seq1 = pF1KE2573.tfa, 2325 bp
seq2 = pF1KE2573/gi568815596r_219439386.tfa (gi568815596r:219439386_219643538), 204153 bp

>pF1KE2573 2325
>gi568815596r:219439386_219643538 (Chr2)

(complement)

1-314  (100001-100314)   100% ->
315-888  (101350-101923)   99% ->
889-1068  (102414-102593)   100% ->
1069-2325  (102897-104153)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGCATCGCTGCTGCTGTCGGTGCTGCGGCCCGCAGGGCCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGCATCGCTGCTGCTGTCGGTGCTGCGGCCCGCAGGGCCCGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGGCATCTCCCTGGGCTTCACCCTGAGCCTGCTCAGCGTCACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGGCATCTCCCTGGGCTTCACCCTGAGCCTGCTCAGCGTCACCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGAGCCGTGCGGCCCAGGCCCGCCCCAACCTGGAGACTCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGGAGCCGTGCGGCCCAGGCCCGCCCCAACCTGGAGACTCTGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCGCGCGGCAACACCAACGCGGCGCGCCGGCCCAACTCGGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCGCGCGGCAACACCAACGCGGCGCGCCGGCCCAACTCGGTGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGCGGAGCGCGAGAAGCCCGGGGCCGGCGAAGGCGCCGGGGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGAGCGGAGCGCGAGAAGCCCGGGGCCGGCGAAGGCGCCGGGGAGAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGAGCCGCGCGTCTTGCCCTACCACCCTGCACAGCCCGGCCAGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGAGCCGCGCGTCTTGCCCTACCACCCTGCACAGCCCGGCCAGGCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAAAGGCCGTCAG         GACCCGCTACATCAGCACGGAGCTGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAAAGGCCGTCAGGTA...TAGGACCCGCTACATCAGCACGGAGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCAGGCAGAGGCTGCTGGTGGCGGTGCTTACCTCTCAGACCACGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 101377 CATCAGGCAGAGGCTGCTGGTGGCGGTGCTGACCTCTCAGACCACGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCACGCTGGGCGTGGCCGTGAACCGCACGCTGGGGCACCGGCTGGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 CCACGCTGGGCGTGGCCGTGAACCGCACGCTGGGGCACCGGCTGGAGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGGTGTTCCTGACGGGCGCACGGGGCCGCCGGGCCCCACCTGGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 GTGGTGTTCCTGACGGGCGCACGGGGCCGCCGGGCCCCACCTGGCATGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTGGTGACGCTGGGCGAGGAGCGACCCATTGGACACCTGCACCTGGCGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 AGTGGTGACGCTAGGCGAGGAGCGACCCATTGGACACCTGCACCTGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCGCCACCTGCTGGAGCAGCACGGCGACGACTTTGACTGGTTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 TGCGCCACCTGCTGGAGCAGCACGGCGACGACTTTGACTGGTTCTTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGCCTGACACCACCTACACCGAGGCGCACGGCCTGGCACGCCTAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 GTGCCTGACACCACCTACACCGAGGCGCACGGCCTGGCACGCCTAACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACCTCAGCCTGGCCTCCGCCGCCCACCTGTACCTGGGCCGGCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101677 CCACCTCAGCCTGGCCTCCGCCGCCCACCTGTACCTGGGCCGGCCCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACTTCATCGGCGGAGAGCCCACCCCCGGCCGCTACTGCCACGGAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101727 ACTTCATCGGCGGAGAGCCCACCCCCGGCCGCTACTGCCACGGAGGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGGTGCTGCTGTCGCGCATGCTGCTGCAACAACTGCGCCCCCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101777 GGGGTGCTGCTGTCGCGCATGCTGCTGCAACAACTGCGCCCCCACCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGGCTGCCGCAACGACATCGTCAGTGCGCGCCCTGACGAGTGGCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101827 AGGCTGCCGCAACGACATCGTCAGTGCGCGCCCTGACGAGTGGCTGGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTGCATTCTCGATGCCACCGGGGTGGGCTGCACTGGTGACCACGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101877 GCTGCATTCTCGATGCCACCGGGGTGGGCTGCACTGGTGACCACGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889       GGGGTGCACTATAGCCATCTGGAGCTGAGCCCTGGGGAGCCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 ...CAGGGGGTGCACTATAGCCATCTGGAGCTGAGCCCTGGGGAGCCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAGGAGGGGGACCCTCATTTCCGAAGTGCCCTGACAGCCCACCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102458 GCAGGAGGGGGACCCTCATTTCCGAAGTGCCCTGACAGCCCACCCTGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGACCCTGTGCACATGTACCAGCTGCACAAAGCTTTCGCCCGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102508 GTGACCCTGTGCACATGTACCAGCTGCACAAAGCTTTCGCCCGAGCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTGGAACGCACGTACCAGGAGATCCAGGAGTTACAG         TGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102558 CTGGAACGCACGTACCAGGAGATCCAGGAGTTACAGGTA...CAGTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GATCCAGAATACCAGCCATCTGGCCGTTGATGGGGACCGGGCAGCTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 102902 GATCCAGAATACCAGCCATCTGGCCGTTGATGGGGACCAGGCAGCTGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGCCCGTGGGTATTCCAGCACCATCCCGCCCGGCCTCCCGCTTTGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102952 GGCCCGTGGGTATTCCAGCACCATCCCGCCCGGCCTCCCGCTTTGAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTGCGCTGGGACTACTTCACGGAGCAGCACGCTTTCTCCTGCGCCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103002 CTGCGCTGGGACTACTTCACGGAGCAGCACGCTTTCTCCTGCGCCGATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTCACCCCGCTGCCCACTGCGTGGGGCTGACCGGGCTGATGTGGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103052 CTCACCCCGCTGCCCACTGCGTGGGGCTGACCGGGCTGATGTGGCCGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTCTGGGGACAGCTCTAGAGGAGCTGAACCGCCGCTACCACCCGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103102 TTCTGGGGACAGCTCTAGAGGAGCTGAACCGCCGCTACCACCCGGCCTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CGGCTCCAGAAGCAGCAGCTGGTGAATGGCTACCGACGCTTTGATCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103152 CGGCTCCAGAAGCAGCAGCTGGTGAATGGCTACCGACGCTTTGATCCGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CCGGGGTATGGAATACACGCTGGACTTGCAGCTGGAGGCACTGACCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103202 CCGGGGTATGGAATACACGCTGGACTTGCAGCTGGAGGCACTGACCCCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGGGAGGCCGCCGGCCCCTCACTCGCCGAGTGCAGCTGCTCCGGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103252 AGGGAGGCCGCCGGCCCCTCACTCGCCGAGTGCAGCTGCTCCGGCCGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGCCGCGTGGAGATCTTGCCTGTGCCCTATGTCACTGAGGCCTCACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103302 AGCCGCGTGGAGATCTTGCCTGTGCCCTATGTCACTGAGGCCTCACGTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CACTGTGCTGCTGCCTCTAGCTGCGGCTGAGCGTGACCTGGCCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103352 CACTGTGCTGCTGCCTCTAGCTGCGGCTGAGCGTGACCTGGCCCCTGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TCTTGGAGGCCTTTGCCACTGCAGCACTGGAGCCTGGTGATGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103402 TCTTGGAGGCCTTTGCCACTGCAGCACTGGAGCCTGGTGATGCTGCGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GCCCTGACCCTGCTGCTACTGTATGAGCCGCGCCAGGCCCAGCGCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103452 GCCCTGACCCTGCTGCTACTGTATGAGCCGCGCCAGGCCCAGCGCGTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CCATGCAGATGTCTTCGCACCTGTCAAGGCCCACGTGGCAGAGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103502 CCATGCAGATGTCTTCGCACCTGTCAAGGCCCACGTGGCAGAGCTGGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 GGCGTTTCCCCGGTGCCCGGGTGCCATGGCTCAGTGTGCAGACAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103552 GGCGTTTCCCCGGTGCCCGGGTGCCATGGCTCAGTGTGCAGACAGCCGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CCCTCACCACTGCGCCTCATGGATCTACTCTCCAAGAAGCACCCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103602 CCCTCACCACTGCGCCTCATGGATCTACTCTCCAAGAAGCACCCGCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 CACACTGTTCCTGCTGGCCGGGCCAGACACGGTGCTCACGCCTGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103652 CACACTGTTCCTGCTGGCCGGGCCAGACACGGTGCTCACGCCTGACTTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 TGAACCGCTGCCGCATGCATGCCATCTCCGGCTGGCAGGCCTTCTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103702 TGAACCGCTGCCGCATGCATGCCATCTCCGGCTGGCAGGCCTTCTTTCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 ATGCATTTCCAAGCCTTCCACCCAGCTGTGGCCCCACCACAAGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103752 ATGCATTTCCAAGCCTTCCACCCAGCTGTGGCCCCACCACAAGGGCCTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 GCCCCCAGAGCTGGGCCGTGACACTGGCCGCTTTGATCGCCAGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103802 GCCCCCAGAGCTGGGCCGTGACACTGGCCGCTTTGATCGCCAGGCAGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 GCGAGGCCTGCTTCTACAACTCCGACTACGTGGCAGCCCGTGGGCGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 103852 GCGAGGCCTGCTTCTACAACTCCGACTATGTGGCAGCCCGTGGGCGCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 GCGGCAGCCTCAGAACAAGAAGAGGAGCTGCTGGAGAGCCTGGATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 GCGGCAGCCTCAGAACAAGAAGAGGAGCTGCTGGAGAGCCTGGATGTGTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 CGAGCTGTTCCTCCACTTCTCCAGTCTGCATGTGCTGCGGGCGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 CGAGCTGTTCCTCCACTTCTCCAGTCTGCATGTGCTGCGGGCGGTGGAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 CGGCGCTGCTGCAGCGCTACCGGGCCCAGACGTGCAGCGCGAGGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104002 CGGCGCTGCTGCAGCGCTACCGGGCCCAGACGTGCAGCGCGAGGCTCAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 GAGGACCTGTACCACCGCTGCCTCCAGAGCGTGCTTGAGGGCCTCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104052 GAGGACCTGTACCACCGCTGCCTCCAGAGCGTGCTTGAGGGCCTCGGCTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 CCGAACCCAGCTGGCCATGCTACTCTTTGAACAGGAGCAGGGCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104102 CCGAACCCAGCTGGCCATGCTACTCTTTGAACAGGAGCAGGGCAACAGCA

   2350 
   2324 CC
        ||
 104152 CC