seq1 = pF1KE2576.tfa, 507 bp
seq2 = pF1KE2576/gi568815582f_30275819.tfa (gi568815582f:30275819_30477897), 202079 bp

>pF1KE2576 507
>gi568815582f:30275819_30477897 (Chr16)

1-96  (100000-100094)   98% ->
97-172  (100327-100402)   100% ->
173-277  (100605-100709)   100% ->
278-356  (100802-100880)   100% ->
357-405  (101836-101884)   100% ->
406-507  (101978-102079)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCCAAGAGGGCCAAGAGAAGGACAGTAGAGGGCGGAAGCTCCAG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCACCCAAGAGGGCCAAGAGAAGGACAGTAGAGGGCGGAAGCTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCTTCTCCATGTTCGACCAGACTCAGATCCAGGAGTTCAAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100049 CGTCTTCTCCATGTTCGACCAGACTCAGATCCAGGAGTTCAAAGAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GCCTTCACTGTGATCGACCAGAACCGTGATGGTATTATAGACAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 ..CAGGCCTTCACTGTGATCGACCAGAACCGTGATGGTATTATAGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGACCTTCGGGACACCTTCGCAGCCATGG         GCCGCCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100372 GAGGACCTTCGGGACACCTTCGCAGCCATGGGTG...CAGGCCGCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGAAGAATGAGGAGTTGGATGCCATGATGAAGGAAGCCAGCGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100615 TGTGAAGAATGAGGAGTTGGATGCCATGATGAAGGAAGCCAGCGGTCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAACTTCACCGTCTTCCTGACCATGTTCGGGGAGAAGCTCAAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100665 TCAACTTCACCGTCTTCCTGACCATGTTCGGGGAGAAGCTCAAGGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GTGCCGACCCTGAGGATGTGATCACCGGAGCCTTCAAGGTCTTGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 .CAGGTGCCGACCCTGAGGATGTGATCACCGGAGCCTTCAAGGTCTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCTGAGGGAAAGGGCACCATCAAGAAGAAGTT         CCTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100848 CCCTGAGGGAAAGGGCACCATCAAGAAGAAGTTGTA...CAGCCTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCTGCTGACCACGCAGTGTGACCGCTTCTCCCAGGAGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101844 AGCTGCTGACCACGCAGTGTGACCGCTTCTCCCAGGAGGAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATCAAGAACATGTGGGCGGCCTTCCCCCCCGACGTGGGCGGCAACGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101978 ATCAAGAACATGTGGGCGGCCTTCCCCCCCGACGTGGGCGGCAACGTCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACAAAAACATCTGCTACGTCATCACGCACGGCGACGCCGAGGACCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 102028 CTACAAAAACATCTGCTACGTCATCACGCACGGCGACGCCAAGGACCAGG

    550 
    506 AG
        ||
 102078 AG