seq1 = pF1KE2609.tfa, 795 bp
seq2 = pF1KE2609/gi568815579r_41577415.tfa (gi568815579r:41577415_41788165), 210751 bp

>pF1KE2609 795
>gi568815579r:41577415_41788165 (Chr19)

(complement)

1-64  (100001-100064)   98% ->
65-427  (100945-101307)   100% ->
428-706  (104103-104381)   100% ->
707-795  (110663-110751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTCCCCTTCAGCCTGTCCATACAGAGTGTGCATTCCCTGGCAGGG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTCCCCTTCAGCCTGTCCATACAGAGTGTGCATTCCCTGGCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGCTCACAG         CCTCGCTTTTAACCTTCTGGAACCTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGCTCACAGGTG...TAGCCTCGCTTTTAACCTTCTGGAACCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAACAGTGCCCAGACCAATATTGATGTCGTGCCGTTCAATGTCGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 CAAACAGTGCCCAGACCAATATTGATGTCGTGCCGTTCAATGTCGCAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGAAGGAGGTCCTTCTAGTAGTCCATAATGAGTCCCAGAATCTTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101022 GGGAAGGAGGTCCTTCTAGTAGTCCATAATGAGTCCCAGAATCTTTATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACAACTGGTACAAAGGGGAAAGGGTGCATGCCAACTATCGAATTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101072 CTACAACTGGTACAAAGGGGAAAGGGTGCATGCCAACTATCGAATTATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATATGTAAAAAATATAAGTCAAGAAAATGCCCCAGGGCCCGCACACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101122 GATATGTAAAAAATATAAGTCAAGAAAATGCCCCAGGGCCCGCACACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTCGAGAGACAATATACCCCAATGGAACCCTGCTGATCCAGAACGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101172 GGTCGAGAGACAATATACCCCAATGGAACCCTGCTGATCCAGAACGTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCACAATGACGCAGGAATCTATACCCTACACGTTATAAAAGAAAATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101222 CCACAATGACGCAGGAATCTATACCCTACACGTTATAAAAGAAAATCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAATGAAGAAGTAACCAGACAATTCTACGTATTCT         CGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101272 TGAATGAAGAAGTAACCAGACAATTCTACGTATTCTGTG...CAGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCACCCAAGCCCTCCATCACCAGCAACAACTTCAATCCGGTGGAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104108 CCACCCAAGCCCTCCATCACCAGCAACAACTTCAATCCGGTGGAGAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATATTGTGGTTTTAACCTGTCAACCTGAGACTCAGAACACAACCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104158 AGATATTGTGGTTTTAACCTGTCAACCTGAGACTCAGAACACAACCTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGTGGTGGGTAAACAATCAGAGCCTCCTGGTCAGTCCCAGGCTGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104208 TGTGGTGGGTAAACAATCAGAGCCTCCTGGTCAGTCCCAGGCTGCTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCACTGACAACAGGACCCTCGTTCTACTCAGCGCCACAAAGAATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104258 TCCACTGACAACAGGACCCTCGTTCTACTCAGCGCCACAAAGAATGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGACCCTATGAATGTGAAATACAGAACCCAGTGGGTGCCAGCCGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104308 AGGACCCTATGAATGTGAAATACAGAACCCAGTGGGTGCCAGCCGCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACCCAGTCACCCTGAATGTCCGCT         ATGAGTCAGTACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104358 ACCCAGTCACCCTGAATGTCCGCTGTG...CAGATGAGTCAGTACAAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTTCACCTGACCTCTCAGCTGGGACCGCTGTCAGCATCATGATTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110680 AGTTCACCTGACCTCTCAGCTGGGACCGCTGTCAGCATCATGATTGGAGT

    800     .    :    .    :
    774 ACTGGCTGGGATGGCTCTGATA
        ||||||||||||||||||||||
 110730 ACTGGCTGGGATGGCTCTGATA