seq1 = pF1KE2577.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE2577/gi568815584r_64160448.tfa (gi568815584r:64160448_64382985), 222538 bp

>pF1KE2577 969
>gi568815584r:64160448_64382985 (Chr14)

(complement)

1-362  (100001-100362)   100% ->
363-535  (102833-103005)   100% ->
536-652  (114075-114191)   100% ->
653-952  (122238-122537)   100% ->
953-969  (133307-133323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATAAAAAACTCACCATCTAGCCTTAATTCTCCTTCCTCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATAAAAAACTCACCATCTAGCCTTAATTCTCCTTCCTCCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAGTCAATCCATCTTACCCCTGGAGCACGGCTCCATATACATACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAGTCAATCCATCTTACCCCTGGAGCACGGCTCCATATACATACCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCCTATGTAGACAGCCACCATGAATATCCAGCCATGACATTCTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCCTATGTAGACAGCCACCATGAATATCCAGCCATGACATTCTATAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGCTGTGATGAATTACAGCATTCCCAGCAATGTCACTAACTTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGCTGTGATGAATTACAGCATTCCCAGCAATGTCACTAACTTGGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGGCCTGGTCGGCAGACCACAAGCCCAAATGTGTTGTGGCCAACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGGCCTGGTCGGCAGACCACAAGCCCAAATGTGTTGTGGCCAACACCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCACCTTTCTCCTTTAGTGGTCCATCGCCAGTTATCACATCTGTATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCACCTTTCTCCTTTAGTGGTCCATCGCCAGTTATCACATCTGTATGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAACCTCAAAAGAGTCCCTGGTGTGAAGCAAGATCGCTAGAACACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAACCTCAAAAGAGTCCCTGGTGTGAAGCAAGATCGCTAGAACACACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGTAAACAG         AGAGACACTGAAAAGGAAGGTTAGTGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTGTAAACAGGTA...TAGAGAGACACTGAAAAGGAAGGTTAGTGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCGTTGCGCCAGCCCTGTTACTGGTCCAGGTTCAAAGAGGGATGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102862 ACCGTTGCGCCAGCCCTGTTACTGGTCCAGGTTCAAAGAGGGATGCTCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCTGCGCTGTCTGCAGCGATTACGCATCGGGATATCACTATGGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102912 TTCTGCGCTGTCTGCAGCGATTACGCATCGGGATATCACTATGGAGTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCGTGTGAAGGATGTAAGGCCTTTTTTAAAAGAAGCATTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102962 GTCGTGTGAAGGATGTAAGGCCTTTTTTAAAAGAAGCATTCAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536    GACATAATGATTATATTTGTCCAGCTACAAATCAGTGTACAATCGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114072 TAGGACATAATGATTATATTTGTCCAGCTACAAATCAGTGTACAATCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAAACCGGCGCAAGAGCTGCCAGGCCTGCCGACTTCGGAAGTGTTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114122 AAAAACCGGCGCAAGAGCTGCCAGGCCTGCCGACTTCGGAAGTGTTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGTGGGAATGGTGAAGTGTG         GCTCCCGGAGAGAGAGATGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114172 AGTGGGAATGGTGAAGTGTGGTG...CAGGCTCCCGGAGAGAGAGATGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGTACCGCCTTGTGCGGAGACAGAGAAGTGCCGACGAGCAGCTGCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122259 GGTACCGCCTTGTGCGGAGACAGAGAAGTGCCGACGAGCAGCTGCACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCGGCAAGGCCAAGAGAAGTGGCGGCCACGCGCCCCGAGTGCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122309 GCCGGCAAGGCCAAGAGAAGTGGCGGCCACGCGCCCCGAGTGCGGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTGCTGGACGCCCTGAGCCCCGAGCAGCTAGTGCTCACCCTCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122359 GCTGCTGGACGCCCTGAGCCCCGAGCAGCTAGTGCTCACCCTCCTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGAGCCGCCCCATGTGCTGATCAGCCGCCCCAGTGCGCCCTTCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122409 CTGAGCCGCCCCATGTGCTGATCAGCCGCCCCAGTGCGCCCTTCACCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCCTCCATGATGATGTCCCTGACCAAGTTGGCCGACAAGGAGTTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122459 GCCTCCATGATGATGTCCCTGACCAAGTTGGCCGACAAGGAGTTGGTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CATGATCAGCTGGGCCAAGAAGATTCCCG         GGATGAGGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122509 CATGATCAGCTGGGCCAAGAAGATTCCCGGTA...TAGGGATGAGGGGAA

   1000     .
    965 ATGCG
        |||||
 133319 ATGCG