seq1 = pF1KE2593.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KE2593/gi568815575r_8691314.tfa (gi568815575r:8691314_8900171), 208858 bp

>pF1KE2593 996
>gi568815575r:8691314_8900171 (ChrX)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-220  (101078-101206)   100% ->
221-341  (101693-101813)   100% ->
342-373  (101991-102022)   100% ->
374-488  (103790-103904)   100% ->
489-831  (104752-105094)   100% ->
832-930  (106416-106514)   100% ->
931-996  (108793-108858)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGTGGGCAGGAAGCGCAGCAGGAAGGCTGCCAAAGCTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCGTGGGCAGGAAGCGCAGCAGGAAGGCTGCCAAAGCTCAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGCTCAAGTTACGGCCGCCCAGGGGGCCACGAAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GGAAGCTCAAGTTACGGCCGCCCAGGGGGCCACGAAAGAAGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTCAGGGATCGCCTCTAACTTCCCAGGACAGCCAACCATGGAGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101078 GTTCAGGGATCGCCTCTAACTTCCCAGGACAGCCAACCATGGAGCCCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCAGGAAGCGCAGCAGGAAGGCTGCCAAAGCTCAGTTGGAAGCTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 GGCAGGAAGCGCAGCAGGAAGGCTGCCAAAGCTCAGTTGGAAGCTCAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGGGCCGCCCCGGCGAAGAAGCACACAG         GAAAGGATCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101178 TAGGGCCGCCCCGGCGAAGAAGCACACAGGTA...CAGGAAAGGATCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGTGATGAATGTGAGGAAAGAAACCCTTTTACAGAAACAAGGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101705 TCCGTGATGAATGTGAGGAAAGAAACCCTTTTACAGAAACAAGGGAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGTAACTGATGAGCATGGGGAAAGAGAACCTTTTGCTGAAAAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101755 GATGTAACTGATGAGCATGGGGAAAGAGAACCTTTTGCTGAAAAAGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACACGGG         GATTCATACCATGAAGCTAGAACATATTGCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101805 ACACACGGGGTA...CAGGATTCATACCATGAAGCTAGAACATATTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374          CTGACATTAAAAAGGGCCTTGCTGCAAAAAGAGAAATGATA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 GTA...TAGCTGACATTAAAAAGGGCCTTGCTGCAAAAAGAGAAATGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAATAGATAAAGCAGCTTACAGGAAAACCAAGAACACAATTGAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 AAAATAGATAAAGCAGCTTACAGGAAAACCAAGAACACAATTGAACGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTGAAAAAAAAACAACTAAAAAG         GCAGAAACGTGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103881 TTTGAAAAAAAAACAACTAAAAAGGTA...CAGGCAGAAACGTGATTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GACATACTCGGAAGTTGCTGAATGTCCTTAAAGAATACATCGCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104769 GACATACTCGGAAGTTGCTGAATGTCCTTAAAGAATACATCGCAGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGAAAGATGATGAAGCAGAAGAAGCAGAAGCCGCAGCAGCAGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104819 CAGAAAGATGATGAAGCAGAAGAAGCAGAAGCCGCAGCAGCAGCAGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCGCAGCAGCAGCAGAAGCCGCAGCAGCAGCAGCAGAAGTAATAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104869 AGCCGCAGCAGCAGCAGAAGCCGCAGCAGCAGCAGCAGAAGTAATAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAAGACGAAGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104919 TAGAAGACGAAGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAAGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGGAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104969 GAGGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGGAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGAGGAGGAGGAGAAGGAGAAGAAACAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105019 AGGAGGAGGAGGAGAAGGAGAAGAAACAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGAAGAGGAAGAGGAAGAACAAATT         AAAGCATTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105069 AAGAAGAGGAAGAGGAAGAACAAATTGTT...TAGAAAGCATTTCAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAACAGAAGAGGTGGCAACAACCTACAGGTGTTAGGAGCTGGAGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106431 AAACAGAAGAGGTGGCAACAACCTACAGGTGTTAGGAGCTGGAGGCTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAGATGAAGCCGCTACTTGAGCAATTACTAAAG         GCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106481 AGAGATGAAGCCGCTACTTGAGCAATTACTAAAGGTC...TAGGCTGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGACACTAAAGACAATTATTGCATCATTTCTTCCAGTGAAGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108800 AGGACACTAAAGACAATTATTGCATCATTTCTTCCAGTGAAGAAAGTGAA

   1050     .
    988 CTTGATAAC
        |||||||||
 108850 CTTGATAAC