGAGGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139621 TGGCGCTGGGCCTTGACAGCTCAGTG...CAGATGGGAGGCATGGAGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTCATCACGGGCCTGGCAGATGACTTCCAGGTCCTGAAGCGACACCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141221 GTCATCACGGGCCTGGCAGATGACTTCCAGGTCCTGAAGCGACACCGGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACTCTTCACATTTGGCGTCACCTTCAGCACTTTCCTTCTCGCCCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141271 ACTCTTCACATTTGGCGTCACCTTCAGCACTTTCCTTCTCGCCCTGTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCATAACCAAG         GGTGGAATTTACGTCTTGACCCTCCTGGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 141321 GCATAACCAAGGTG...CAGGGTGGAATTTACGTCTTGACCCTCCTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACCTTTGCTGCGGGCACCTCCATCCTTTTTGCTGTCCTCATGGAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141805 ACCTTTGCTGCGGGCACCTCCATCCTTTTTGCTGTCCTCATGGAAGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CGGAGTTTCCTGGTTTTATG         GAGTGGACAGGTTCAGCAACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 141855 CGGAGTTTCCTGGTTTTATGGTA...CAGGAGTGGACAGGTTCAGCAACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACATCCAGCAGATGATGGGGTTCAGGCCGGGTCTATACTGGAGACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142881 ACATCCAGCAGATGATGGGGTTCAGGCCGGGTCTATACTGGAGACTGTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGGAAGTTCGTCAGTCCTGCCTTCCTCCTG         TTCGTGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 142931 TGGAAGTTCGTCAGTCCTGCCTTCCTCCTGGTG...TAGTTCGTGGTTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGTCAGCATCATCAACTTCAAGCCACTCACCTACGACGACTACATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143456 GGTCAGCATCATCAACTTCAAGCCACTCACCTACGACGACTACATCTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CGCCCTGGGCCAACTGGGTGGGGTGGGGCATCGCCCTGTCCTCCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143506 CGCCCTGGGCCAACTGGGTGGGGTGGGGCATCGCCCTGTCCTCCATGGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGGTGCCCATCTACGTCATCTATAAGTTCCTCAGCACGCAGGGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143556 CTGGTGCCCATCTACGTCATCTATAAGTTCCTCAGCACGCAGGGCTCTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TTGGGAG         AGACTGGCCTATGGCATCACGCCAGAGAACGAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143606 TTGGGAGGTG...CAGAGACTGGCCTATGGCATCACGCCAGAGAACGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACCACCTGGTGGCTCAGAGGGACATCAGACAGTTCCAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 145203 ACCACCTGGTGGCTCAGAGGGACATCAGACAGTTCCAGGTG...CAGTTG

   1950     .    :    .
   1834 CAACACTGGCTGGCCATC
        ||||||||||||||||||
 145632 CAACACTGGCTGGCCATC