seq1 = pF1KE2616.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KE2616/gi568815597f_3590906.tfa (gi568815597f:3590906_3831066), 240161 bp

>pF1KE2616 1350
>gi568815597f:3590906_3831066 (Chr1)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-282  (116644-116886)   100% ->
283-469  (131116-131302)   99% ->
470-585  (132449-132564)   100% ->
586-695  (136210-136319)   100% ->
696-838  (136723-136865)   100% ->
839-927  (137224-137312)   100% ->
928-1049  (138422-138543)   100% ->
1050-1198  (139095-139243)   100% ->
1199-1348  (140022-140170)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTACGTCGGTGACCCCGCACGGCACCTCGCCACG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGCTGTACGTCGGTGACCCCGCACGGCACCTCGCCACGGTA...CAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGTTCAATCTGCTGAGCAGCACCATGGACCAGATGAGCAGCCGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116646 CCAGTTCAATCTGCTGAGCAGCACCATGGACCAGATGAGCAGCCGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCGGCCAGCCCCTACACCCCAGAGCACGCCGCCAGCGTGCCCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116696 CCTCGGCCAGCCCCTACACCCCAGAGCACGCCGCCAGCGTGCCCACCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGCCCTACGCACAACCCAGCTCCACCTTCGACACCATGTCGCCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116746 TCGCCCTACGCACAACCCAGCTCCACCTTCGACACCATGTCGCCGGCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCATCCCCTCCAACACCGACTACCCCGGACCCCACCACTTTGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116796 TGTCATCCCCTCCAACACCGACTACCCCGGACCCCACCACTTTGAGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTCCAGCAGTCCAGCACGGCCAAGTCAGCCACCTGGACG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116846 CTTTCCAGCAGTCCAGCACGGCCAAGTCAGCCACCTGGACGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACTCCCCGCTCTTGAAGAAACTCTACTGCCAGATCGCCAAGACATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131116 TACTCCCCGCTCTTGAAGAAACTCTACTGCCAGATCGCCAAGACATGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCCAGATCAAGGTGTCCACCCCGCCACCCCCAGGCACTGCCATCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 131166 CATCCAGATCAAGGTGTCCACCCCGCCACCCCCAGGCACCGCCATCCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATGCCTGTTTACAAGAAAGCGGAGCACGTGACCGACGTCGTGAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131216 CCATGCCTGTTTACAAGAAAGCGGAGCACGTGACCGACGTCGTGAAACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCCCAACCACGAGCTCGGGAGGGACTTCAACGAAG         GACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 131266 TGCCCCAACCACGAGCTCGGGAGGGACTTCAACGAAGGTG...CAGGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCTGCTCCAGCCAGCCACCTCATCCGCGTGGAAGGCAATAATCTCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132453 GTCTGCTCCAGCCAGCCACCTCATCCGCGTGGAAGGCAATAATCTCTCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTATGTGGATGACCCTGTCACCGGCAGGCAGAGCGTCGTGGTGCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132503 AGTATGTGGATGACCCTGTCACCGGCAGGCAGAGCGTCGTGGTGCCCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCCACCACAG         GTGGGGACGGAATTCACCACCATCCTGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132553 GAGCCACCACAGGTA...CAGGTGGGGACGGAATTCACCACCATCCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACTTCATGTGTAACAGCAGCTGTGTAGGGGGCATGAACCGGCGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136239 CAACTTCATGTGTAACAGCAGCTGTGTAGGGGGCATGAACCGGCGGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTCATCATCATCACCCTGGAGATGCGGGA         TGGGCAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 136289 TCCTCATCATCATCACCCTGGAGATGCGGGAGTG...CAGTGGGCAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGGCCGCCGGTCCTTTGAGGGCCGCATCTGCGCCTGTCCTGGCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136733 CTGGGCCGCCGGTCCTTTGAGGGCCGCATCTGCGCCTGTCCTGGCCGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGAAAAGCTGATGAGGACCACTACCGGGAGCAGCAGGCCCTGAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136783 CCGAAAAGCTGATGAGGACCACTACCGGGAGCAGCAGGCCCTGAACGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTCCGCCAAGAACGGGGCCGCCAGCAAGCGTG         CCTTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136833 GCTCCGCCAAGAACGGGGCCGCCAGCAAGCGTGGTG...CAGCCTTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGAGCCCCCCTGCCGTCCCCGCCCTTGGTGCCGGTGTGAAGAAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137232 CAGAGCCCCCCTGCCGTCCCCGCCCTTGGTGCCGGTGTGAAGAAGCGGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCATGGAGACGAGGACACGTACTACCTTCAG         GTGCGAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 137282 GCATGGAGACGAGGACACGTACTACCTTCAGGTG...CAGGTGCGAGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGAGAACTTTGAGATCCTGATGAAGCTGAAAGAGAGCCTGGAGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138432 GGGAGAACTTTGAGATCCTGATGAAGCTGAAAGAGAGCCTGGAGCTGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGTTGGTGCCGCAGCCACTGGTGGACTCCTATCGGCAGCAGCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138482 GAGTTGGTGCCGCAGCCACTGGTGGACTCCTATCGGCAGCAGCAGCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTACAGAGGCC         GAGTCACCTACAGCCCCCGTCCTACGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 138532 CCTACAGAGGCCGTG...CAGGAGTCACCTACAGCCCCCGTCCTACGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGGTCCTCTCGCCCATGAACAAGGTGCACGGGGGCATGAACAAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139124 CGGTCCTCTCGCCCATGAACAAGGTGCACGGGGGCATGAACAAGCTGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCGTCAACCAGCTGGTGGGCCAGCCTCCCCCGCACAGTTCGGCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139174 TCCGTCAACCAGCTGGTGGGCCAGCCTCCCCCGCACAGTTCGGCAGCTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACCCAACCTGGGGCCCGTGG         GCCCCGGGATGCTCAACAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139224 ACCCAACCTGGGGCCCGTGGGTG...CAGGCCCCGGGATGCTCAACAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGGCCACGCAGTGCCAGCCAACGGCGAGATGAGCAGCAGCCACAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140043 ATGGCCACGCAGTGCCAGCCAACGGCGAGATGAGCAGCAGCCACAGCGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGTCCATGGTCTCGGGGTCCCACTGCACTCCGCCACCCCCCTACCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140093 CAGTCCATGGTCTCGGGGTCCCACTGCACTCCGCCACCCCCCTACCACGC

   1400     .    :    .    :    .
   1320 CGACCCCAGCCTCGTCAGGACCTGGGGGC
        |||||||||||||||||||  |-| ||||
 140143 CGACCCCAGCCTCGTCAGGTGC GTGGGC