seq1 = pF1KE2529.tfa, 576 bp
seq2 = pF1KE2529/gi568815578f_56259006.tfa (gi568815578f:56259006_56466284), 207279 bp

>pF1KE2529 576
>gi568815578f:56259006_56466284 (Chr20)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-362  (106082-106257)   100% ->
363-576  (107066-107279)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGTTGCTGGCGTTGCTGGGTCCGGCAGGCAGGGTGGGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGTTGCTGGCGTTGCTGGGTCCGGCAGGCAGGGTGGGCGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCGGCCTCGCGCCACCTGGCTCCTGGGCGCCACCGCCCCCTGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCGGCCTCGCGCCACCTGGCTCCTGGGCGCCACCGCCCCCTGCGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGCCCCTGGCCCTGGCCCTGCTCCCGCCCAGGCTAGACGCCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGCCCCTGGCCCTGGCCCTGCTCCCGCCCAGGCTAGACGCCCGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCGCACGGCGCGCGGGGACTGCCGCGGCCACCAG         GACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 CTCCGCACGGCGCGCGGGGACTGCCGCGGCCACCAGGTA...CAGGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCAGGCCACGGGGACAACAGGCAGCAGCGTCAGCTGCACAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106087 CAGCCAGGCCACGGGGACAACAGGCAGCAGCGTCAGCTGCACAGAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAGCAAAGCAAGTCACAGCAACTGAAAAAGATTTTTCAAGAGTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106137 AAAAGCAAAGCAAGTCACAGCAACTGAAAAAGATTTTTCAAGAGTATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGTTGGCGTGTCATTGCACATTGGAATCTCATTAATTTCCTTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106187 ACTGTTGGCGTGTCATTGCACATTGGAATCTCATTAATTTCCTTGGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTTTACATGGTTGTGTCAAG         TGGTGTGGACATGCCTGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106237 ATTTTACATGGTTGTGTCAAGGTA...TAGTGGTGTGGACATGCCTGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTGCTGAAACTCGGATTTAAAGAGTCCCTGGTACAGTCAAAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107086 TCCTGCTGAAACTCGGATTTAAAGAGTCCCTGGTACAGTCAAAAATGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGGCACAAGTACCTTCGTGGTGGCCTATGCAATCCACAAGCTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107136 GCAGGCACAAGTACCTTCGTGGTGGCCTATGCAATCCACAAGCTGTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCAGTGAGAATCAGCATTACGCTAGTCTCTGTGCCCTTGATTGTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107186 GCCAGTGAGAATCAGCATTACGCTAGTCTCTGTGCCCTTGATTGTCAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATTTTCGAAAAGTGGGATTTTTTAAACCTCCAGCTGCAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107236 ATTTTCGAAAAGTGGGATTTTTTAAACCTCCAGCTGCAAAACCT