seq1 = pF1KE2553.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KE2553/gi568815576f_46098384.tfa (gi568815576f:46098384_46320077), 221694 bp

>pF1KE2553 774
>gi568815576f:46098384_46320077 (Chr22)

1-208  (100001-100208)   100% ->
209-369  (116790-116950)   100% ->
370-508  (119880-120018)   100% ->
509-774  (121429-121694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACACGGAAAGCCCACTCTGCCCCCTCTCCCCACTCGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACACGGAAAGCCCACTCTGCCCCCTCTCCCCACTCGAGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGATCTAGAGAGCCCGTTATCTGAAGAGTTCCTGCAAGAAATGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGATCTAGAGAGCCCGTTATCTGAAGAGTTCCTGCAAGAAATGGGAAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAAGAGATTTCGCAATCCATCGGCGAGGATAGTTCTGGAAGCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAAGAGATTTCGCAATCCATCGGCGAGGATAGTTCTGGAAGCTTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTACGGAATACCAGTATTTAGGAAGCTGTCCTGGCTCAGATGGCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTACGGAATACCAGTATTTAGGAAGCTGTCCTGGCTCAGATGGCTCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCACGG         ACACGCTTTCACCAGCTTCGAGCCCCTCCTCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCACGGGTA...CAGACACGCTTTCACCAGCTTCGAGCCCCTCCTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACTTATCCTGTGGTCCCCGGCAGCGTGGACGAGTCTCCCAGTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116823 TGACTTATCCTGTGGTCCCCGGCAGCGTGGACGAGTCTCCCAGTGGAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGAACATCGAATGTAGAATCTGCGGGGACAAGGCCTCAGGCTATCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116873 TTGAACATCGAATGTAGAATCTGCGGGGACAAGGCCTCAGGCTATCATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGAGTCCACGCGTGTGAAGGCTGCAAG         GGCTTCTTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116923 CGGAGTCCACGCGTGTGAAGGCTGCAAGGTA...CAGGGCTTCTTTCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAACGATTCGACTCAAGCTGGTGTATGACAAGTGCGACCGCAGCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119893 GAACGATTCGACTCAAGCTGGTGTATGACAAGTGCGACCGCAGCTGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCCAGAAAAAGAACAGAAACAAATGCCAGTATTGTCGATTTCACAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119943 ATCCAGAAAAAGAACAGAAACAAATGCCAGTATTGTCGATTTCACAAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTTTCTGTCGGGATGTCACACAACG         CGATTCGTTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119993 CCTTTCTGTCGGGATGTCACACAACGGTA...TAGCGATTCGTTTTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAATGCCAAGATCTGAGAAAGCAAAACTGAAAGCAGAAATTCTTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121444 GAATGCCAAGATCTGAGAAAGCAAAACTGAAAGCAGAAATTCTTACCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACATGACATAGAAGATTCTGAAACTGCAGATCTCAAATCTCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121494 GAACATGACATAGAAGATTCTGAAACTGCAGATCTCAAATCTCTGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGAATCTACGAGGCCTACTTGAAGAACTTCAACATGAACAAGGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121544 GAGAATCTACGAGGCCTACTTGAAGAACTTCAACATGAACAAGGTCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCGGGTCATCCTCTCAGGAAAGGCCAGTAACAATCCAGTAGGTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121594 CCCGGGTCATCCTCTCAGGAAAGGCCAGTAACAATCCAGTAGGTGTTTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCTGTTCTGGGTTCTCTTGGCAACATGGAACCAGTGTCGTAGAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121644 GGCTGTTCTGGGTTCTCTTGGCAACATGGAACCAGTGTCGTAGAGGACGA

    800 
    774 T
        |
 121694 T