seq1 = pF1KE2547.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE2547/gi568815589r_83870162.tfa (gi568815589r:83870162_84078252), 208091 bp

>pF1KE2547 1392
>gi568815589r:83870162_84078252 (Chr9)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-156  (100467-100564)   100% ->
157-213  (101202-101258)   100% ->
214-257  (102748-102791)   100% ->
258-330  (103664-103736)   100% ->
331-402  (104280-104351)   100% ->
403-516  (104854-104967)   100% ->
517-645  (105281-105409)   100% ->
646-953  (106064-106371)   100% ->
954-1008  (106527-106581)   100% ->
1009-1108  (106897-106996)   91% ->
1109-1191  (107434-107516)   100% ->
1192-1361  (107922-108091)   100% ->
1362-1392  (108813-108843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGAACAGCCAGAAGAAACCTTCCCTAACACTGAAACCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGAACAGCCAGAAGAAACCTTCCCTAACACTGAAACCAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAATTTG         GTAAACGCCCTGCAGAAGATATGGAAGAGGAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAATTTGGTG...TAGGTAAACGCCCTGCAGAAGATATGGAAGAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCATTTAAAAGATCTAGAAACACTGATGAGATGGTTGAATTACGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 AAGCATTTAAAAGATCTAGAAACACTGATGAGATGGTTGAATTACGCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTTCAGAGCAAG         AATGCTGGGGCAGTGATTGGAAAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100550 CTGCTTCAGAGCAAGGTA...CAGAATGCTGGGGCAGTGATTGGAAAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGCAAGAATATTAAGGCTCTCCGTACAGAC         TACAATGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101228 AGGCAAGAATATTAAGGCTCTCCGTACAGACGTA...CAGTACAATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTGTTTCAGTCCCAGACAGCAGTGGCCCCGAGCG         CATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102758 GTGTTTCAGTCCCAGACAGCAGTGGCCCCGAGCGGTA...CAGCATATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AGTATCAGTGCTGATATTGAAACAATTGGAGAAATTCTGAAGAAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103671 AGTATCAGTGCTGATATTGAAACAATTGGAGAAATTCTGAAGAAAATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCCTACCTTGGAAGAG         GGCCTGCAGTTGCCATCACCCACTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103721 CCCTACCTTGGAAGAGGTA...CAGGGCCTGCAGTTGCCATCACCCACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CAACCAGCCAGCTCCCGCTCGAATCTGATGCTGTGGAATGCTTAAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104305 CAACCAGCCAGCTCCCGCTCGAATCTGATGCTGTGGAATGCTTAAATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    403       TACCAACACTATAAAGGAAGTGACTTTGACTGCGAGTTGAGGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104355 ...CAGTACCAACACTATAAAGGAAGTGACTTTGACTGCGAGTTGAGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GTTGATTCATCAGAGTCTAGCAGGAGGAATTATTGGGGTCAAAGGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 GTTGATTCATCAGAGTCTAGCAGGAGGAATTATTGGGGTCAAAGGTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAATCAAAGAACTTCGAGAG         AACACTCAAACCACCATCAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104948 AAATCAAAGAACTTCGAGAGGTA...CAGAACACTCAAACCACCATCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CTTTTCCAGGAATGCTGTCCTCATTCCACTGACAGAGTTGTTCTTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105302 CTTTTCCAGGAATGCTGTCCTCATTCCACTGACAGAGTTGTTCTTATTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGGAAAACCCGATAGGGTTGTAGAGTGCATAAAGATCATCCTTGATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105352 AGGAAAACCCGATAGGGTTGTAGAGTGCATAAAGATCATCCTTGATCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TATCTGAG         TCTCCCATCAAAGGACGTGCACAGCCTTATGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105402 TATCTGAGGTA...TAGTCTCCCATCAAAGGACGTGCACAGCCTTATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCCAATTTTTACGATGAAACCTATGATTATGGTGGTTTTACAATGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106097 CCCAATTTTTACGATGAAACCTATGATTATGGTGGTTTTACAATGATGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGATGACCGTCGCGGACGCCCAGTGGGATTTCCCATGCGGGGAAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106147 TGATGACCGTCGCGGACGCCCAGTGGGATTTCCCATGCGGGGAAGAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTTTTGACAGAATGCCTCCTGGTCGGGGTGGGCGTCCCATGCCTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106197 GTTTTGACAGAATGCCTCCTGGTCGGGGTGGGCGTCCCATGCCTCCATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGAAGAGATTATGATGATATGAGCCCTCGTCGAGGACCACCTCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106247 AGAAGAGATTATGATGATATGAGCCCTCGTCGAGGACCACCTCCCCCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCCCGGACGAGGCGGCCGGGGTGGTAGCAGAGCTCGGAATCTTCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106297 TCCCGGACGAGGCGGCCGGGGTGGTAGCAGAGCTCGGAATCTTCCTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTCCACCACCACCACCTAGAGGGGG         AGACCTCATGGCCTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106347 CTCCACCACCACCACCTAGAGGGGGGTA...CAGAGACCTCATGGCCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GACAGAAGAGGGAGACCTGGAGACCGTTACGACGGCATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106543 GACAGAAGAGGGAGACCTGGAGACCGTTACGACGGCATGGTA...CAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGGTTTCAGTGCTGATGAAACTTGGGACTCTGCAATAGATACATGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106899 TGGTTTCAGTGCTGATGAAACTTGGGACTCTGCAATAGATACATGGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CATCAGAATGGCAGATGGCTTATGAACCACAGGGTG G CTCCGGATA T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||-|- ||---|||-|
 106949 CATCAGAATGGCAGATGGCTTATGAACCACAGGTTGAGTATC   ATAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1108 G         ATTATTCCTATGCAGGGGGTCGTGGCTCATATGGTGATCT
         >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106996 TGTT...CAGATTATTCCTATGCAGGGGGTCGTGGCTCATATGGTGATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1149 TGGTGGACCTATTATTACTACACAAGTAACTATTCCCAAAGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107474 TGGTGGACCTATTATTACTACACAAGTAACTATTCCCAAAGATGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192   TTGGCTGGATCTATTATTGGCAAAGGTGGTCAGCGGATTAAACAAATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107920 AGTTGGCTGGATCTATTATTGGCAAAGGTGGTCAGCGGATTAAACAAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 CGTCATGAGTCGGGAGCTTCGATCAAAATTGATGAGCCTTTAGAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107970 CGTCATGAGTCGGGAGCTTCGATCAAAATTGATGAGCCTTTAGAAGGATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 CGAAGATCGGATCATTACCATTACAGGAACACAGGACCAGATACAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108020 CGAAGATCGGATCATTACCATTACAGGAACACAGGACCAGATACAGAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 CACAGTATTTGCTGCAGAACAG         TGTGAAGCAGTATGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108070 CACAGTATTTGCTGCAGAACAGGTC...TAGTGTGAAGCAGTATGCAGAT

   1500     .    :
   1381 GTTGAAGGATTC
        ||||||||||||
 108832 GTTGAAGGATTC