seq1 = pF1KE2605.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KE2605/gi568815586f_6851607.tfa (gi568815586f:6851607_7060917), 209311 bp

>pF1KE2605 1785
>gi568815586f:6851607_7060917 (Chr12)

7-131  (100001-100125)   100% ->
132-326  (100377-100571)   100% ->
327-516  (103199-103388)   100% ->
517-633  (103545-103661)   100% ->
634-747  (103766-103879)   100% ->
748-844  (104054-104150)   100% ->
845-924  (104536-104615)   100% ->
925-1074  (104813-104962)   99% ->
1075-1206  (106048-106179)   100% ->
1207-1361  (106313-106467)   100% ->
1362-1429  (108321-108388)   100% ->
1430-1581  (108482-108633)   100% ->
1582-1673  (108738-108829)   100% ->
1674-1785  (109200-109311)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 AGGTGGTTTCACCGAGACCTCAGTGGGCTGGATGCAGAGACCCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTGGTTTCACCGAGACCTCAGTGGGCTGGATGCAGAGACCCTGCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GGGCCGAGGTGTCCACGGTAGCTTCCTGGCTCGGCCCAGTCGCAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCGAGGTGTCCACGGTAGCTTCCTGGCTCGGCCCAGTCGCAAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 AGGGTGACTTCTCGCTCTCCGTCAG         GGTGGGGGATCAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 AGGGTGACTTCTCGCTCTCCGTCAGGTA...CAGGGTGGGGGATCAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 ACCCATATTCGGATCCAGAACTCAGGGGATTTCTATGACCTGTATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100393 ACCCATATTCGGATCCAGAACTCAGGGGATTTCTATGACCTGTATGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 GGAGAAGTTTGCGACTCTGACAGAGCTGGTGGAGTACTACACTCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100443 GGAGAAGTTTGCGACTCTGACAGAGCTGGTGGAGTACTACACTCAGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 AGGGTGTCCTGCAGGACCGCGACGGCACCATCATCCACCTCAAGTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100493 AGGGTGTCCTGCAGGACCGCGACGGCACCATCATCCACCTCAAGTACCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 CTGAACTGCTCCGATCCCACTAGTGAGAG         GTGGTACCATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100543 CTGAACTGCTCCGATCCCACTAGTGAGAGGTG...TAGGTGGTACCATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 CCACATGTCTGGCGGGCAGGCAGAGACGCTGCTGCAGGCCAAGGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103211 CCACATGTCTGGCGGGCAGGCAGAGACGCTGCTGCAGGCCAAGGGCGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 CCTGGACGTTTCTTGTGCGTGAGAGCCTCAGCCAGCCTGGAGACTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103261 CCTGGACGTTTCTTGTGCGTGAGAGCCTCAGCCAGCCTGGAGACTTCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 CTTTCTGTGCTCAGTGACCAGCCCAAGGCTGGCCCAGGCTCCCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 CTTTCTGTGCTCAGTGACCAGCCCAAGGCTGGCCCAGGCTCCCCGCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 GGTCACCCACATCAAGGTCATGTGCGAG         GGTGGACGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103361 GGTCACCCACATCAAGGTCATGTGCGAGGTA...CAGGGTGGACGCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 CAGTGGGTGGTTTGGAGACCTTCGACAGCCTCACGGACCTGGTGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103558 CAGTGGGTGGTTTGGAGACCTTCGACAGCCTCACGGACCTGGTGGAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 TTCAAGAAGACGGGGATTGAGGAGGCCTCAGGCGCCTTTGTCTACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103608 TTCAAGAAGACGGGGATTGAGGAGGCCTCAGGCGCCTTTGTCTACCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 GCAG         CCGTACTATGCCACGAGGGTGAATGCGGCTGACATTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103658 GCAGGTC...CAGCCGTACTATGCCACGAGGGTGAATGCGGCTGACATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671 AGAACCGAGTGTTGGAACTGAACAAGAAGCAGGAGTCCGAGGATACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103803 AGAACCGAGTGTTGGAACTGAACAAGAAGCAGGAGTCCGAGGATACAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 AAGGCTGGCTTCTGGGAGGAGTTTGAG         AGTTTGCAGAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103853 AAGGCTGGCTTCTGGGAGGAGTTTGAGGTG...CAGAGTTTGCAGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 GGAGGTGAAGAACTTGCACCAGCGTCTGGAAGGGCAGCGGCCAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104068 GGAGGTGAAGAACTTGCACCAGCGTCTGGAAGGGCAGCGGCCAGAGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 AGGGCAAGAACCGCTACAAGAACATTCTCCCCT         TTGACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104118 AGGGCAAGAACCGCTACAAGAACATTCTCCCCTGTG...CAGTTGACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853 AGCCGAGTGATCCTGCAGGGACGGGACAGTAACATCCCCGGGTCCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104544 AGCCGAGTGATCCTGCAGGGACGGGACAGTAACATCCCCGGGTCCGACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 CATCAATGCCAACTACATCAAG         AACCAGCTGCTAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104594 CATCAATGCCAACTACATCAAGGTC...CAGAACCAGCTGCTAGGCCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944 ATGAGAACGCTAAGACCTACATCGCCAGCCAGGGCTGTCTGGAGGCCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 104832 ATGAGAACGCTAAGACCTACATCGCCAGCCAGGGTTGTCTGGAGGCCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    994 GTCAATGACTTCTGGCAGATGGCGTGGCAGGAGAACAGCCGTGTCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104882 GTCAATGACTTCTGGCAGATGGCGTGGCAGGAGAACAGCCGTGTCATCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1044 CATGACCACCCGAGAGGTGGAGAAAGGCCGG         AACAAATGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104932 CATGACCACCCGAGAGGTGGAGAAAGGCCGGGTA...CAGAACAAATGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085 TCCCATACTGGCCCGAGGTGGGCATGCAGCGTGCTTATGGGCCCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 TCCCATACTGGCCCGAGGTGGGCATGCAGCGTGCTTATGGGCCCTACTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135 GTGACCAACTGCGGGGAGCATGACACAACCGAATACAAACTCCGTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106108 GTGACCAACTGCGGGGAGCATGACACAACCGAATACAAACTCCGTACCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1185 ACAGGTCTCCCCGCTGGACAAT         GGAGACCTGATTCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106158 ACAGGTCTCCCCGCTGGACAATGTG...TAGGGAGACCTGATTCGGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1226 TCTGGCATTACCAGTACCTGAGCTGGCCCGACCATGGGGTCCCCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106332 TCTGGCATTACCAGTACCTGAGCTGGCCCGACCATGGGGTCCCCAGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1276 CCTGGGGGTGTCCTCAGCTTCCTGGACCAGATCAACCAGCGGCAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106382 CCTGGGGGTGTCCTCAGCTTCCTGGACCAGATCAACCAGCGGCAGGAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326 TCTGCCTCACGCAGGGCCCATCATCGTGCACTGCAG         CGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106432 TCTGCCTCACGCAGGGCCCATCATCGTGCACTGCAGGTG...CAGCGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1367 GCATCGGCCGCACAGGCACCATCATTGTCATCGACATGCTCATGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108326 GCATCGGCCGCACAGGCACCATCATTGTCATCGACATGCTCATGGAGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1417 ATCTCCACCAAGG         GCCTGGACTGTGACATTGACATCCAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108376 ATCTCCACCAAGGGTG...CAGGCCTGGACTGTGACATTGACATCCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1458 GACCATCCAGATGGTGCGGGCGCAGCGCTCGGGCATGGTGCAGACGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108510 GACCATCCAGATGGTGCGGGCGCAGCGCTCGGGCATGGTGCAGACGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1508 CGCAGTACAAGTTCATCTACGTGGCCATCGCCCAGTTCATTGAAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108560 CGCAGTACAAGTTCATCTACGTGGCCATCGCCCAGTTCATTGAAACCACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1558 AAGAAGAAGCTGGAGGTCCTGCAG         TCGCAGAAGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108610 AAGAAGAAGCTGGAGGTCCTGCAGGTG...CAGTCGCAGAAGGGCCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1599 GTCGGAGTACGGGAACATCACCTATCCCCCAGCCATGAAGAATGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108755 GTCGGAGTACGGGAACATCACCTATCCCCCAGCCATGAAGAATGCCCATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1649 CCAAGGCCTCCCGCACCTCGTCCAA         ACACAAGGAGGATGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108805 CCAAGGCCTCCCGCACCTCGTCCAAGTG...CAGACACAAGGAGGATGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1690 TATGAGAACCTGCACACTAAGAACAAGAGGGAGGAGAAAGTGAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109216 TATGAGAACCTGCACACTAAGAACAAGAGGGAGGAGAAAGTGAAGAAGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1740 GCGGTCAGCAGACAAGGAGAAGAGCAAGGGTTCCCTCAAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109266 GCGGTCAGCAGACAAGGAGAAGAGCAAGGGTTCCCTCAAGAGGAAG