seq1 = pF1KE2602.tfa, 2226 bp
seq2 = pF1KE2602/gi568815587f_35039304.tfa (gi568815587f:35039304_35329330), 290027 bp

>pF1KE2602 2226
>gi568815587f:35039304_35329330 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-233  (137272-137437)   100% ->
234-367  (140971-141104)   99% ->
368-436  (147529-147597)   100% ->
437-667  (150532-150762)   100% ->
668-796  (157443-157571)   100% ->
797-922  (158818-158943)   100% ->
923-1036  (161779-161892)   100% ->
1037-1153  (162368-162484)   100% ->
1154-1282  (165209-165337)   99% ->
1283-1414  (166809-166940)   100% ->
1415-1516  (168802-168903)   99% ->
1517-1606  (170662-170751)   100% ->
1607-1810  (171943-172146)   100% ->
1811-1873  (175549-175611)   100% ->
1874-1945  (180013-180084)   100% ->
1946-2024  (182351-182429)   100% ->
2025-2226  (189826-190027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAAGTTTTGGTGGCACGCAGCCTGGGGACTCTGCCTCGTGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAAGTTTTGGTGGCACGCAGCCTGGGGACTCTGCCTCGTGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCTGGCGCAGATCG         ATTTGAATATAACCTGCCGCTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCTGGCGCAGATCGGTG...TAGATTTGAATATAACCTGCCGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGTGTATTCCACGTGGAGAAAAATGGTCGCTACAGCATCTCTCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137296 CAGGTGTATTCCACGTGGAGAAAAATGGTCGCTACAGCATCTCTCGGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGCCGCTGACCTCTGCAAGGCTTTCAATAGCACCTTGCCCACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137346 GAGGCCGCTGACCTCTGCAAGGCTTTCAATAGCACCTTGCCCACAATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGATGGAGAAAGCTCTGAGCATCGGATTTGAGACCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137396 CCAGATGGAGAAAGCTCTGAGCATCGGATTTGAGACCTGCAGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GTATGGGTTCATAGAAGGGCATGTGGTGATTCCCCGGATCCACCCCAAC
        >||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 140970 GGTATGGGTTCATAGAAGGGCACGTGGTGATTCCCCGGATCCACCCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCATCTGTGCAGCAAACAACACAGGGGTGTACATCCTCACATCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141020 TCCATCTGTGCAGCAAACAACACAGGGGTGTACATCCTCACATCCAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCAGTATGACACATATTGCTTCAATGCTTCAG         CTCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 141070 CTCCCAGTATGACACATATTGCTTCAATGCTTCAGGTT...TAGCTCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAAGAAGATTGTACATCAGTCACAGACCTGCCCAATGCCTTTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147535 CTGAAGAAGATTGTACATCAGTCACAGACCTGCCCAATGCCTTTGATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAATTACCATAA         CTATTGTTAACCGTGATGGCACCCGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 147585 CCAATTACCATAAGTA...CAGCTATTGTTAACCGTGATGGCACCCGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCCAGAAAGGAGAATACAGAACGAATCCTGAAGACATCTACCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150560 TGTCCAGAAAGGAGAATACAGAACGAATCCTGAAGACATCTACCCCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCCTACTGATGATGACGTGAGCAGCGGCTCCTCCAGTGAAAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150610 ACCCTACTGATGATGACGTGAGCAGCGGCTCCTCCAGTGAAAGGAGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTTCAGGAGGTTACATCTTTTACACCTTTTCTACTGTACACCCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150660 ACTTCAGGAGGTTACATCTTTTACACCTTTTCTACTGTACACCCCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGACGAAGACAGTCCCTGGATCACCGACAGCACAGACAGAATCCCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150710 AGACGAAGACAGTCCCTGGATCACCGACAGCACAGACAGAATCCCTGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCA         CTTTGATGAGCACTAGTGCTACAGCAACTGAGACAGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150760 CCAGTA...CAGCTTTGATGAGCACTAGTGCTACAGCAACTGAGACAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCAAGAGGCAAGAAACCTGGGATTGGTTTTCATGGTTGTTTCTACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157481 ACCAAGAGGCAAGAAACCTGGGATTGGTTTTCATGGTTGTTTCTACCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGTCAAAGAATCATCTTCACACAACAACACAAATGGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 157531 AGAGTCAAAGAATCATCTTCACACAACAACACAAATGGCTGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTACGTCTTCAAATACCATCTCAGCAGGCTGGGAGCCAAATGAAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158818 GTACGTCTTCAAATACCATCTCAGCAGGCTGGGAGCCAAATGAAGAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGATGAAAGAGACAGACACCTCAGTTTTTCTGGATCAGGCATTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158868 GAAGATGAAAGAGACAGACACCTCAGTTTTTCTGGATCAGGCATTGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGAAGATTTTATCTCCAGCACCA         TTTCAACCACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 158918 TGATGAAGATTTTATCTCCAGCACCAGTA...CAGTTTCAACCACACCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGCTTTTGACCACACAAAACAGAACCAGGACTGGACCCAGTGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161794 GGGCTTTTGACCACACAAAACAGAACCAGGACTGGACCCAGTGGAACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCCATTCAAATCCGGAAGTGCTACTTCAGACAACCACAAGGATGACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 161844 AGCCATTCAAATCCGGAAGTGCTACTTCAGACAACCACAAGGATGACTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037         ATGTAGACAGAAATGGCACCACTGCTTATGAAGGAAACTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161894 TA...CAGATGTAGACAGAAATGGCACCACTGCTTATGAAGGAAACTGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCCAGAAGCACACCCTCCCCTCATTCACCATGAGCATCATGAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162410 ACCCAGAAGCACACCCTCCCCTCATTCACCATGAGCATCATGAGGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGACCCCACATTCTACAAGCACAA         TCCAGGCAACTCCTAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 162460 GAGACCCCACATTCTACAAGCACAAGTA...CAGTCCAGGCAACTCCTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGTACAACGGAAGAAACAGCTACCCAGAAGGAACAGTGGTTTGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165225 TAGTACAACGGAAGAAACAGCTACCCAGAAGGAACAGTGGTTTGGCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GATGGCATGAGGGATATCGCCAAACACCCAGAGAAGACTCCCATTCGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 165275 GATGGCATGAGGGATATCGCCAAACACCCAAAGAAGACTCCCATTCGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACAGGGACAGCTG         CAGCCTCAGCTCATACCAGCCATCCAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 165325 ACAGGGACAGCTGGTA...CAGCAGCCTCAGCTCATACCAGCCATCCAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCAAGGAAGGACAACACCAAGCCCAGAGGACAGTTCCTGGACTGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166837 GCAAGGAAGGACAACACCAAGCCCAGAGGACAGTTCCTGGACTGATTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCAACCCAATCTCACACCCCATGGGACGAGGTCATCAAGCAGGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166887 TCAACCCAATCTCACACCCCATGGGACGAGGTCATCAAGCAGGAAGAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATGG         ATATGGACTCCAGTCATAGTACAACGCTTCAGCCTAC
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 166937 ATGGGTA...CAGATATGGACTCCAGTCATAGTATAACGCTTCAGCCTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCAAATCCAAACACAGGTTTGGTGGAAGATTTGGACAGGACAGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168839 TGCAAATCCAAACACAGGTTTGGTGGAAGATTTGGACAGGACAGGACCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTTCAATGACAACGC         AGCAGAGTAATTCTCAGAGCTTCTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 168889 TTTCAATGACAACGCGTA...CAGAGCAGAGTAATTCTCAGAGCTTCTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ACATCACATGAAGGCTTGGAAGAAGATAAAGACCATCCAACAACTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170688 ACATCACATGAAGGCTTGGAAGAAGATAAAGACCATCCAACAACTTCTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCTGACATCAAGCA         ATAGGAATGATGTCACAGGTGGAAGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 170738 TCTGACATCAAGCAGTA...CAGATAGGAATGATGTCACAGGTGGAAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GAGACCCAAATCATTCTGAAGGCTCAACTACTTTACTGGAAGGTTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171970 GAGACCCAAATCATTCTGAAGGCTCAACTACTTTACTGGAAGGTTATACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TCTCATTACCCACACACGAAGGAAAGCAGGACCTTCATCCCAGTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172020 TCTCATTACCCACACACGAAGGAAAGCAGGACCTTCATCCCAGTGACCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGCTAAGACTGGGTCCTTTGGAGTTACTGCAGTTACTGTTGGAGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172070 AGCTAAGACTGGGTCCTTTGGAGTTACTGCAGTTACTGTTGGAGATTCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACTCTAATGTCAATCGTTCCTTATCAG         GAGACCAAGACACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172120 ACTCTAATGTCAATCGTTCCTTATCAGGTA...CAGGAGACCAAGACACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTCCACCCCAGTGGGGGGTCCCATACCACTCATGGATCTGAATCAGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 175563 TTCCACCCCAGTGGGGGGTCCCATACCACTCATGGATCTGAATCAGATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874         GACACTCACATGGGAGTCAAGAAGGTGGAGCAAACACAACCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175613 TG...TAGGACACTCACATGGGAGTCAAGAAGGTGGAGCAAACACAACCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTGGTCCTATAAGGACACCCCAAATTCCAG         AATGGCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 180055 CTGGTCCTATAAGGACACCCCAAATTCCAGGTG...CAGAATGGCTGATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 ATCTTGGCATCCCTCTTGGCCTTGGCTTTGATTCTTGCAGTTTGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182362 ATCTTGGCATCCCTCTTGGCCTTGGCTTTGATTCTTGCAGTTTGCATTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AGTCAACAGTCGAAGAAG         GTGTGGGCAGAAGAAAAAGCTAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 182412 AGTCAACAGTCGAAGAAGGTA...TAGGTGTGGGCAGAAGAAAAAGCTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TGATCAACAGTGGCAATGGAGCTGTGGAGGACAGAAAGCCAAGTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189849 TGATCAACAGTGGCAATGGAGCTGTGGAGGACAGAAAGCCAAGTGGACTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AACGGAGAGGCCAGCAAGTCTCAGGAAATGGTGCATTTGGTGAACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189899 AACGGAGAGGCCAGCAAGTCTCAGGAAATGGTGCATTTGGTGAACAAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GTCGTCAGAAACTCCAGACCAGTTTATGACAGCTGATGAGACAAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189949 GTCGTCAGAAACTCCAGACCAGTTTATGACAGCTGATGAGACAAGGAACC

   2350     .    :    .    :    .
   2198 TGCAGAATGTGGACATGAAGATTGGGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 189999 TGCAGAATGTGGACATGAAGATTGGGGTG