seq1 = pF1KE2590.tfa, 2385 bp
seq2 = pF1KE2590/gi568815591r_140444560.tfa (gi568815591r:140444560_140702397), 257838 bp

>pF1KE2590 2385
>gi568815591r:140444560_140702397 (Chr7)

(complement)

1-995  (100001-100995)   99% ->
996-1123  (114618-114745)   100% ->
1124-1245  (116688-116809)   100% ->
1246-1446  (128390-128590)   100% ->
1447-1540  (132660-132753)   100% ->
1541-1591  (133585-133635)   100% ->
1592-1779  (135125-135312)   100% ->
1780-1889  (142581-142690)   100% ->
1890-1959  (144186-144255)   100% ->
1960-2037  (146685-146762)   100% ->
2038-2178  (155459-155599)   100% ->
2179-2385  (157632-157838)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATGTTCAGCTTGGATATGATCATCAGTGACCCAGCTGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATGTTCAGCTTGGATATGATCATCAGTGACCCAGCTGCAGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGGGCTGGGAAGAAGCAGCTCAGAGGTGTTCAGAACCCTTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGGGCTGGGAAGAAGCAGCTCAGAGGTGTTCAGAACCCTTGCCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCAGAGCCAGACCCCGGCACAAGTCCCTCAACATAAAGGACAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCAGAGCCAGACCCCGGCACAAGTCCCTCAACATAAAGGACAAGATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAGAATGGGAAGGGAAGAAAGAGGTGCCCACTCCTGCACCCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCAGAATGGGAAGGGAAGAAAGAGGTGCCCACTCCTGCACCCAGCAGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCAGACGGACAGGAGGATTATCTGCCGTCCTCTACGGTGGAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCAGACGGACAGGAGGATTATCTGCCGTCCTCTACGGTGGAGAGGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTAGTGATGGGGTGAGAACTCAGGTCACAGAGGCTAAGAATGGAATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTAGTGATGGGGTGAGAACTCAGGTCACAGAGGCTAAGAATGGAATGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCAGGAACAGAGAGCACAGAGAAGGAGAGGAATAAAGGAGCAGTGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCAGGAACAGAGAGCACAGAGAAGGAGAGGAATAAAGGAGCAGTGAACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGGGACAGGACCCAGAGCCGGGGCAAGACCTAAGCCAGCCAGAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGGGACAGGACCCAGAGCCGGGGCAAGACCTAAGCCAGCCAGAACGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAGTGGATCCTAGCTGGGGCCGAGGCCGAGAGCCAAGACTTGGCAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAGTGGATCCTAGCTGGGGCCGAGGCCGAGAGCCAAGACTTGGCAAGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCTTTCAGAACGATCACCTCTCCGTGCTGAAGCAGGTCAAGAAACTCGA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCTTTCAGAACGATCCCCTCTCCGTGCTGAAGCAGGTCAAGAAACTCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAGGCTTTGAAGGATGGGTCGGCAGGGCTGGATCCCCAGTTACCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCAGGCTTTGAAGGATGGGTCGGCAGGGCTGGATCCCCAGTTACCAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTGTTACTCCCCACACTGCCCTCCTGACAAGGCAGAGGCAGGGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTGTTACTCCCCACACTGCCCTCCTGACAAGGCAGAGGCAGGGTCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTCCTGAGAACCTGGGAGGCGGGAGTGGCTCAGAAGTCAGCCAGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTCCTGAGAACCTGGGAGGCGGGAGTGGCTCAGAAGTCAGCCAGAGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCACCCCTCGGACCTGGAAGGCAGGGAGCCCACCCCTGAGCTTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCACCCCTCGGACCTGGAAGGCAGGGAGCCCACCCCTGAGCTTGTGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGGAAAGGTTCATGCAGAAGGCCCTGGGACCGGAGCCTTGAGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGGAAAGGTTCATGCAGAAGGCCCTGGGACCGGAGCCTTGAGAACGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TATAGGGGCTCGGAGGGTTCCCCCACAAAGCCCTTCATCAACCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TATAGGGGCTCGGAGGGTTCCCCCACAAAGCCCTTCATCAACCCTCTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAAACCCCGGAGAACGTTCAAACATGCCGGAGAAGGGGACAAAGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAAACCCCGGAGAACGTTCAAACATGCCGGAGAAGGGGACAAAGATGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCCTGGCATCGGCTTCAGGAAAGAGAAAAGAAATCTGCCTCCTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCCTGGCATCGGCTTCAGGAAAGAGAAAAGAAATCTGCCTCCTCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTCTACCTCCCCCGCCTCTGCCCTCCTCTCCCCCACCTTCCTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCTCTACCTCCCCCGCCTCTGCCCTCCTCTCCCCCACCTTCCTCTGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGAAGACTGTGGACCGGGAGACAGAAATCCAGTGCAGACCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100951 CAGAAGACTGTGGACCGGGAGACAGAAATCCAGTGCAGACCACAGGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996     AAAGTCCTATGAGTTTGAAGATTTACTGCAGTCTTCCTCTGAGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 .CAGAAAGTCCTATGAGTTTGAAGATTTACTGCAGTCTTCCTCTGAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGCAGGGTGGACTGGTACGCGCAGACTAAGCTGGGGCTGACACGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114664 AGCAGGGTGGACTGGTACGCGCAGACTAAGCTGGGGCTGACACGCACTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ATCGGAGGAGAACGTCTATGAAGACATTCTAG         ATCCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114714 ATCGGAGGAGAACGTCTATGAAGACATTCTAGGTA...CAGATCCGCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGAAGGAGAACCCTTATGAGGACATCGAGTTACATGGTCGCTGCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116697 TGAAGGAGAACCCTTATGAGGACATCGAGTTACATGGTCGCTGCCTGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGAAGTGTGTCTTGAATTTTCCTGCTTCTCCCACCTCTTCCATCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116747 AAGAAGTGTGTCTTGAATTTTCCTGCTTCTCCCACCTCTTCCATCCCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CACACTCACCAAG         CAGTCATTGTCCAAACCTGCTTTTTTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116797 CACACTCACCAAGGTA...CAGCAGTCATTGTCCAAACCTGCTTTTTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GACAAAATTCAGAGAGGAGGAACTTCAAGCTGCTGGACACTAGGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128418 GACAAAATTCAGAGAGGAGGAACTTCAAGCTGCTGGACACTAGGAAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AGTCGGGATGGAACTGGGTCCCCTTCCAAAATCAGCCCTCCCTCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128468 AGTCGGGATGGAACTGGGTCCCCTTCCAAAATCAGCCCTCCCTCCACTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAGCAGCCCTGATGACATTTTCTTTAACCTTGGAGACCCACAGAACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128518 CAGCAGCCCTGATGACATTTTCTTTAACCTTGGAGACCCACAGAACGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGAAGAAGAGAAAGATACCCAAG         CTGGTGTTGCGAATCAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128568 GGAAGAAGAGAAAGATACCCAAGGTA...CAGCTGGTGTTGCGAATCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GCCATTTATGAGGTCCGGAGAGGAAAGAAACGGGTGAAGAGGCTGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132678 GCCATTTATGAGGTCCGGAGAGGAAAGAAACGGGTGAAGAGGCTGTCCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GTCAATGGAGAGCAACTCAGGAAAAG         TGACAGATGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 132728 GTCAATGGAGAGCAACTCAGGAAAAGGTA...TAGTGACAGATGAGAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GTGAGTCTGACAGTGACACAGAGGAGAAGCTGAAAG         CTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133600 GTGAGTCTGACAGTGACACAGAGGAGAAGCTGAAAGGTG...CAGCTCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AGCCAGCGCCTGGTCAACGTGAAGTCCCGGCTGAAGCAGGCGCCTCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135130 AGCCAGCGCCTGGTCAACGTGAAGTCCCGGCTGAAGCAGGCGCCTCGGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CCCATCACTTGCCCGGGAACTCATCGAGTACCAGGAGAGGCAGCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135180 CCCATCACTTGCCCGGGAACTCATCGAGTACCAGGAGAGGCAGCTCTTCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AGTACTTTGTGGTTGTGTCTTTGCACAAGAAGCAGGCCGGGGCTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135230 AGTACTTTGTGGTTGTGTCTTTGCACAAGAAGCAGGCCGGGGCTGCCTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GTGCCAGAACTCACCCAACAGTTCCCTCTGAAG         TTGGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135280 GTGCCAGAACTCACCCAACAGTTCCCTCTGAAGGTA...CAGTTGGAAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GTCTTTCAAGTTCATGAGAGAAGCTGAGGACCAACTGAAGGCCATTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142589 GTCTTTCAAGTTCATGAGAGAAGCTGAGGACCAACTGAAGGCCATTCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 AGTTCTGTTTTCCCGATGCCAAGGATTGGGTTCCTGTCCAGCAGTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142639 AGTTCTGTTTTCCCGATGCCAAGGATTGGGTTCCTGTCCAGCAGTTCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 AG         TGAAACATTCTCATTTGTCTTAACTGGAGAAGATGGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142689 AGGTA...CAGTGAAACATTCTCATTTGTCTTAACTGGAGAAGATGGGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CAGAAGGTTCGGTTACTGCCGAAGACTGCTG         CCTGGAGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 144225 CAGAAGGTTCGGTTACTGCCGAAGACTGCTGGTG...AAGCCTGGAGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AAGGGAAGCGCCTTCCTGAAGTTTACTGCATTGTGAGCCGCCTGGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146695 AAGGGAAGCGCCTTCCTGAAGTTTACTGCATTGTGAGCCGCCTGGGATGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 TTCAGCCTCTTTTCAAGG         ATCTTGGATGAGGTGGAAAAAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 146745 TTCAGCCTCTTTTCAAGGGTG...CAGATCTTGGATGAGGTGGAAAAAAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 ACGAGGCATCTCTCCTGCCCTGGTTCAGCCACTCATGAGAAGTGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155482 ACGAGGCATCTCTCCTGCCCTGGTTCAGCCACTCATGAGAAGTGTCATGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 AAGCCCCTTTCCCAGCCCTGGGCAAAACCATCCTTGTCAAGAACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155532 AAGCCCCTTTCCCAGCCCTGGGCAAAACCATCCTTGTCAAGAACTTCCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 CCAGGTTCAGGAACTGAG         GTGATCGAACTGTGCCGCCCGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 155582 CCAGGTTCAGGAACTGAGGTG...CAGGTGATCGAACTGTGCCGCCCGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GGACTCCCGGCTCGAGCACGTGGACTTTGAGTCTCTCTTCTCCTCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157655 GGACTCCCGGCTCGAGCACGTGGACTTTGAGTCTCTCTTCTCCTCCCTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 GCGTCCGCCACCTGGTCTGTGTGTTTGCCTCCCTGCTTCTGGAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157705 GCGTCCGCCACCTGGTCTGTGTGTTTGCCTCCCTGCTTCTGGAGAGGAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GTCATCTTCATTGCAGACAAGCTCAGGTACCCGCCTTGGCTACTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157755 GTCATCTTCATTGCAGACAAGCTCAGGTACCCGCCTTGGCTACTTCTGCT

   2450     .    :    .    :    .    :
   2352 AAAGCGTTTGAATGACAGTCGCTCTTGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157805 AAAGCGTTTGAATGACAGTCGCTCTTGGACCCTC