seq1 = pF1KE2566.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KE2566/gi568815597f_149967858.tfa (gi568815597f:149967858_150244793), 276936 bp

>pF1KE2566 1710
>gi568815597f:149967858_150244793 (Chr1)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-228  (100773-100907)   100% ->
229-289  (104309-104369)   100% ->
290-369  (108376-108455)   100% ->
370-438  (109059-109127)   100% ->
439-576  (109237-109374)   100% ->
577-687  (109812-109922)   100% ->
688-822  (113485-113619)   100% ->
823-936  (114027-114140)   100% ->
937-1104  (114859-115026)   100% ->
1105-1263  (124080-124238)   100% ->
1264-1371  (124445-124552)   100% ->
1372-1493  (125670-125791)   100% ->
1494-1625  (142639-142770)   100% ->
1626-1710  (176852-176936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGTGGTTTTTGCTGTGAAGCAGTACATTTCCAAAATGATAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGTGGTTTTTGCTGTGAAGCAGTACATTTCCAAAATGATAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGGCCTGGTATGAAAGTACTTCTCATGGATAAAGAGACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 CAGCGGGCCTGGTATGAAAGTACTTCTCATGGATAAAGAGACGGTG...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   ACTGGCATAGTGAGTATGGTATACACACAATCGGAGATTCTACAGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 AGACTGGCATAGTGAGTATGGTATACACACAATCGGAGATTCTACAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGTGTACCTCTTTGAACGCATTGATTCTCAAAATCGAGAGATCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 GAAGTGTACCTCTTTGAACGCATTGATTCTCAAAATCGAGAGATCATGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACACCTGAAGGCAATTTGTTTTCTTCGACCTACAAAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100871 ACACCTGAAGGCAATTTGTTTTCTTCGACCTACAAAGGTA...TAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTGGATTATATTATTCAGGAGCTCCGAAGACCCAAATACACTATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104313 ATGTGGATTATATTATTCAGGAGCTCCGAAGACCCAAATACACTATATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCATTT         ATTTCAGTAATGTGATCAGCAAGAGTGACGTGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 TTCATTTGTA...CAGATTTCAGTAATGTGATCAGCAAGAGTGACGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCATTGGCTGAAGCTGATGAACAGGAAGTTGTGGCTGAGGTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108410 GTCATTGGCTGAAGCTGATGAACAGGAAGTTGTGGCTGAGGTTCAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GAATTTTATGGTGATTACATTGCTGTGAACCCACATTTGTTTTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108460 ..CAGGAATTTTATGGTGATTACATTGCTGTGAACCCACATTTGTTTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCAATATTTTGGGTTGCTGCCAG         GGTCGAAATTGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109104 CTCAATATTTTGGGTTGCTGCCAGGTA...AAGGGTCGAAATTGGGATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCCAGCTATCTAGAACAACTCAAGGGCTTACAGCTCTCCTTTTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109254 AGCCCAGCTATCTAGAACAACTCAAGGGCTTACAGCTCTCCTTTTATCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAGAAGTGTCCCATGATTCGTTATCAGCTCTCATCAGAGGCAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109304 TGAAGAAGTGTCCCATGATTCGTTATCAGCTCTCATCAGAGGCAGCAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGACTTGCAGAGTGCGTTAAG         CAAGTGATAACTAAAGAATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109354 AGACTTGCAGAGTGCGTTAAGGTA...CAGCAAGTGATAACTAAAGAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAACTGTTTGAATTCCGTCGGACAGAGGTTCCTCCATTGCTCCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109832 TGAACTGTTTGAATTCCGTCGGACAGAGGTTCCTCCATTGCTCCTTATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAGATCGCTGTGATGATGCCATCACCCCATTGCTAAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109882 TAGATCGCTGTGATGATGCCATCACCCCATTGCTAAACCAGGTA...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGGACATATCAGGCCATGGTCCACGAACTACTAGGCATAAACAACAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113485 TGGACATATCAGGCCATGGTCCACGAACTACTAGGCATAAACAACAATCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GATTGATCTTTCCAGAGTGCCGGGAATCAGTAAAGACTTAAGAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113535 GATTGATCTTTCCAGAGTGCCGGGAATCAGTAAAGACTTAAGAGAAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCTATCTGCTGAAAATGATGAATTCTATGCTAAT         AATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113585 TCCTATCTGCTGAAAATGATGAATTCTATGCTAATGTA...CAGAATATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TACCTGAACTTTGCTGAGATTGGTAGCAATATAAAGAATCTCATGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114033 TACCTGAACTTTGCTGAGATTGGTAGCAATATAAAGAATCTCATGGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTTCAGAAGAAGAAACCAAAAGAACAGCAAAAACTAGAATCAATAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114083 TTTTCAGAAGAAGAAACCAAAAGAACAGCAAAAACTAGAATCAATAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACATGAAG         GCGTTTGTTGAGAATTATCCACAGTTCAAGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114133 ACATGAAGGTA...CAGGCGTTTGTTGAGAATTATCCACAGTTCAAGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATGTCTGGGACTGTTTCAAAGCATGTGACAGTGGTTGGAGAACTGTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114892 ATGTCTGGGACTGTTTCAAAGCATGTGACAGTGGTTGGAGAACTGTCTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTGGTCAGTGAACGGAATCTGCTGGAGGTTTCAGAGGTTGAGCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114942 ATTGGTCAGTGAACGGAATCTGCTGGAGGTTTCAGAGGTTGAGCAAGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGCCTGTCAAAATGACCATTCTAGTGCTCTCCAG         AATATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114992 TGGCCTGTCAAAATGACCATTCTAGTGCTCTCCAGGTC...CAGAATATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAAAGGCTTCTGCAGAACCCCAAAGTGACAGAGTTTGATGCTGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124086 AAAAGGCTTCTGCAGAACCCCAAAGTGACAGAGTTTGATGCTGCCCGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTGATGCTTTATGCTTTACATTATGAGCGACACAGCAGCAATAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124136 GGTGATGCTTTATGCTTTACATTATGAGCGACACAGCAGCAATAGCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGGACTAATGATGGACCTCAGGAATAAAGGTGTTTCTGAGAAGTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124186 CAGGACTAATGATGGACCTCAGGAATAAAGGTGTTTCTGAGAAGTATCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAG         CTCGTGTCTGCAGTTGTTGAATATGGTGGTAAACGAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124236 AAGGTA...TAGCTCGTGTCTGCAGTTGTTGAATATGGTGGTAAACGAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAGAGGAAGTGACCTCTTCAGCCCCAAAGATGCTGTGGCTATCACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124483 CAGAGGAAGTGACCTCTTCAGCCCCAAAGATGCTGTGGCTATCACCAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AATTCCTCAAAGGACTGAAG         GGAGTAGAAAATGTATATACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 124533 AATTCCTCAAAGGACTGAAGGTA...TAGGGAGTAGAAAATGTATATACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGCATCAACCTTTCCTACATGAAACCCTGGATCATCTCATCAAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125691 CAGCATCAACCTTTCCTACATGAAACCCTGGATCATCTCATCAAAGGAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTTAAGGAAAACCTATATCCTTATTTAGGCCCCAGCACACTCAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125741 GCTTAAGGAAAACCTATATCCTTATTTAGGCCCCAGCACACTCAGAGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 G         ACCTCAGGATATCATTGTGTTTGTAATTGGAGGAGCCACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125791 GGTA...CAGACCTCAGGATATCATTGTGTTTGTAATTGGAGGAGCCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TATGAAGAGGCTCTAACAGTTTATAACCTGAACCGCACCACTCCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142679 TATGAAGAGGCTCTAACAGTTTATAACCTGAACCGCACCACTCCTGGAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAGGATTGTCCTGGGAGGCACCACAGTGCACAACACGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 142729 GAGGATTGTCCTGGGAGGCACCACAGTGCACAACACGAAAAGGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1626  TTTCCTAGAGGAAGTTCTGGCTTCTGGACTGCACAGCCGAAGCAAGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176851 GTTTCCTAGAGGAAGTTCTGGCTTCTGGACTGCACAGCCGAAGCAAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1675 AGCTCTCAAGTCACATCAAGGTCAGCGAGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176901 AGCTCTCAAGTCACATCAAGGTCAGCGAGCAGAAGA