seq1 = pF1KE2585.tfa, 2514 bp
seq2 = pF1KE2585/gi568815581f_42360895.tfa (gi568815581f:42360895_42621117), 260223 bp

>pF1KE2585 2514
>gi568815581f:42360895_42621117 (Chr17)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-196  (105535-105613)   100% ->
197-294  (107116-107213)   100% ->
295-423  (109196-109324)   100% ->
424-527  (116745-116848)   100% ->
528-654  (117569-117695)   100% ->
655-737  (119773-119855)   100% ->
738-831  (122144-122237)   100% ->
832-1044  (126261-126473)   100% ->
1045-1195  (129593-129743)   100% ->
1196-1335  (133440-133579)   100% ->
1336-1490  (134140-134294)   100% ->
1491-1581  (134732-134822)   100% ->
1582-1700  (138030-138148)   100% ->
1701-1917  (139813-140029)   100% ->
1918-2025  (140303-140410)   99% ->
2026-2133  (146626-146733)   100% ->
2134-2251  (152967-153084)   100% ->
2252-2423  (153395-153566)   100% ->
2424-2514  (160133-160223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAGCTTTTCCGGAGTGAAGAAATGACACTGGCCCAGCTTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGAGCTTTTCCGGAGTGAAGAAATGACACTGGCCCAGCTTTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGTCAGAGGCTGCTTATTGTTGTGTCAGTGAATTAGGAGAACTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGTCAGAGGCTGCTTATTGTTGTGTCAGTGAATTAGGAGAACTTGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTTCAGTTTCGTGAC         TTAAATCCAGATGTGAATGTTTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTTCAGTTTCGTGACGTA...CAGTTAAATCCAGATGTGAATGTTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAACGGAAATTTGTGAATGAAGTTAGAAGATGTGAAGAAATGGATCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105559 CAACGGAAATTTGTGAATGAAGTTAGAAGATGTGAAGAAATGGATCGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTC         GATTTGTTGAGAAAGAGATAAGAAAAGCTAACATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105609 GCTTCGTA...TAGGATTTGTTGAGAAAGAGATAAGAAAAGCTAACATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGATTATGGACACCGGTGAAAACCCAGAGGTTCCCTTCCCCCGGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107152 CGATTATGGACACCGGTGAAAACCCAGAGGTTCCCTTCCCCCGGGACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGACTTAGAG         GCCAATTTTGAGAAGATTGAAAATGAACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107202 ATTGACTTAGAGGTA...TAGGCCAATTTTGAGAAGATTGAAAATGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGGAAATCAACACAAACCAGGAAGCTCTGAAGAGAAACTTCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109225 GAAGGAAATCAACACAAACCAGGAAGCTCTGAAGAGAAACTTCCTGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACCGAATTAAAATTTATACTTCGCAAAACTCAGCAATTTTTTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109275 TGACCGAATTAAAATTTATACTTCGCAAAACTCAGCAATTTTTTGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          GCTGAATTGCATCATCAGCAGATGGCGGATCCAGACTTGTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109325 GTC...CAGGCTGAATTGCATCATCAGCAGATGGCGGATCCAGACTTGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAAGAGTCCTCATCCCTCTTGGAGCCAAGTGAGATGGGAAGAGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116786 GGAAGAGTCCTCATCCCTCTTGGAGCCAAGTGAGATGGGAAGAGGCACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTAAGACTTGG         CTTCGTGGCTGGTGTCATTAACCGGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116836 CTTTAAGACTTGGGTA...CAGCTTCGTGGCTGGTGTCATTAACCGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGCATCCCTACTTTTGAGCGCATGCTTTGGCGGGTATGCCGGGGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 CGCATCCCTACTTTTGAGCGCATGCTTTGGCGGGTATGCCGGGGAAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTCCTGCGACAGGCTGAAATCGAGAACCCCCTGGAGGATCCTGTGACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117647 GTTCCTGCGACAGGCTGAAATCGAGAACCCCCTGGAGGATCCTGTGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         GGCGACTACGTGCACAAGTCTGTGTTTATCATTTTCTTCCAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117697 TA...TAGGGCGACTACGTGCACAAGTCTGTGTTTATCATTTTCTTCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCGATCAGCTGAAAAACAGAGTCAAGAAAATCTGTGAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119815 GGCGATCAGCTGAAAAACAGAGTCAAGAAAATCTGTGAAGGGTA...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTTCCGAGCCTCACTCTATCCCTGTCCTGAGACACCACAGGAGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122144 GTTCCGAGCCTCACTCTATCCCTGTCCTGAGACACCACAGGAGAGGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAATGGCTTCTGGAGTGAATACCAGGATTGATGATCTCCAAATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122194 AAATGGCTTCTGGAGTGAATACCAGGATTGATGATCTCCAAATGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832    GTTCTGAATCAAACGGAGGATCACCGCCAGAGGGTTCTGCAGGCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126258 AAGGTTCTGAATCAAACGGAGGATCACCGCCAGAGGGTTCTGCAGGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCTAAGAACATCCGTGTCTGGTTCATCAAAGTGCGGAAGATGAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126308 TGCTAAGAACATCCGTGTCTGGTTCATCAAAGTGCGGAAGATGAAGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCTATCACACCCTGAACCTGTGCAACATAGATGTGACTCAGAAATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126358 TCTATCACACCCTGAACCTGTGCAACATAGATGTGACTCAGAAATGCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTGCAGAGGTCTGGTGCCCTGTCACCGACCTTGACTCCATCCAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126408 ATTGCAGAGGTCTGGTGCCCTGTCACCGACCTTGACTCCATCCAGTTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACTCAGAAGGGGCACG         GAACACAGTGGTTCCACTGTACCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126458 ACTCAGAAGGGGCACGGTG...CAGGAACACAGTGGTTCCACTGTACCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATTTTGAACAGGATGCAGACAAACCAGACTCCCCCAACCTATAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129618 CCATTTTGAACAGGATGCAGACAAACCAGACTCCCCCAACCTATAACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACCAACAAGTTTACCTATGGCTTTCAGAACATAGTAGATGCTTATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129668 ACCAACAAGTTTACCTATGGCTTTCAGAACATAGTAGATGCTTATGGAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGAACTTACCGAGAGATAAATCCAG         CTCCGTATACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129718 TGGAACTTACCGAGAGATAAATCCAGGTA...TAGCTCCGTATACTATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCACGTTCCCTTTTCTATTTGCTGTGATGTTTGGAGACTTCGGTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133455 TCACGTTCCCTTTTCTATTTGCTGTGATGTTTGGAGACTTCGGTCATGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTTTAATGACCCTTTTTGCTGTGTGGATGGTACTGAGGGAGAGCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133505 ATTTTAATGACCCTTTTTGCTGTGTGGATGGTACTGAGGGAGAGCCGGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTTTCCCAGAAGAATGAGAATGAG         ATGTTTAGCACTGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133555 CCTTTCCCAGAAGAATGAGAATGAGGTA...CAGATGTTTAGCACTGTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCAGTGGTCGATACATTATTTTATTGATGGGTGTGTTCTCCATGTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134156 TCAGTGGTCGATACATTATTTTATTGATGGGTGTGTTCTCCATGTACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGCCTCATCTACAATGATTGCTTTTCCAAGTCTCTTAATATCTTTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134206 GGCCTCATCTACAATGATTGCTTTTCCAAGTCTCTTAATATCTTTGGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATCCTGGAGTGTACGGCCGATGTTTACTTATAATTGGAC         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134256 ATCCTGGAGTGTACGGCCGATGTTTACTTATAATTGGACGTA...TAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AAGAGACGCTTCGGGGGAACCCTGTTCTACAGCTGAACCCAGCCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134734 AAGAGACGCTTCGGGGGAACCCTGTTCTACAGCTGAACCCAGCCCTCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGAGTGTTTGGTGGACCATACCCTTTTGGCATTGATCCA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134784 GGAGTGTTTGGTGGACCATACCCTTTTGGCATTGATCCAGTA...CAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TTGGAACATTGCTACCAATAAACTGACGTTCTTGAACTCCTTTAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138032 TTGGAACATTGCTACCAATAAACTGACGTTCTTGAACTCCTTTAAGATGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGATGTCTGTTATCCTTGGTATCATCCATATGCTGTTTGGAGTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138082 AGATGTCTGTTATCCTTGGTATCATCCATATGCTGTTTGGAGTCAGCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGTCTGTTCAACCATAT         CTATTTCAAGAAGCCCCTGAATAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 138132 AGTCTGTTCAACCATATGTG...TAGCTATTTCAAGAAGCCCCTGAATAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTACTTTGGATTTATTCCTGAAATAATCTTCATGACCTCTTTGTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139837 CTACTTTGGATTTATTCCTGAAATAATCTTCATGACCTCTTTGTTTGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATTTGGTTATCCTTATTTTTTACAAGTGGACGGCCTATGATGCTCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139887 ATTTGGTTATCCTTATTTTTTACAAGTGGACGGCCTATGATGCTCATACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TCTGAGAATGCACCAAGCCTTCTGATCCATTTCATAAACATGTTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139937 TCTGAGAATGCACCAAGCCTTCTGATCCATTTCATAAACATGTTCCTCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TTCCTACCCAGAGTCTGGTTATTCAATGTTGTATTCTGGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 139987 TTCCTACCCAGAGTCTGGTTATTCAATGTTGTATTCTGGACAGGTA...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1918   AAAGGAATTCAGTGTTTCCTGGTAGTGGTTGCACTACTGTGTGTACCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140301 AGAAAGGAATTCAGTGTTTCCTGGTAGTGGTTGCACTACTGTGTGTACCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TGGATGCTGCTGTTCAAACCATTGGTCCTTCGCCGTCAGTATTTGAGGAG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140351 TGGATGCTGCTGTTTAAACCATTGGTCCTTCGCCGTCAGTATTTGAGGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AAAGCATTTG         GGAACTCTCAACTTTGGTGGGATCAGGGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 140401 AAAGCATTTGGTA...TAGGGAACTCTCAACTTTGGTGGGATCAGGGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCAACGGACCGACAGAGGAGGATGCTGAGATTATTCAGCATGACCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146657 GCAACGGACCGACAGAGGAGGATGCTGAGATTATTCAGCATGACCAGCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TCCACCCACTCAGAGGACGCAGACGAG         TTTGACTTTGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 146707 TCCACCCACTCAGAGGACGCAGACGAGGTA...CAGTTTGACTTTGGGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CACCATGGTCCACCAGGCCATCCACACCATCGAGTACTGCCTGGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152981 CACCATGGTCCACCAGGCCATCCACACCATCGAGTACTGCCTGGGCTGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TCTCCAACACTGCCTCCTACTTGCGGCTCTGGGCCCTCAGCCTCGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153031 TCTCCAACACTGCCTCCTACTTGCGGCTCTGGGCCCTCAGCCTCGCTCAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCGC         AGCTGTCTGAGGTGCTTTGGACCATGGTGATCCACAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153081 GCGCGTG...CAGAGCTGTCTGAGGTGCTTTGGACCATGGTGATCCACAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CGGCCTGAGCGTGAAGAGCTTGGCGGGAGGTTTGGTGCTGTTCTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153432 CGGCCTGAGCGTGAAGAGCTTGGCGGGAGGTTTGGTGCTGTTCTTCTTCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 TCACTGCCTTTGCCACCCTGACCGTGGCCATCCTCCTGATCATGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153482 TCACTGCCTTTGCCACCCTGACCGTGGCCATCCTCCTGATCATGGAGGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CTCTCGGCCTTTCTCCACGCACTGCGCTTACACTG         GGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 153532 CTCTCGGCCTTTCTCCACGCACTGCGCTTACACTGGTG...CAGGGTTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GTTCCAGAATAAATTCTACAGCGGGACCGGTTTCAAGTTCTTACCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160139 GTTCCAGAATAAATTCTACAGCGGGACCGGTTTCAAGTTCTTACCCTTCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .
   2480 CCTTCGAGCATATTCGGGAAGGGAAGTTTGAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160189 CCTTCGAGCATATTCGGGAAGGGAAGTTTGAAGAG