seq1 = pF1KE2626.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KE2626/gi568815589f_99815240.tfa (gi568815589f:99815240_100068670), 253431 bp

>pF1KE2626 906
>gi568815589f:99815240_100068670 (Chr9)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-189  (113539-113604)   100% ->
190-415  (135821-136046)   100% ->
416-531  (144678-144793)   100% ->
532-582  (144866-144916)   100% ->
583-669  (152414-152500)   100% ->
670-906  (153195-153431)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAAGATGAAGAAAAAGTGAAATTACGCCGTCTTGAACCAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAAGATGAAGAAAAAGTGAAATTACGCCGTCTTGAACCAGCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGAAATTCATTAAGATAGTAATCCCAACAGACCTGGAAAGGTTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGAAATTCATTAAGATAGTAATCCCAACAGACCTGGAAAGGTTAAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACCAGATAAATATTGAGAAG         TATCAAAGGTGCAGAATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 AGCACCAGATAAATATTGAGAAGGTG...TAGTATCAAAGGTGCAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGGACAAGTTGCATGAAGAGCATATCAATGCAGGACGTACAGTTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113557 TGGGACAAGTTGCATGAAGAGCATATCAATGCAGGACGTACAGTTCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        CAACTCCGATCCAATATCCGAGAAATTGAGAAACTTTGTTTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113607 A...TAGCAACTCCGATCCAATATCCGAGAAATTGAGAAACTTTGTTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTCCGAAAGGATGACCTAGTACTTCTGAAGAGAATGATAGATCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135864 AAGTCCGAAAGGATGACCTAGTACTTCTGAAGAGAATGATAGATCCTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGAAGAAGCATCAGCAGCAACAGCAGAATTTCTCCAACTCCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135914 AAAGAAGAAGCATCAGCAGCAACAGCAGAATTTCTCCAACTCCATTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCTGTAGAAGAACTTAAGAAGCAATTTAATGATGAAGAAACTTTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135964 ATCTGTAGAAGAACTTAAGAAGCAATTTAATGATGAAGAAACTTTGCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCTCCTTTGACCAGATCCATGACTGTTGGTG         GAGCATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136014 AGCCTCCTTTGACCAGATCCATGACTGTTGGTGGTA...CAGGAGCATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATACTACTGAAGCTGAAGCTAGTTCTCAGAGTTTGACTCAGATATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144686 CATACTACTGAAGCTGAAGCTAGTTCTCAGAGTTTGACTCAGATATATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTACCTGAAATTCCTCAAGATCAAAATGCTGCAGAATCGTGGGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144736 CTTACCTGAAATTCCTCAAGATCAAAATGCTGCAGAATCGTGGGAAACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGAAGCG         GACTTAATTGAACTTAGCCAACTGGTCACTGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 144786 TAGAAGCGGTA...AAGGACTTAATTGAACTTAGCCAACTGGTCACTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTCTCTCCTAGTGAAT         TCTCAGCAGGAGAAGATTGACAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 144899 TTCTCTCTCCTAGTGAATGTA...TAGTCTCAGCAGGAGAAGATTGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATTGCAGACCATGTCAACAGTGCTGCTGTGAATGTTGAAGAGGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152437 CATTGCAGACCATGTCAACAGTGCTGCTGTGAATGTTGAAGAGGGAACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAACTTAGGGAAG         GCTGCAAAATACAAGCTGGCAGCTCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 152487 AAAACTTAGGGAAGGTA...CAGGCTGCAAAATACAAGCTGGCAGCTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTGTGGCAGGTGCACTCATCGGGGGAATGGTAGGGGGTCCTATTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153222 CCTGTGGCAGGTGCACTCATCGGGGGAATGGTAGGGGGTCCTATTGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTTGCAGGCTTCAAAGTGGCAGGAATTGCAGCTGCACTTGGTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153272 CCTTGCAGGCTTCAAAGTGGCAGGAATTGCAGCTGCACTTGGTGGTGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTTGGGCTTCACAGGTGGAAAATTGATACAAAGAAAGAAACAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153322 TGTTGGGCTTCACAGGTGGAAAATTGATACAAAGAAAGAAACAGAAAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGAGAAGCTCACTTCCAGCTGTCCAGATCTTCCCAGCCAAACTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153372 ATGGAGAAGCTCACTTCCAGCTGTCCAGATCTTCCCAGCCAAACTGACAA

    950     .    :
    897 GAAATGCAGT
        ||||||||||
 153422 GAAATGCAGT