seq1 = pF1KE2572.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KE2572/gi568815597f_155954890.tfa (gi568815597f:155954890_156158368), 203479 bp

>pF1KE2572 375
>gi568815597f:155954890_156158368 (Chr1)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-231  (100374-100536)   100% ->
232-321  (103089-103178)   100% ->
322-375  (103426-103479)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGCCCCAAGGCTTTGACCCAGGTGCTAAGCCAAGCCAACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGCCCCAAGGCTTTGACCCAGGTGCTAAGCCAAGCCAACACTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCGTCCAGAGCACCCT         GCTGCTGAATAACGAGGGATCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCGTCCAGAGCACCCTGTG...CAGGCTGCTGAATAACGAGGGATCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGGCCTACTCTGGTTACGGGGACACTGACGCCCGGGTCACCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 TGCTGGCCTACTCTGGTTACGGGGACACTGACGCCCGGGTCACCGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAGCCAGTAACATCTGGGCCGCCTACGACCGGAACGGGAACCAAGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 ATAGCCAGTAACATCTGGGCCGCCTACGACCGGAACGGGAACCAAGCGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATGAAGACAATCTCAAATTCATCCTCATGGACTGCATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100497 TAATGAAGACAATCTCAAATTCATCCTCATGGACTGCATGGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGGCCGTGTAGCCATCACCCGAGTGGCCAACCTTCTGCTGTGTATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103090 AGGGCCGTGTAGCCATCACCCGAGTGGCCAACCTTCTGCTGTGTATGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAAGGAGACCGTGGGCTTTGGAATGCTCAAGGCCAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103140 GCCAAGGAGACCGTGGGCTTTGGAATGCTCAAGGCCAAGGTG...CAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGGCTTTGGTGCAGTACCTGGAGGAGCCCCTCACCCAAGTGGCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103428 CCAGGCTTTGGTGCAGTACCTGGAGGAGCCCCTCACCCAAGTGGCGGCAT

    400 
    374 CT
        ||
 103478 CT