seq1 = pF1KE2610.tfa, 846 bp
seq2 = pF1KE2610/gi568815586f_49873174.tfa (gi568815586f:49873174_50075668), 202495 bp

>pF1KE2610 846
>gi568815586f:49873174_50075668 (Chr12)

1-402  (100001-100402)   100% ->
403-561  (101151-101309)   100% ->
562-642  (101573-101653)   100% ->
643-846  (102292-102495)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCAGTGGAGCCAGGGGGACGTGGCTGGGCCAGCATGTTGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCAGTGGAGCCAGGGGGACGTGGCTGGGCCAGCATGTTGGCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGCTTTGGAAAGCCATCAGCAGGGCGCTGTTTGCAGAGTTCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGCTTTGGAAAGCCATCAGCAGGGCGCTGTTTGCAGAGTTCCTGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGGCTGTATGTGTTCTTTGGCGTGGGCTCAGTCATGCGCTGGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGGCTGTATGTGTTCTTTGGCGTGGGCTCAGTCATGCGCTGGCCCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCACTTCCCTCCGTGCTACAGATTGCCATCACCTTCAACCTGGTCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCACTTCCCTCCGTGCTACAGATTGCCATCACCTTCAACCTGGTCACCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGCTGTGCAGGTCACCTGGAAGGCCAGCGGGGCCCACGCCAACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGGCTGTGCAGGTCACCTGGAAGGCCAGCGGGGCCCACGCCAACCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGTGACGCTGGCCTTCCTCGTAGGCTCCCACATCTCTCTGCCCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGTGACGCTGGCCTTCCTCGTAGGCTCCCACATCTCTCTGCCCCGTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGCCTATGTGGCTGCCCAGCTGGTGGGGGCCACGGTGGGGGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGCCTATGTGGCTGCCCAGCTGGTGGGGGCCACGGTGGGGGCTGCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTTTATGGGGTCATGCCGGGAGACATCCGAGAGACCCTTGGGATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTTTATGGGGTCATGCCGGGAGACATCCGAGAGACCCTTGGGATCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TG         GTCCGGAACAGTGTCTCAACTGGCCAGGCGGTGGCAGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTA...CAGGTCCGGAACAGTGTCTCAACTGGCCAGGCGGTGGCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCTGCTTCTGACCCTGCAGCTGGTGCTCTGTGTCTTCGCTTCCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 GAGCTGCTTCTGACCCTGCAGCTGGTGCTCTGTGTCTTCGCTTCCACCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGCCGTCAGACATCAGGCTCCCCGGCCACCATGATTGGGATCTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 CAGCCGTCAGACATCAGGCTCCCCGGCCACCATGATTGGGATCTCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CACTGGGCCACCTCATTGGG         ATCCACTTCACTGGCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101290 CACTGGGCCACCTCATTGGGGTA...CAGATCCACTTCACTGGCTGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGAATCCAGCCCGCTCCTTCGGCCCTGCCATCATCATTGGGAAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101594 ATGAATCCAGCCCGCTCCTTCGGCCCTGCCATCATCATTGGGAAGTTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGTCCACTGG         GTCTTCTGGGTGGGGCCCCTGATGGGAGCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 AGTCCACTGGGTG...CAGGTCTTCTGGGTGGGGCCCCTGATGGGAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCTGGCCTCACTGATCTACAACTTCGTCCTGTTCCCCGACACCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102323 TCCTGGCCTCACTGATCTACAACTTCGTCCTGTTCCCCGACACCAAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGGCGCAGCGGCTGGCTATCCTCACAGGCACCGTAGAGGTGGGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102373 CTGGCGCAGCGGCTGGCTATCCTCACAGGCACCGTAGAGGTGGGGACAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGCAGGGGCAGGGGCGGAGCCCCTGAAGAAGGAATCCCAGCCGGGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102423 GGCAGGGGCAGGGGCGGAGCCCCTGAAGAAGGAATCCCAGCCGGGTTCGG

    850     .    :    .    :
    824 GAGCCGTGGAGATGGAGAGTGTG
        |||||||||||||||||||||||
 102473 GAGCCGTGGAGATGGAGAGTGTG