seq1 = pF1KE2555.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KE2555/gi568815587r_66263439.tfa (gi568815587r:66263439_66471329), 207891 bp

>pF1KE2555 1368
>gi568815587r:66263439_66471329 (Chr11)

(complement)

1-29  (99739-99767)   100% ->
30-111  (100005-100086)   100% ->
112-275  (101798-101961)   100% ->
276-415  (102131-102270)   100% ->
416-550  (102659-102793)   100% ->
551-648  (103461-103558)   100% ->
649-733  (103782-103866)   100% ->
734-867  (104766-104899)   100% ->
868-973  (105099-105204)   100% ->
974-1059  (105309-105394)   100% ->
1060-1259  (106906-107105)   100% ->
1260-1368  (107783-107891)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGAGGAGACGCCCCGCGGGACAG         CTACCACCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  99739 ATGGCGCGAGGAGACGCCCCGCGGGACAGGTG...CAGCTACCACCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGGGATCAGCTTCTTCATCCTGGGGCTGGGCACCCTCCTTCCCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CGGGATCAGCTTCTTCATCCTGGGGCTGGGCACCCTCCTTCCCTGGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTTCATCACCGCCATCCCG         TACTTCCAGGCGCGACTGGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100067 TCTTCATCACCGCCATCCCGGTG...CAGTACTTCCAGGCGCGACTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGGGCCGGCAACAGCACAGCCAGGATCCTGAGCACCAACCACACGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101819 GGGGCCGGCAACAGCACAGCCAGGATCCTGAGCACCAACCACACGGGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAGGATGCCTTCAACTTCAACAATTGGGTGACGCTGCTGTCCCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 CGAGGATGCCTTCAACTTCAACAATTGGGTGACGCTGCTGTCCCAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTGCTGCTCTTCACCCTCCTCAACTCCTTCCTGTACCAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101919 CCCTGCTGCTCTTCACCCTCCTCAACTCCTTCCTGTACCAGTGGTG...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276   CGTCCCGGAGACGGTGCGCATTCTGGGCAGCCTGCTGGCCATACTGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 AGCGTCCCGGAGACGGTGCGCATTCTGGGCAGCCTGCTGGCCATACTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTCTTTGCCCTGACAGCAGCGCTGGTCAAGGTGGACATGAGCCCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 GCTCTTTGCCCTGACAGCAGCGCTGGTCAAGGTGGACATGAGCCCCGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTTCTTCTCCATCACCATGGCCTCCGTCTGCTTCATCAACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102229 CCTTCTTCTCCATCACCATGGCCTCCGTCTGCTTCATCAACTGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416  CCTTCAGTGCAGTCCTACAGGGCAGCCTCTTCGGGCAGCTGGGCACCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102658 GCCTTCAGTGCAGTCCTACAGGGCAGCCTCTTCGGGCAGCTGGGCACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCCTCCACCTACAGCACCCTCTTCCTCAGCGGCCAGGGCCTGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102708 GCCCTCCACCTACAGCACCCTCTTCCTCAGCGGCCAGGGCCTGGCTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTTGCTGCCCTTGCCATGCTCCTGTCCATGGCCA         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102758 TCTTTGCTGCCCTTGCCATGCTCCTGTCCATGGCCAGTG...CAGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGACGCCGAGACCTCTGCCCTGGGGTACTTTATCACGCCCTGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103466 GTGGACGCCGAGACCTCTGCCCTGGGGTACTTTATCACGCCCTGTGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCCTCATGTCCATCGTGTGTTACCTGAGCCTGCCTCACCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103516 CATCCTCATGTCCATCGTGTGTTACCTGAGCCTGCCTCACCTGGTG...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   AAGTTTGCCCGCTACTACCTGGCCAATAAATCATCCCAGGCCCAAGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103780 AGAAGTTTGCCCGCTACTACCTGGCCAATAAATCATCCCAGGCCCAAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGAGCTGGAGACCAAAGCTGAGCTCCTCCAGTCTG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103830 CAGGAGCTGGAGACCAAAGCTGAGCTCCTCCAGTCTGGTA...CAGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAACGGGATTCCCAGTAGTCCCCAGAAAGTAGCTCTGACCCTGGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104770 GAACGGGATTCCCAGTAGTCCCCAGAAAGTAGCTCTGACCCTGGATCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCTGGAGAAGGAGCCGGAATCAGAGCCAGATGAGCCCCAGAAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104820 ACCTGGAGAAGGAGCCGGAATCAGAGCCAGATGAGCCCCAGAAGCCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAACCTTCAGTCTTCACTGTCTTCCAGAAG         ATCTGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104870 AAACCTTCAGTCTTCACTGTCTTCCAGAAGGTT...CAGATCTGGCTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGCGCTGTGCCTTGTGTTGGTCTTCACAGTCACCCTGTCCGTCTTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105110 AGCGCTGTGCCTTGTGTTGGTCTTCACAGTCACCCTGTCCGTCTTCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCATCACAGCCATGGTGACCAGCTCCACCAGTCCTGGGAAGTGGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105160 CCATCACAGCCATGGTGACCAGCTCCACCAGTCCTGGGAAGTGGAGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974     GTCAGTTCTTCAACCCCATCTGCTGCTTCCTCCTCTTCAACATCAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105210 .CAGGTCAGTTCTTCAACCCCATCTGCTGCTTCCTCCTCTTCAACATCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGACTGGCTGGGACGGAGCCTGACCTCTTACTTCCTGTGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105355 GGACTGGCTGGGACGGAGCCTGACCTCTTACTTCCTGTGGGTA...CAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGACGAGGACAGCCGGCTGCTGCCCCTGCTGGTCTGCCTGCGGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106907 CAGACGAGGACAGCCGGCTGCTGCCCCTGCTGGTCTGCCTGCGGTTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCGTGCCCCTCTTCATGCTGTGCCACGTGCCCCAGAGGTCCCGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106957 TTCGTGCCCCTCTTCATGCTGTGCCACGTGCCCCAGAGGTCCCGGCTGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATCCTCTTCCCACAGGATGCCTACTTCATCACCTTCATGCTGCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107007 CATCCTCTTCCCACAGGATGCCTACTTCATCACCTTCATGCTGCTCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCGTTTCTAATGGCTACCTGGTGTCCCTCACCATGTGCCTGGCGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107057 CCGTTTCTAATGGCTACCTGGTGTCCCTCACCATGTGCCTGGCGCCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260         GCAGGTGCTGCCACACGAGAGGGAGGTGGCCGGCGCCCTCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107107 TC...TAGGCAGGTGCTGCCACACGAGAGGGAGGTGGCCGGCGCCCTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GACCTTCTTCCTGGCCCTGGGACTTTCCTGTGGAGCCTCCCTCTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107825 GACCTTCTTCCTGGCCCTGGGACTTTCCTGTGGAGCCTCCCTCTCCTTCC

   1450     .    :    .
   1352 TCTTCAAGGCGCTGCTC
        |||||||||||||||||
 107875 TCTTCAAGGCGCTGCTC