seq1 = pF1KE2521.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KE2521/gi568815597f_99546318.tfa (gi568815597f:99546318_99794059), 247742 bp

>pF1KE2521 1653
>gi568815597f:99546318_99794059 (Chr1)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-126  (116002-116082)   100% ->
127-251  (121325-121449)   100% ->
252-366  (140359-140473)   100% ->
367-400  (140613-140646)   100% ->
401-514  (140759-140872)   100% ->
515-1612  (142458-143555)   100% ->
1613-1653  (147702-147742)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAAGCTGAGCTGGTGAAGGGAAGACTCCAGGCCATCACA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGAAGAAGCTGAGCTGGTGAAGGGAAGACTCCAGGCCATCACAGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GATAAAAGAAAAATACAGGAAGAAATCTCACAGAAGCGTCTGAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGATAAAAGAAAAATACAGGAAGAAATCTCACAGAAGCGTCTGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAGGAAGACAAACTAAAGCACCAGCATTTGAAG         AAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116048 TAGAGGAAGACAAACTAAAGCACCAGCATTTGAAGGTA...CAGAAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCCTTGAGGGAGAAATGGCTTCTAGATGGAATCAGCAGCGGAAAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121331 GCCTTGAGGGAGAAATGGCTTCTAGATGGAATCAGCAGCGGAAAAGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGAGATGAAGAAGCAAAATCAACAAGACCAGCACCAGATCCAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121381 GGAAGAGATGAAGAAGCAAAATCAACAAGACCAGCACCAGATCCAGGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGAACAAAGTATCCTCAG         GCTTGAGAAAGAGATCCAAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121431 TAGAACAAAGTATCCTCAGGTA...CAGGCTTGAGAAAGAGATCCAAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTGAAAAAGCTGAACTGCAAATCTCAACGAAGGAAGAGGCCATTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140381 CTTGAAAAAGCTGAACTGCAAATCTCAACGAAGGAAGAGGCCATTTTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAACTAAAGTCAATTGAGCGGACAACAGAAGACATTATAAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 140431 GAAACTAAAGTCAATTGAGCGGACAACAGAAGACATTATAAGAGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   TCTGTGAAAGTGGAAAGAGAAGAAAGAGCAGAAG         AGTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 140611 AGTCTGTGAAAGTGGAAAGAGAAGAAAGAGCAGAAGGTA...CAGAGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATTGAGGACATCTATGCTAATATCCCTGACCTTCCAAAGTCCTACATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140764 ATTGAGGACATCTATGCTAATATCCCTGACCTTCCAAAGTCCTACATACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTCTAGGTTAAGGAAGGAGATAAATGAAGAAAAAGAAGATGATGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140814 TTCTAGGTTAAGGAAGGAGATAAATGAAGAAAAAGAAGATGATGAACAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAGGAAAG         CTTTATATGCCATGGAAATTAAAGTTGAAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 140864 ATAGGAAAGGTA...CAGCTTTATATGCCATGGAAATTAAAGTTGAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACTTGAAGACTGGAGAAAGTACAGTTCTGTCTTCAATACCTCTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142490 GACTTGAAGACTGGAGAAAGTACAGTTCTGTCTTCAATACCTCTGCCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGATGACTTTAAAGGTACAGGAATAAAAGTTTATGATGATGGGCAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142540 AGATGACTTTAAAGGTACAGGAATAAAAGTTTATGATGATGGGCAAAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGTGTATGCAGTAAGTTCTAATCACAGTGCAGCATACAATGGCACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142590 CAGTGTATGCAGTAAGTTCTAATCACAGTGCAGCATACAATGGCACCGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCCTGGCACCAGTTGAAGTAGAGGAACTTCTAAGACAAGCCTCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142640 GGCCTGGCACCAGTTGAAGTAGAGGAACTTCTAAGACAAGCCTCAGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAACTCTAAATCCCCAACAGAGTATCATGAGCCTGTATATGCCAATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142690 AAACTCTAAATCCCCAACAGAGTATCATGAGCCTGTATATGCCAATCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTACAGGCCTACAACCCCACAGAGAGAAACGGTGACCCCTGGACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142740 TTTACAGGCCTACAACCCCACAGAGAGAAACGGTGACCCCTGGACCAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTCAAGAAAGGATAAAGATTAAAACTAATGGACTGGGTATTGGTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142790 TTTCAAGAAAGGATAAAGATTAAAACTAATGGACTGGGTATTGGTGTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAATCCATACACAATATGGGCAATGGTCTTTCAGAGGAAAGGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142840 TGAATCCATACACAATATGGGCAATGGTCTTTCAGAGGAAAGGGGAAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTTCAATCACATCAGTCCCATTCCGCCAGTGCCTCATCCCCGATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142890 ACTTCAATCACATCAGTCCCATTCCGCCAGTGCCTCATCCCCGATCAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTCAACAAGCAGAAGAGAAGCTTCACACCCCGCAAAAAAGGCTAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142940 ATTCAACAAGCAGAAGAGAAGCTTCACACCCCGCAAAAAAGGCTAATGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCTTGGGAAGAATCGAATGTCATGCAGGACAAAGATGCACCCTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142990 TCCTTGGGAAGAATCGAATGTCATGCAGGACAAAGATGCACCCTCTCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCCAAGGCTGAGCCCCAGAGAGACAATATTTGGGAAATCTGAACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143040 AGCCAAGGCTGAGCCCCAGAGAGACAATATTTGGGAAATCTGAACACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AATTCTTCACCCACTTGTCAGGAGGACGAGGAAGATGTCAGATATAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143090 AATTCTTCACCCACTTGTCAGGAGGACGAGGAAGATGTCAGATATAATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGTTCATTCCCTGCCTCCAGACATAAATGATACAGAACCGGTGACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143140 CGTTCATTCCCTGCCTCCAGACATAAATGATACAGAACCGGTGACAATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTTTCATGGGGTATCAGCAGGCAGAAGACAGTGAAGAAGATAAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143190 TTTTCATGGGGTATCAGCAGGCAGAAGACAGTGAAGAAGATAAGAAGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTGACAGGATATGATGGGATCATCCATGCTGAGCTGGTTGTGATTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143240 CTGACAGGATATGATGGGATCATCCATGCTGAGCTGGTTGTGATTGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGAGGAGGAGGAGGATGAAGGAGAAGCAGAGAAACCGTCCTACCACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143290 TGAGGAGGAGGAGGATGAAGGAGAAGCAGAGAAACCGTCCTACCACCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TAGCTCCCCATAGTCAGGTGTACCAGCCAGCCAAACCAACACCACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143340 TAGCTCCCCATAGTCAGGTGTACCAGCCAGCCAAACCAACACCACTTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AGAAAAAGATCAGAAGCTAGTCCTCATGAAAACACAAATCATAAATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143390 AGAAAAAGATCAGAAGCTAGTCCTCATGAAAACACAAATCATAAATCCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CCACAAAAATTCCATATCTCTGAAAGAGCAAGAAGAAAGCTTAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143440 CCACAAAAATTCCATATCTCTGAAAGAGCAAGAAGAAAGCTTAGGCAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTGTCCACCATTCCCCATTTGATGCTCAGACAACTGGAGATGGGACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143490 CTGTCCACCATTCCCCATTTGATGCTCAGACAACTGGAGATGGGACTGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GATCCATCCTTAACAG         CTTTAAGGATGAGAATGGCAAAGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143540 GATCCATCCTTAACAGGTA...CAGCTTTAAGGATGAGAATGGCAAAGCT

   1700     .    :    .
   1638 GGGAAAAAAGGTGATC
        ||||||||||||||||
 147727 GGGAAAAAAGGTGATC