seq1 = pF1KE2608.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KE2608/gi568815597f_11606259.tfa (gi568815597f:11606259_11819693), 213435 bp

>pF1KE2608 1047
>gi568815597f:11606259_11819693 (Chr1)

1-451  (100001-100451)   100% ->
452-642  (103017-103207)   100% ->
643-757  (105593-105707)   100% ->
758-847  (106082-106171)   100% ->
848-937  (108861-108950)   100% ->
938-1047  (113326-113435)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGCCTGCCATCCACACCGCTCCCATGCTGTTCCTCGTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGGCCTGCCATCCACACCGCTCCCATGCTGTTCCTCGTCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCCCCTGGAGCTGAGCCTGGCAGGCGCCCTTGCACCTGGGACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCCCCTGGAGCTGAGCCTGGCAGGCGCCCTTGCACCTGGGACCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCGGAACCTCCCTGAGAATCACATTGACCTCCCAGGCCCAGCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCGGAACCTCCCTGAGAATCACATTGACCTCCCAGGCCCAGCGCTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCCTCAGGCCAGCCACCACCGCCGGCGGGGCCCGGGCAAGAAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCCTCAGGCCAGCCACCACCGCCGGCGGGGCCCGGGCAAGAAGGAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCCCAGGCCTGCCCAGCCAGGCCCAGGATGGGGCTGTGGTCACCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCCCAGGCCTGCCCAGCCAGGCCCAGGATGGGGCTGTGGTCACCGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGGCAGGCCTCCAGGCTGCCAGAGGCTGAGGGGCTGCTGCCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGGCAGGCCTCCAGGCTGCCAGAGGCTGAGGGGCTGCTGCCTGAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTCCTGCAGGCCTGCTGCAGGACAAGGACCTGCTCCTGGGACTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTCCTGCAGGCCTGCTGCAGGACAAGGACCTGCTCCTGGGACTGGCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCTACCCCGAGAAGGAGAACCGACCTCCAGGTTGGGAGAGGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCTACCCCGAGAAGGAGAACCGACCTCCAGGTTGGGAGAGGACCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AACGCAGCAGGGAGCACAAGAGACGCAGGGACAGGTTGAGGCTGCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AACGCAGCAGGGAGCACAAGAGACGCAGGGACAGGTTGAGGCTGCACCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 G         GCCGAGCCTTGGTCCGAGGTCCCAGCTCCCTGATGAAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTA...CAGGCCGAGCCTTGGTCCGAGGTCCCAGCTCCCTGATGAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCAGAGCTCTCCGAAGCCCAGGTGCTGGATGCAGCCATGGAGGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 GGCAGAGCTCTCCGAAGCCCAGGTGCTGGATGCAGCCATGGAGGAATCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACCAGCCTGGCGCCCACCATGTTCTTTCTCACCACCTTTGAGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 CCACCAGCCTGGCGCCCACCATGTTCTTTCTCACCACCTTTGAGGCAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTGCCACAGAAGAGTCCCTGATCCTGCCCGTCACCTCCCTGCGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 CCTGCCACAGAAGAGTCCCTGATCCTGCCCGTCACCTCCCTGCGGCCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 G         CAGGCACAGCCCAGGTCTGACGGGGAGGTGATGCCCACGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 GGTA...CAGCAGGCACAGCCCAGGTCTGACGGGGAGGTGATGCCCACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGACATGGCCTTGTTCGACTGGACCGATTATGAAGACTTAAAACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105633 TGGACATGGCCTTGTTCGACTGGACCGATTATGAAGACTTAAAACCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGTTGGCCCTCTGCAAAGAAGAAAG         AGAAACACCGCGGTAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105683 GGTTGGCCCTCTGCAAAGAAGAAAGGTA...CAGAGAAACACCGCGGTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACTCTCCAGTGATGGTAACGAAACATCACCAGCCGAAGGGGAACCATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106098 ACTCTCCAGTGATGGTAACGAAACATCACCAGCCGAAGGGGAACCATGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACCATCACCAAGACTGCCTGCCAG         GGACTTGCTGCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106148 ACCATCACCAAGACTGCCTGCCAGGTA...CAGGGACTTGCTGCGACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CGGGAGCATCTCTGCACACCCCACAACCGAGGCCTCAACAACAAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108878 CGGGAGCATCTCTGCACACCCCACAACCGAGGCCTCAACAACAAATGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGATGACTGCATGTGTGTGGAAG         GGCTGCGCTGCTATGCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108928 CGATGACTGCATGTGTGTGGAAGGTG...CAGGGCTGCGCTGCTATGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AATTCCACCGGAACCGCAGGGTTACACGGAGGAAAGGGCGCTGTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113344 AATTCCACCGGAACCGCAGGGTTACACGGAGGAAAGGGCGCTGTGTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCGAGACGGCCAACGGCGACCAGGGATCCTTCATCAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113394 CCCGAGACGGCCAACGGCGACCAGGGATCCTTCATCAACGTC