seq1 = pF1KE2599.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE2599/gi568815578f_62093421.tfa (gi568815578f:62093421_62301074), 207654 bp

>pF1KE2599 1218
>gi568815578f:62093421_62301074 (Chr20)

1-204  (100001-100204)   99% ->
205-352  (102382-102529)   100% ->
353-468  (104432-104547)   100% ->
469-687  (105214-105432)   100% ->
688-826  (105699-105837)   100% ->
827-1218  (107263-107654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCTGCAAGGTGTTTTTCAGCAAGATTGAGGACCGTGTTTCAGGG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACCTGCAAGGTGTTTCTCAGCAAGATTGAGGACCGTGTTTCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGGGCATTGGGCTTTGTCCACATGGGCTGGCCTGAAGCCCAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGGGCATTGGGCTTTGTCCACATGGGCTGGCCTGAAGCCCAGCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACTGCCACAGCGGGCTTCTCCCAGGCTGCTCTCGGTCGGCCGTGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TACTGCCACAGCGGGCTTCTCCCAGGCTGCTCTCGGTCGGCCGTGCGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCGCCAAGCATCAGGAACTCCCGGGGAAGAAGCTGCTCTCTGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCGCCAAGCATCAGGAACTCCCGGGGAAGAAGCTGCTCTCTGAGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTG         AAAAGGTACTTTGTGGACTATCGGAGAGTGCTTGTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGTG...TAGAAAAGGTACTTTGTGGACTATCGGAGAGTGCTTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGGAGGAAACGGAGGCGCTGGGGCAAGCTGCTTCCACAGTGAGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102419 GTGGAGGAAACGGAGGCGCTGGGGCAAGCTGCTTCCACAGTGAGCCCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGAGTTTGGAGGCCCTGATGGAGGGGACGGAGGCAACGGTGGACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102469 AAGGAGTTTGGAGGCCCTGATGGAGGGGACGGAGGCAACGGTGGACACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTCTGAGAG         TTGACCAGCAAGTCAAGTCCCTGTCGTCGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 CATTCTGAGAGGCA...TAGTTGACCAGCAAGTCAAGTCCCTGTCGTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTGTCGCGGTACCAGGGTTTCAGTGGAGAAGATGGAGGGAGTAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104462 TCCTGTCGCGGTACCAGGGTTTCAGTGGAGAAGATGGAGGGAGTAAAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCTTCGGGCGCAGTGGCGCCGTCCTCTACATCCGG         GTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104512 TGCTTCGGGCGCAGTGGCGCCGTCCTCTACATCCGGGTG...CAGGTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTGGGCACGCTGGTGAAGGAGGGAGGCAGAGTTGTGGCCGACCTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105219 CGTGGGCACGCTGGTGAAGGAGGGAGGCAGAGTTGTGGCCGACCTGTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGTGGGAGATGAGTACATTGCCGCGCTGGGCGGGGCAGGAGGGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105269 GCGTGGGAGATGAGTACATTGCCGCGCTGGGCGGGGCAGGAGGGAAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACCGCTTCTTCCTGGCCAACAACAACCGTGCCCCTGTGACCTGTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105319 AACCGCTTCTTCCTGGCCAACAACAACCGTGCCCCTGTGACCTGTACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGACAGCCAGGACAGCAGCGAGTTCTCCACCTGGAGCTCAAGACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105369 TGGACAGCCAGGACAGCAGCGAGTTCTCCACCTGGAGCTCAAGACGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCACGCCGGAATG         GTGGGATTCCCCAACGCCGGGAAGTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105419 CCCACGCCGGAATGGTA...CAGGTGGGATTCCCCAACGCCGGGAAGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCACTGCTCCGGGCCATTTCAAACGCCAGACCCGCCGTGGCTTCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105726 TCACTGCTCCGGGCCATTTCAAACGCCAGACCCGCCGTGGCTTCCTACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTCACCACCCTGAAGCCCCACGTCGGGATCGTCCACTACGAAGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105776 GTTCACCACCCTGAAGCCCCACGTCGGGATCGTCCACTACGAAGGCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TACAAATAGCAG         TGGCCGACATCCCCGGCATCATACGAGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105826 TACAAATAGCAGGTA...CAGTGGCCGACATCCCCGGCATCATACGAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCCACCAGAACAGGGGTCTGGGGTCCGCCTTCCTCAGGCACATCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 GCCCACCAGAACAGGGGTCTGGGGTCCGCCTTCCTCAGGCACATCGAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTGCCGCTTTCTCTTGTTCGTGGTGGATCTTTCTCAGCCTGAGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107342 CTGCCGCTTTCTCTTGTTCGTGGTGGATCTTTCTCAGCCTGAGCCGTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCAAGTTGACGATTTAAAATATGAACTGGAGATGTATGAAAAGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107392 CTCAAGTTGACGATTTAAAATATGAACTGGAGATGTATGAAAAGGGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCTGCGAGGCCCCACGCAATCGTCGCAAACAAGATTGACCTCCCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107442 TCTGCGAGGCCCCACGCAATCGTCGCAAACAAGATTGACCTCCCTGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAAGCCAATCTGTCCCAGCTCCGGGATCACTTGGGACAGGAGGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107492 CCAAGCCAATCTGTCCCAGCTCCGGGATCACTTGGGACAGGAGGTCATCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCTGTCGGCGTTGACCGGCGAGAACCTGGAGCAGCTGCTGTTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107542 TGCTGTCGGCGTTGACCGGCGAGAACCTGGAGCAGCTGCTGTTGCACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAGGTGCTGTATGACGCCTACGCGGAGGCCGAGCTGGGCCAGGGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107592 AAGGTGCTGTATGACGCCTACGCGGAGGCCGAGCTGGGCCAGGGCCGCCA

   1250     .    :
   1206 GCCGCTCAGGTGG
        |||||||||||||
 107642 GCCGCTCAGGTGG