seq1 = pF1KE2519.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KE2519/gi568815597f_24231550.tfa (gi568815597f:24231550_24454485), 222936 bp

>pF1KE2519 1665
>gi568815597f:24231550_24454485 (Chr1)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-125  (103096-103157)   100% ->
126-471  (104933-105278)   100% ->
472-545  (105529-105602)   100% ->
546-699  (106087-106240)   100% ->
700-811  (106443-106554)   100% ->
812-906  (108119-108213)   100% ->
907-1065  (110566-110724)   100% ->
1066-1144  (111145-111223)   100% ->
1145-1278  (111343-111476)   100% ->
1279-1313  (113348-113382)   100% ->
1314-1402  (115004-115092)   100% ->
1403-1488  (115919-116004)   100% ->
1489-1553  (118509-118573)   100% ->
1554-1665  (122825-122936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGTCAATGGAGATGATGACAGTGTTGCGGCCTTGAGCTTCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGTCAATGGAGATGATGACAGTGTTGCGGCCTTGAGCTTCCTCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATTACTACATG         GGTCCCAAGGAGAAGCGGATATTGTCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATTACTACATGGTA...CAGGGTCCCAAGGAGAAGCGGATATTGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCACTGGGGGCAGGAATGACCAAGGAAAGAG         GTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103124 CCAGCACTGGGGGCAGGAATGACCAAGGAAAGAGGTG...CAGGTACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CATGGCATGGAATATGAGACGGACCTCACTCCCCTTGAAAGCCCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104940 CATGGCATGGAATATGAGACGGACCTCACTCCCCTTGAAAGCCCCACACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCATGAAATTCCTGACAGAGAACGTGTCTGGAACCCCAGAGTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104990 CCTCATGAAATTCCTGACAGAGAACGTGTCTGGAACCCCAGAGTACCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTTGCTCAAGAAGAATAACCTGATGAGCTTGGAGGGGGCCTTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105040 ATTTGCTCAAGAAGAATAACCTGATGAGCTTGGAGGGGGCCTTGCCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGGCAAGGCAGCTCCCCTCCCTGCAGGCCCCAGCAAGCTGGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105090 CCTGGCAAGGCAGCTCCCCTCCCTGCAGGCCCCAGCAAGCTGGAGGCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTGTGGACAGCTACCTGTTACCCACCACTGATATGTATGATAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105140 CTCTGTGGACAGCTACCTGTTACCCACCACTGATATGTATGATAATGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCTCAACTCCTTGTTTGAGAGCATTCATGGGGTGCCGCCCACACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105190 CCCTCAACTCCTTGTTTGAGAGCATTCATGGGGTGCCGCCCACACAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGGCAGCCAGACAGCACCTTCAAAGATGACCCACAGGAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105240 TGGCAGCCAGACAGCACCTTCAAAGATGACCCACAGGAGGTG...CAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATGCTCTTCCCAGATATCCTGAAAACCTCCCCGGAACCCCCATGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105531 GATGCTCTTCCCAGATATCCTGAAAACCTCCCCGGAACCCCCATGTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGACTACCCCAGCCTCAAAAG         TGACTTTGAATACACCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105581 AGGACTACCCCAGCCTCAAAAGGTA...CAGTGACTTTGAATACACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCTCCCCCAAAGCCATCCACATCAAGTCAGGCGAGTCACCCATGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106106 GGCTCCCCCAAAGCCATCCACATCAAGTCAGGCGAGTCACCCATGGCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTCAACAAAGGCCAGTTCTACCCCGTCACCCTGCGGACCCCAGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106156 CCTCAACAAAGGCCAGTTCTACCCCGTCACCCTGCGGACCCCAGCAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAAAGGCCTTGCCTTGTCCTCCAACAAAGTCAAG         AGTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106206 GCAAAGGCCTTGCCTTGTCCTCCAACAAAGTCAAGGTG...CAGAGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGATGGTTGTCTTCGACAATGAGAAGGTCCCAGTAGAGCAGCTGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106449 GTGATGGTTGTCTTCGACAATGAGAAGGTCCCAGTAGAGCAGCTGCGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGGAAGCACTGGCATTCCCGGCAACCCACTGCCAAGCAGCGGGTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106499 CTGGAAGCACTGGCATTCCCGGCAACCCACTGCCAAGCAGCGGGTCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACGTGG         CTGACTGCAAAGAAAACTTCAACACTGTGGAGCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106549 ACGTGGGTG...CAGCTGACTGCAAAGAAAACTTCAACACTGTGGAGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTGAGGAGGTGGCCTATAATGCACTGTCCTTTGTGTGGAACGTGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108154 ATTGAGGAGGTGGCCTATAATGCACTGTCCTTTGTGTGGAACGTGAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAGGCCAAG         GTGTTCATCGGCGTAAACTGTCTGAGCACAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108204 AGAGGCCAAGGTC...CAGGTGTTCATCGGCGTAAACTGTCTGAGCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTTTTCCTCACAAAAGGGGGTGAAGGGTGTCCCCCTGAACCTGCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110597 ACTTTTCCTCACAAAAGGGGGTGAAGGGTGTCCCCCTGAACCTGCAGATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACACCTATGACTGTGGCTTGGGCACTGAGCGCCTGGTACACCGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110647 GACACCTATGACTGTGGCTTGGGCACTGAGCGCCTGGTACACCGTGCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTGCCAGATCAAGATCTTCTGTGACAAG         GGAGCTGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110697 CTGCCAGATCAAGATCTTCTGTGACAAGGTG...CAGGGAGCTGAGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGATGCGCGATGACGAGCGGAAGCAGTTCCGGAGGAAGGTCAAGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111158 AGATGCGCGATGACGAGCGGAAGCAGTTCCGGAGGAAGGTCAAGTGCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACTCCAGCAACAGTG         GCGTCAAGGGCTGCCTGCTGTCGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111208 GACTCCAGCAACAGTGGTC...CAGGCGTCAAGGGCTGCCTGCTGTCGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTCAGGGGCAATGAGACGACCTACCTTCGGCCAGAGACTGACCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111368 CTTCAGGGGCAATGAGACGACCTACCTTCGGCCAGAGACTGACCTGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CGCCACCCGTGCTGTTCATCCCCAATGTGCACTTCTCCAGCCTGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111418 CGCCACCCGTGCTGTTCATCCCCAATGTGCACTTCTCCAGCCTGCAGCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTGGAGGG         GCAGCCCCCTCGGCAGGACCCAGCAGCTCCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111468 TCTGGAGGGGTG...CAGGCAGCCCCCTCGGCAGGACCCAGCAGCTCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAG         GCTGCCTCTGAAGCGTACCTGCTCGCCCTTCACTGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113380 CAGGTA...CAGGCTGCCTCTGAAGCGTACCTGCTCGCCCTTCACTGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGTTTGAGCCTCTGCCCTCCAAGCAGGCCAAGGAAGGCGACCTTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115042 AGTTTGAGCCTCTGCCCTCCAAGCAGGCCAAGGAAGGCGACCTTCAGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 G         TTCTGCTGTATGTGCGGAGGGAGACTGAGGAGGTGTTTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115092 GGTG...CAGTTCTGCTGTATGTGCGGAGGGAGACTGAGGAGGTGTTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CGCGCTCATGTTGAAGACCCCAGACCTGAAGGGGCTGAGGAATGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115959 CGCGCTCATGTTGAAGACCCCAGACCTGAAGGGGCTGAGGAATGCGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489      ATCTCTGAGAAGTATGGGTTCCCTGAAGAGAACATTTACAAAGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116009 ..CAGATCTCTGAGAAGTATGGGTTCCCTGAAGAGAACATTTACAAAGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TACAAGAAATGCAAGCGAGG         AATCTTAGTCAACATGGACAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118554 TACAAGAAATGCAAGCGAGGGTG...CAGAATCTTAGTCAACATGGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CAACATCATTCAGCATTACAGCAACCACGTCGCCTTCCTGCTGGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122846 CAACATCATTCAGCATTACAGCAACCACGTCGCCTTCCTGCTGGACATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GGGAGCTGGACGGCAAAATTCAGATCATCCTTAAGGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122896 GGGAGCTGGACGGCAAAATTCAGATCATCCTTAAGGAGCTG